新中國成立後百廢待舉，發展重工業又是毛澤東、周恩來重點要解決的問題。派誰去主持重工業部的工作?他們考慮了許多人選，都因爲這樣或那樣的問題而不滿意。最後中央決定任命陳雲去擔任重工業部部長、由何長工任第一副部長。毛澤東在拍板時說，何長工有那麼一股幹勁，在東北軍工部幹得不錯，有貢獻，就由他任副部長。陳雲當時是政務院副總理，中央財政委員會主任，全面抓經濟建設，忙得不可開交，他就請示中央，由何長工以代部長的名義進行工作，領導重工業部的工作實際上就落在何長工的肩上。
(一)
我國的重工業十分落後。重工業部成立後，何長工主要抓了幾件事：首先，抓恢復生產和恢復性建設，通過企業的民主改革，把官僚資本的舊企業改造成社會主義企業。其次，爲重工業的發展進行規劃設計。他提出要建立武漢鋼鐵廠，得到周恩來等中央領導的支持。再次，聘請和培養管理和技術人員，請蘇聯專家幫助和指導編制計劃，制定企業管理條例、規程用以指導鋼鐵、機械、汽車等工業的生產技術工作。他積極支持並建立了新中國第一所高等國防工業大學———北京工業學院。最後，爲制定全國重工業第一個五年計劃作準備工作。這些都是具有開拓意義的工作，在中國重工業發展史上留下了永恆的一筆。
當時重工業中包括了航空工業。而中國的航空工業是一片空白。歷史的、現實的原因深深地刺痛了何長工。
何長工在一次中央財政委員會會議上提出了要發展自己的航空工業的想法，得到了陳雲、李富春和薄一波等同志的支持，但事關重大，他們表示要請示毛澤東和周恩來後才能最後決定。何長工又向周恩來彙報，得到周恩來的支持。周恩來向毛澤東談起何長工發展航空工業的想法時，毛澤東說：”何長工這一炮放得好啊!應該早點抓。”就這樣，發展航空工業的大戰略就定下來了。
1950午12月，在周恩來的主持下，組成了由何長工任團長的赴蘇聯談判代表團，準備到蘇聯去談判，請求他們支持中國發展航空工業。爲了搞好談判，周恩來親自指揮。他對何長工語重心長地說：”中國航空工業的建設必須從中國的實際出發，我們是先有空軍，而且正在朝鮮作戰，大批飛機需要修理;我們又是大國，靠買飛機、光搞修理是不行的，因此，中國發展航空工業的方針應當是先搞修理，後搞製造，再自行設計。”周恩來叮囑何長工，這次赴蘇聯談判一定要謙虛謹慎，規模搞得小些，主要解決修理的需要，保證朝鮮戰場作戰。這是因爲我們剛剛建國，還很窮，搞大了沒有力量。我國的航空工業沒有基礎，談判時原則上依靠他們，一定要爭取蘇聯幫助我們把航空工業建立起來。何長工問周恩來：“我這個團長權力有多大?”周恩來回答說：“你是全權代表，你說的話算數。”
帶着特殊的使命，何長工率領代表團飛赴莫斯科。何長工受到蘇方高規格的接待，但他沒有陶醉。一場艱難的談判在表面上輕鬆的情況下開始了。
蘇聯談判團的領導是大名鼎鼎的蘇共中央政治局委員、外交部長維辛斯基。他沒有把何長工放在眼裏，對何長工說，中國沒有一點工業基礎，連飛機輪胎都不能造，怎麼談得上建設航空工業。何長工不卑不亢，用英語、法語同維辛斯基爭辯。這倒引起了維辛斯基的注意。他問何長工是哪一個軍事學校畢業的。何長工自豪而又有些調侃地說：“我是遊擊大學畢業的，是毛澤東戰略大學畢業的，讀了22年，中華人民共和國成立才領到一張文憑。”
從何長工的言行舉止中，維辛斯基感覺何長工不是一個好對付的人。何長工的確不好對付。在爭論中，他提出要給斯大林打電話。維辛斯基感到非常驚訝，問何長工爲什麼要給斯大林打電話。何長工說：“第一，斯大林把希特勒消滅了，我向他表示致謝和祝賀。第二，我問候他身體健康。第三，我告你
的狀!你是個愛國主義者，不是一個國際主義者。你耍兩面派，你又贊成，又反對，贊成的成分少，反對的成分多!”何長工的一席話對維辛斯基刺激很大，他說：“向斯大林告我的狀，我還沒見到過。我接見的代表團中你是最‘凋皮’的了!”何長工說：“我還是‘中等調皮’的，‘大調皮’的還沒來。”何長工據理力爭，使維辛斯基轉變了態度，爲談判取得勝利奠定了基礎。經過18天的艱難談判，最後達成協議，何長工代表中國政府在協議上簽字。
(二)
1952年8月，何長工被任命爲地質部副部長。這又是對何長工的考驗。
地質部是一個新成立的部門。部長由李四光擔任。李四光是國際知名地質學家。黨中央派何長工去，其中重要的原因是要他多做一些地質部的日常工作，以保證李四光有一定的時間從事科學研究工作。何長工到任後砍下三板斧。
第一板斧就是抓幹部。地質部建部前後，全國新老地質人員一共才300來人。這就是全部骨幹，搞地質少了他們不行。這是何長工的第一印象。第二個印象是這一點幹部離實際需要實在差得太遠。第三個印象是，這些人，過去搞地層、古生物和一般地質構造的調查，從事研究工作的居多數，做過礦產勘查的，只是很少一部分人，而且還只限於地表觀察。面對這種情況，何長工把眼光投向老幹部隊伍和大中專畢業生，不斷擴大隊伍，同時，大力抓正規學校的建設、舉辦各種專業短訓班等。
第二板斧是抓設備。舊中國連最簡單的地質羅盤都不能生產，更談不上製造鑽機和精密的物理探礦儀器。新中國成立之初，地質設備主要是從蘇聯進口，這解決了燃眉之急，但不是長久之計。
何長工作爲主管日常工作的副部長，心裏特別着急，他對供應司的領導說：“供應司不能光管供應一般材料，要做到：一是供應地質勘探的設備，要自己搞設備，靠自己生產;二是供應生活用品，這一點是地質工作特點所決定的，地質工作者常年跋山涉水，在野外作業，沒有一定的生活裝備保障，不能克服艱苦環境所造成的困難，隊伍的鞏固和發展就有困難。”
爲了解決地質設備生產，何長工借雞下蛋，找老戰友呂正操，把鐵道部在張家口的一個鐵路工廠劃到了地質部;找湖南的張平化，把衡陽機械廠劃歸地質部。他還採取同樣的辦法從別的地方借廠，到1966年，僅地質部直屬的工廠就有11家。
第三板斧就是抓科研。何長工說他是從旁“大聲疾呼”，但實際上他在其間不僅僅是敲敲邊鼓，而是發揮了十分重要的作用。在他和同事的努力下，地質科研工作從零起步，一步一個腳印，到1966年地質部所屬的科研院所發展到16家，此外還建立了地質資料館，地質博物館和地質圖書館。
通過努力，地質工作出現了前所未有的好局面。何長工在自己的回憶錄中用數字來說明地質工作的偉大成就：全國地質系統的職工由1952年底的6400多人發展爲20萬人，其中大中專以上程度的技術人員佔1/4以上。到1966年，爲全國探明儲量的礦種爲103種，打破了中國“貧鐵、缺銅、少油”的定論，爲中國經濟的發展作出了巨大貢獻。
從枯燥的數字中我們可以看到何長工那顆火熱的心，他曾經在江漢平原指導石油地質勘探時說過：“打不出油來，我只好去跳長江!”當在江漢平原鑽出油來時，他發自內心地向地質工作者說了一聲”謝謝”!
儘管何長工在去地質部工作時說過，因爲腳傷不能爬山，但是，他到任後，地質部重點勘探的礦山，他基本都去過。
(三)
1966年開始的“文化大革命”，使全國陷入了一片混亂。早年參加革命，馳騁疆場的何長工被戴上了“走資派”的帽子。對這一點何長工始終沒有想通。運動開始時，他想去適應運動，但是沒有想到運動會搞到自己頭上。
無休止的批鬥使何長工感到十分委屈。但是一些不知名的同志暗中保護他，又使他感到欣慰。
1969年4月，何長工等人被送到北京市清河地質部農場“勞動改造”。11月，又被送到江西峽江縣地質五七幹校“改造”，這時何長工已是69歲的老人了。繁重的體力勞動嚴重地損害了他的身體。不久後，經周恩來批准，何長工回到北京治病。正在這個時候，發生了“九一三事件”，中國的政治形勢出現了轉機。何長工不失時機地給毛澤東和周恩來寫信，要求徹底推翻強加在自己身上的不實之詞，重新爲黨工作。1973年毛澤東指示，何長工的歷史是清楚的，中央也是瞭解的，他沒有歷史問題。這對何長工來說，是一件值得安慰的事，但是當時的政冶氣候是乍暖還寒，他的問題並沒有得到完全解決。
1975年4月，何長工給主持中央日常工作的的鄧小平寫信。鄧小平過問了何長工的事。這一年的五一國際勞動節，何長工收到了遊園聯歡的請柬。
這已經是遲到9年的請柬了。何長工接到請柬，心中有說不出的滋味。
何長工最大的心願是要爲黨繼續下作。現在年歲也大了，做其他工作已經力不從心了，他考慮到自己過去長期從事軍事教育工作，就寫信給毛澤東要求去做軍事教育工作。毛澤東接信後批示同意他去軍政大學工作，11月下旬，中央軍委任命何長工爲中國人民解放軍軍政大學副校長。這時的何長工已是74歲的老人，重新穿上了軍裝。1980年他當選爲第五屆全國政協副主席，1982年被選爲中共中央顧問委員會常委。
畢竟年歲大了，何長工要讓路給年輕入，他三次請辭：第一次是請求從軍事科學院副院長的崗位上退下來;第二次是辭去全國政協副主席職務;第三次是請求辭去中央顧問委員會常委職務。
中央接受何長工的請求，他離職了，但他沒有休息，他要把自己一生的經歷記錄下來，作爲教育下一代的材料。1987年12月，何長工在北京病逝。
