高昌是和交河齊名的絲路名城。公元前1世紀，西漢大將李廣利率領部隊在此屯田，設立高昌壁;公元327年設高昌郡。公元450年，北涼殘餘勢力滅了車師前國後，高昌城一躍而爲吐魯番盆地的政治、經濟、文化中心。460年成爲高昌國都城。640年唐朝統一高昌，在此設立西州，轄高昌、交河、柳州、天山、蒲昌五縣。9世紀後成爲回鶻高昌國的首府。公元1275年，蒙古遊牧貴族都哇叛亂時率領12萬騎兵圍攻火州(高昌)，長達半年，回鶻高昌王巴爾術阿而忒的斤英勇戰死，高昌城就毀於一旦。1961年高昌故城由國務院公佈爲全國重點文物保護單位。
高昌古城，歷史悠久，始建於公元前1世紀漢代，因其“地勢高敞，人廣昌盛”因而得名。公元460年(和平元年)車師國亡，柔然立闞氏伯周爲王，稱其國爲高昌國，掀開了高昌王國的序幕。
高昌城始建於公元前1世紀，初稱“高昌壁”，爲“絲路”重鎮。後歷經高昌郡、高昌王國、西州、回鶻高昌、火洲等長達1300餘年之變遷，於公元14世紀譭棄於戰火。漢唐以來，高昌是連接中原中亞、歐洲的樞紐。經貿活動十分活躍，世界各地的宗教先後經由高昌傳入內地，毫不誇張的說，它是世界古代宗教最活躍最發達的地方，也是世界宗教文化薈萃的寶地之一。鼎鼎大名的唐代佛教高僧玄奘，公元629年，爲了提高佛教學水平，29歲的玄奘，不畏殺身之禍，偷偷離開長安，出玉門，經高昌，沿絲綢中路到印度，遍遊今阿富汗、巴基斯坦、印度諸國，歷時17年。在高昌，玄奘誦經講佛，與高昌王拜爲兄弟，留下一段千古佳話。
高昌的歷史文獻，在《新唐書·高昌傳》有比較詳細的記載。公元5世紀中葉至7世紀中葉,在這個狹窄的吐魯番盆地中，曾先後出現四個獨立王國，分別是闞氏高昌、張氏高昌、馬氏高昌及麴氏高昌。
高昌國
高昌國先後經歷了闞氏高昌、張氏高昌、馬氏高昌、麴氏高昌四代政權。北涼承平十八年(460年)，柔然攻高昌，滅高昌北涼沮渠氏，立闞伯周爲高昌王，爲高昌建國之始。闞伯周死後，子義成繼位。後闞義成兄闞首歸弒義成篡位。不久闞首歸被高車王阿伏至羅所殺。後來張孟明、馬儒相繼爲王，被國人弒殺;高昌人推舉馬儒長史麴嘉爲王，是爲闞氏高昌、張氏高昌、馬氏高昌、麴氏高昌四代政權，麴氏享國最久。麴嘉王時，懨撻伐焉耆，焉耆向高昌麴嘉王求救，麴嘉王派次子爲焉耆國王，高昌勢力開始壯大。
隋開皇中突厥曾破高昌城。大業五年(609年)遣使朝貢，並出兵協助隋朝攻打高句麗。
貞觀初(626年)高昌王麴文泰來朝。後來麴文泰與西突厥結盟，唐太宗派遣侯君集、薛萬均等大將證討。貞觀十四年(640年)，高昌爲唐所滅，置高昌縣，後設安西都護府統之。安史之亂時高昌被回鶻侵佔。
高昌回鶻
九世紀中葉，蒙古高原的回鶻汗國國都被黠嘎斯攻破，亡國的回鶻部衆分別向南、向西兩個方向遷徙逃亡。回鶻王子龐特勤率領十五個回鶻部落西遷此地，建立起“高昌回鶻國 ”，又稱“西州回鶻國”。吞併了焉耆、龜茲等許多城市，由於南遷漢地的烏介可汗尚在，龐特勤自稱葉護，以焉耆爲治所，餘部活動於吉木薩爾與吐魯番一帶。後來又從黠嘎斯手中奪回清鎮瑪納斯、輪臺今烏魯木齊和北庭今吉木薩爾，任命大將僕固俊爲北庭首領。
高昌回鶻的疆域包括唐朝的伊州哈密、西州、庭州三洲以及焉耆、龜茲二都督府之地。高昌回鶻從公元843年立國，到1275年被反叛元朝的都哇大兵壓境、圍攻滅國。遼、金、元三代，高昌被訛稱爲：“火州”、“和州”。
高昌回鶻，高昌爲唐代西州，故亦稱西州回鶻，阿拉伯史家稱爲“九姓烏古斯”。
《宋史·高昌傳》也有記載，在唐安史之亂(755—763)時，高昌一地“頗有回鶻”。此外，《新唐書·回鶻傳下》還說在唐代，北庭(今吉木薩爾北)和焉耆之北一帶，還有回紇外九部的拔悉密和葛邏祿。到唐開成五年(840)，漠北鄂爾渾河流域回鶻汗國政權崩潰，由貴族龐特勤率領，分三支西遷，其中一支先到龜茲(今新疆庫車)定居，不久分出一部分人東去高昌。唐鹹通七年(866)，回鶻首領僕固俊從北庭南下，擊敗吐蕃，收復西州(高昌)、輪臺(今烏魯木齊北)等要地，使回鶻人以高昌爲中心所建立的政權遂安定下來。高昌(廣義的指今整個吐魯番盆地)是當時回鶻人巨大的政治和文化中心。除首府高昌(今吐魯番東南哈喇和卓)外，另在天山北麓唐代北庭的舊址，建設夏都，作爲其王室在夏季中避暑及放牧之地。整個高昌回鶻王國的疆域，到9世紀後半期即已形成。東起哈密力(今哈密)，西至冰達阪(今阿克蘇北)，北抵赤列河(今伊犁河)，南距吐蕃。境內實行雙王制，即高昌回鶻和龜茲回鶻分立。
高昌回鶻，從9世紀50年代建立後，歷五代、北宋、西遼、元，到14世紀60年代末、70年代初，隨元朝及察合臺汗國之亡而亡。前後存在500多年(龜茲回鶻大約在12世紀初西遼西遷時即消亡)。其政治史略從其王室即亦都護的譜系，可分爲前後兩大段：從唐末至北宋、西遼爲第一段，其政治傾向是和內地唐朝、北宋往來密切，如唐末其首領僕固俊斬吐蕃大將尚恐熱後，傳首於唐首都長安(今陝西西安)，即爲明顯的例子;又北宋太平興國六年(981)，高昌回鶻王阿廝蘭汗遣使臣麥索溫到宋朝贈送禮物，自稱“西州外甥”，追認從前與唐朝的姻親關係。而稍前即從遼天贊三年(924)開始，遼太祖耶律阿保機即西征北庭，其勢力及於今阿爾泰山，威震西域。從元初至元末爲第二階段，其總的政治趨勢，因蒙古興起，脫離西遼的統治而歸附於蒙古，且助成吉思汗西征，有助於元朝的建立和統一全國，還曾好幾代娶元朝皇室公主爲可敦。從13世紀亦都護紐林的斤(1308—1318)時起，高昌回鶻一直忠於元朝皇室，與蒙古西北諸王篤哇之亂作戰，紐林的斤的長子帖木兒補化曾從其父入元朝備宿衛，後拜中書左丞相，和內地的政治發生極其密切的關係。
