九層樓
洞窟編號第96號，初唐(618-705)。 此窟開鑿於初唐，窟內的大佛高35.5米，兩膝間寬度爲12米，是莫高窟的第一大佛。
根據敦煌遺書《莫高窟記》記載，這尊大佛爲唐代武周證聖元年(695年)由禪師靈隱和居士陰祖所建。是佛國三世中的“未來佛”彌勒佛，即釋迦牟尼的“接班人”。大佛的製作方法爲石胎泥塑，即在崖壁的石沙岩體上鑿出佛像的大體形狀，再用草泥壘塑、用麻泥細塑，最後着色而成。這尊大佛因多次重修，已非唐塑原貌，但仍不失雄偉壯觀的氣勢。
窟前的建築爲九層樓，因其共有九層而得名，原爲四層，晚唐(874~879)年間建成五層，宋初(966年)重修，九層樓是1935年建造，它攢尖高聳，檐牙錯落，鐵馬叮咚，已成爲莫高窟的標誌之一。
三層樓
洞窟編號第16-17號，16窟建於唐大中五年至鹹通(851~867)間。窟前倚崖統建三層木構窟檐，故俗稱“三層樓”，爲清光緒三十二年(1906年)王道士主持修建，王道士於16窟甬道北側發現藏經洞，後編號爲第17窟。因此三層樓也是爲數不多的窟中窟。
其中，第十七窟(晚唐，848-906)又名藏經洞，位於第16窟甬道北壁，建於晚唐。原爲晚唐河西釋門都僧統洪bian(去聲，上"鞏"下"言")的影窟。十一世紀初葉，由於戰亂等原因，將大量佛經、佛畫、法器以及其它宗教、社會文書等五萬多件祕藏於此，砌牆封門，表層飾以壁畫，隨着時間的流失，封門之事漸漸被人遺忘……
1900年(清光緒二十六年五月二十六日)，這一祕室被道士王圓簶在清理積沙時，偶然發現。但令人痛心的是，自1905年至1915年期間，先後有英國人斯坦因、法國人伯希和及日本人桔瑞超、吉川小一郎、俄國人鄂登堡等紛至沓來，他們用低廉的價格從王道士手中騙購古文獻資料近四萬件。
敦煌遺書，包羅萬象，內容涉及到了四世紀到十一世紀中國古代的政治、經濟、軍事、文學、史地、醫藥、科技、民族、宗教、藝術等各領域。
藏經洞
1900年，在莫高窟居住的道士王圓籙爲了將已被遺棄許久的部分洞窟改建爲道觀，而進行大規模的清掃。當他在爲第16窟(現編號)清除淤沙時，偶然發現了北側甬道壁上的一個小門，打開後，出現一個長寬各2.6米、高3米的方形窟室(現編號爲第17窟)，內有從4世紀到11世紀(即十六國到北宋)的歷代文書和紙畫、絹畫、刺繡等文物5萬多件，這就是著名的“藏經洞”。
藏經洞的內壁繪菩提樹、比丘尼等圖像，中有一座禪牀式低壇，上塑一位高僧洪辨的坐相，另有一通石碑，似未完工。從洞中出土的文書來看，最晚的寫於北宋年間，且不見西夏文字，因此可推斷藏經洞是公元11世紀時，莫高窟的僧人們爲躲避西夏軍隊，在準備逃難時所封閉的。
莫高窟藏經洞是中國考古史上的一次非常重大的發現，其出土文書多爲寫本，少量爲刻本，漢文書寫的約佔六分之五，其它則爲古代藏文、梵文、齊盧文、粟特文、和闐文、回鶻文、龜茲文、希伯來文等。文書內容主要是佛經，此外還有道經、儒家經典、小說、詩賦、史籍、地籍、帳冊、曆本、契據、信札、狀牒等，其中不少是孤本和絕本。這些對研究中國和中亞地區的歷史，都具有重要的史料和科學價值，並由此形成了一門以研究藏經洞文書和敦煌石窟藝術爲主的學科——敦煌學。
藏經洞陳列館
利用原莫高窟下寺改建而成，陳列着跟藏經洞有關的文物，包括流失到國外的敦煌遺書和繪畫的複製品，以及藏經洞的發現和被劫掠的歷史回顧，並且有敦煌學的發展現狀介紹。
莫高窟的畫師
創造了莫高窟壁畫的古代畫師，大致分爲三類：一種是僧官，有一定的社會地位，但爲數不多。再就是畫僧，他們是僧侶也會作畫，人數較前者略多。最後便是純粹的畫工了，他們遊走四方居無定所，在洞窟裏作畫，便在洞窟裏起居，一旦完工，就再也看不到他們的身影了。可想而知這個巨大的繪製工程，一定是令許許多多的畫工，耗盡了畢生的精力，他們走進了這狀如蜂巢的石洞，恐怕就再也沒有走出莫高窟了，正是這樣一批優秀而又偉大的無名者，爲後世留下了，人類輝煌的絲路文明的影像。
