《琅琊榜之風起長林》將延續“琅琊榜”的內核，故事始於靖王之子、大梁新帝登基十餘年之後，靖王和梅長蘇均已仙逝，而前朝後宮權利角逐從未停歇，大梁邊境亦風雲再起。守護大梁北境的長林軍屢獲軍功，威名赫赫。在一次北境交戰中，內閣首輔荀白水暗中斷掉前線補給，戰困中長林軍副帥蕭平章身受重傷，在琅琊閣學藝的弟弟蕭平旌聞訊下山查案。
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三十年前，鄰國夜秦遭遇疫情，大梁爲自保封國道，濮陽纓因滅國之仇潛伏在大梁，並勾結琅琊榜第一高手，東海國主墨淄侯，暗中瓦解樑帝勢力與長林府，兩人於京城四處投毒，疫情迅速蔓延。濮陽纓設局，使蕭平旌與蕭平章先後中毒。此時北境急危，蕭平章放棄救治，奔赴前線支援後毒發而亡。一年後，樑帝駕崩，大渝進犯大梁，荀白水與萊陽王蕭元啓誘哄年幼樑帝頒旨，禁邊境興兵，蕭平旌抗旨出征擊潰大渝，長林編制因此被廢除。蕭元啓與墨淄侯暗中勾結，賣國謀逆。蕭平旌於危急之中起兵勤王，奔赴沙場營救樑帝。
