此案一出，官場風波頓起，衆臣幾乎羣表反對。反對主要來自兩方面。
一方是以軍機大臣鐵良、榮慶等爲主的滿族親貴。取消軍機處，儘管他們可能另外任職，但權力畢竟要大大削弱。如果成立責任內閣，規定官員不得兼職，如榮慶便只能專任學部尚書，擬定身兼戶部尚書與練兵處會辦等要職的鐵良出任內閣副總理後也要辭去兼職，其財政權和兵權將同時失去。而且，袁還設想，待上議院成立後，王公、貝勒、貝子等不實際干政，讓他們充當議員。這使得這些公、子們憤怒異常。鐵良堅稱：“立憲非中央集權不可，實行中央集權非剝奪督撫兵權財權、收攬於中央政府則又不可”，其攻擊矛頭直接對準袁世凱、張之洞等地方督撫大員。滿漢矛盾，隱然可現。
袁世凱則堅持己見，爭辯道：“別無良策，仍不外趕緊認真預備立憲一法，若仍悠忽因循，則國勢日傾，主權日削……”甚至贊同立憲的載澤也擔心奕、尤其是袁世凱的權力因此過大，他在一道奏摺中也指責他們是：“假立憲以粉飾虛文，借改官制以驅除異己。”雙方一直激烈爭辯。在一次會議上，醇親王載灃竟拔出手槍直抵袁世凱胸前大聲說：“爾如此跋扈，我爲主子除爾奸臣!”經奕調解，方纔作罷。由於傳說內務府也要裁撤，所有太監都要裁去，有次袁世凱下朝時百餘名太監將他團團圍住大聲謾罵，有的甚至揮拳要打，幾成圍毆之勢。袁世凱招架不住，急忙大呼奕過來爲其解圍。經奕百般勸解，並保證絕不裁撤太監，這些太監才忿忿而去。爲避免更大的動盪，清廷不得不宣佈了官制改革中的“五不議”：第一，軍機處之事不議;第二，內務府事不議;第三，八旗事不議;第四，翰林院事不議;第五，太監事不議。
另一個主要的反對力量來自以瞿鴻、岑春煊、王文韶、趙炳麟等爲要角的漢族大臣、御史。他們有的一直與袁爭權，有的對袁結黨營私憤怒已久，因此紛紛上折慈禧，堅決反對。有的從中國傳統觀念出發，認爲改官制是“用夷變夏，亂國法而害人心”;認爲這樣內閣權重，如果“用人偶失，必出權臣”，有人甚至明確指出袁的“責任內閣”實際爲少數一二總理大臣專權，也就是袁世凱專權。
有的相反，從西方憲政制度對此進行批判，認爲這次改制完全虛假，指出外國君主立憲國的責任內閣之所以不能專權是因爲有議院監督、限制，中國議院一時恐難成立，所謂“責任內閣”既不對皇上負責又無議院負責，只是統攬了過去皇帝的權力。
御使趙炳麟指出：“立憲精神全在議院，今不籌召集議院，徒將君主大權移諸內閣，此何心哉!”他指出，袁之所以在沒有成立議院時先成立“責任內閣”，使皇帝居於無權地位，主要考慮是即便慈禧去世，光緒復出，也將無法報戊戌之仇。趙的批判從“制度”和制度背後的“用心”兩點出發，直擊要害，因此傳播甚廣。據說，光緒就曾當面對袁冷冷說道：“你的心事我全知道。”袁則不敢答話。
這樣，從王公親貴、大小太監到大臣御史，儘管觀點不同，但幾乎全都反對袁世凱的改官制，不是到慈禧處哭訴鬨鬧就是不斷上折，天天雞飛狗跳。向來濫施淫威、殺伐決斷的慈禧此時居然也寢食難安，向人訴苦道：“我如此爲難，真不如跳湖而死。”
軍機大臣、政務處大臣瞿鴻甚得慈禧信任，也是慈禧指定參與改官制的大臣之一。他與袁世凱、奕矛盾極深，在討論官制方案時勉強同意，但又另上一道《複覈官制說帖》反對軍機處與內閣合併。他利用慈禧單獨召見的機會，說責任內閣對太后不利，將大權旁落，而這一點最爲太后擔心、忌諱。慈禧太后最終“採鴻之議，仍用軍機處制。”慈禧在11月6日頒佈了以瞿鴻爲主導的新官制。
袁世凱過高估計了慈禧對自己的信任，在雙方鬥爭激烈之際，他在慈禧召見時竟面奏要求朝廷令守舊大臣退休，招致慈禧怒斥，並將參劾他與奕的大量彈章交二人同看。此時，袁才知道自己已成衆矢之的，局勢非常險惡。
朝廷在11月6日頒佈了以瞿鴻爲主導的新官制，使袁感到大勢已去，慌忙在11月18日上奏請求將自己除直隸總督以外的八項兼職全部開去，還主動提出，他掌握的北洋六鎮除第二、四鎮因“直隸幅員遼闊，控制彈壓須賴重兵”仍須由自己掌握，其餘四鎮均交歸陸軍部。朝廷有旨照準所請，袁以檢閱新軍南北秋操爲名請調出京，以避鋒芒。
