黃尊素，字真長，餘姚人。萬曆四十四年進士。除寧國推官，精敏強執。天啓二年，擢御史，謁假歸。明 年冬還朝，疏請召還餘懋衡、曹於汴、劉宗周、周洪謨、王紀、鄒元標、馮從吾，而劾尚書趙秉忠、侍郎牛應元、通政丁啓睿頑鈍。秉忠、應元俱引去。山東妖賊既平，餘黨復煽，巡撫王惟儉不能撫馭，尊素疏論之，因言：“巡撫本內外兼用，今盡用京卿，不若揚歷外服者之練習。”又數陳邊事，力詆大將馬世龍，忤樞輔孫承宗意。時帝在位數年，未嘗一召見大臣。尊素請復便殿召對故事，面決大政，否則講筵之暇，令大臣面商可否。帝不能用。
四年二月，大風揚沙，晝晦，天鼓鳴，如是者十日。三月朔，京師地震三，乾清宮尤甚。適帝體違和，人情惶懼。尊素力陳時政十失，末言：“陛下厭薄言官，人懷忌諱，遂有剽竊皮毛，莫犯中扃者。今阿保重於趙嬈，禁旅近於唐末，蕭牆之憂慘於敵國。廷無謀幄，邊無折衝，當國者昧安危之機，誤國者護恥敗之局。不於此進賢退不肖，而疾剛方正直之士如仇讎，陛下獨不爲社稷計乎?”疏入，魏忠賢大怒，謀廷杖之。韓爌力救，乃奪俸一年。
既而楊漣劾忠賢，被旨譙讓。尊素憤，抗疏繼之，略言：“天下有政歸近幸，威福旁移，而世界清明者乎?天下有中外洶洶，無不欲食其肉，而可置之左右者乎?陛下必以爲曲謹可用，不知不小曲謹，不大無忌;必以爲惟吾駕馭，不知不可駕馭，則不可收拾矣。陛下登極以來，公卿臺諫累累罷歸，致在位者無固志。不於此稱孤立，乃以去一近侍爲孤立耶?今忠賢不法狀，廷臣已發露無餘，陛下若不早斷，彼形見勢窮，復何顧忌。忠賢必不肯收其已縱之繮，而淨滌其腸胃;忠賢之私人，必不肯回其已往之棹，而默消其冰山。始猶與士大夫爲仇，繼將以至尊爲注。柴柵既固，毒螫誰何?不惟臺諫折之不足，即干戈取之亦難矣。”忠賢得疏愈恨。
萬燝既廷杖，又欲杖御史林汝翥，諸言官詣閣爭之。小璫數百人擁入閣中，攘臂肆罵，諸閣臣俯首不敢語。尊素厲聲曰：“內閣絲綸地，即司禮非奉詔不敢至，若輩無禮至此!”乃稍稍散去。無何，燝以創重卒。尊素上言：“律例，非叛逆十惡無死法。今以披肝瀝膽之忠臣，竟殞於磨牙礪齒之凶豎。此輩必欣欣相告，吾儕借天子威柄，可鞭笞百僚。後世有秉董狐筆，繼朱子《綱目》者，書曰‘某月某日，郎中萬燝以言事廷杖死’，豈不上累聖德哉!進廷杖之說者，必曰祖制，不知二正之世，王振、劉瑾爲之;世祖、神宗之朝，張璁、嚴嵩、張居正爲之。奸人欲有所逞，憚忠臣義士掣其肘，必借廷杖以快其私，使人主蒙拒諫之名，己受乘權之實，而仁賢且有抱蔓之形。於是乎爲所欲爲，莫有顧忌，而禍即移之國家。燝今已矣，辱士殺士，漸不可開。乞復故官，破格賜卹，俾遺孤得扶櫬還鄉，燝死且不朽。”疏入，益忤忠賢意。
八月，河南進玉璽。忠賢欲侈其事，命由大明門進，行受璽禮，百僚表賀。尊素上言：“昔宋哲宗得璽，蔡確等競言祥瑞，改年元符，宋祚卒不競。本朝弘治時，陝西獻玉璽，止令取進，給賞五金。此祖宗故事，宜從。”事獲中止。五年春，遣視陝西茶馬。甫出都，逆黨曹欽程劾其專擊善類，助高攀龍、魏大中虐焰，遂削籍。
尊素謇諤敢言，尤有深識遠慮。初入臺，鄒元標實援之，即進規曰：“都門非講學地，徐文貞已叢議於前矣。”元標不能用。楊漣將擊忠賢，魏大中以告，尊素曰：“除君側者，必有內援。楊公有之乎?一不中，吾儕無噍類矣。”萬燝死，尊素諷漣去，漣不從，卒及於禍。大中將劾魏廣微，尊素曰：“廣微，小人之包羞者也，攻之急，則鋌而走險矣。”大中不從，廣微益合於忠賢，以興大難。
是時，東林盈朝，自以鄉里分朋黨。江西章允儒、陳良訓與大中有隙，而大中欲駁尚書南師仲卹典，秦人亦多不悅。尊素急言於大中，止之。最後，山西尹同皋、潘雲翼欲用其座主郭尚友爲山西巡撫，大中以尚友數問遺朝貴，執不可。尊素引杜徵南數遺洛中貴要爲言，大中卒不可，議用謝應祥，難端遂作。
汪文言初下獄，忠賢即欲羅織諸人。已，知爲尊素所解，恨甚。其黨亦以尊素多智慮，欲殺之。會吳中訛言尊素欲效楊一清誅劉瑾，用李實爲張永，授以祕計。忠賢大懼，遣刺事者至吳中凡四輩。侍郎烏程沈演家居，奏記忠賢曰：“事有跡矣。”於是日遣使譙訶實，取其空印白疏，入尊素等七人姓名，遂被逮。使者至蘇州，適城中擊殺逮周順昌旗尉，其城外人並擊逮尊素者。逮者失駕帖，不敢至。尊素聞，即囚服詣吏，自投詔獄。許顯純、崔應元搒掠備至，勒贓二千八百，五日一追比。已，知獄卒將害己，叩首謝君父，賦詩一章，遂死，時六年閏六月朔日也，年四十三。崇禎初，贈太僕卿，任一子。福王時，追諡忠端。
