於大明王朝的滅亡，人們普遍認爲是明朝無法應對起義的農民軍，以及後金的鐵騎。但是當時明朝的國力其實並不弱，指揮得當的話，還是有後路的。
而人我們也忽略了明朝末年持續時間長達20餘年的西南土司叛亂。這場戰爭對明朝最後的命運也起到了至關重要的作用。
明朝雲貴川三省的少數民族地區一直採取世襲土官制度，由當地少數民族的首領擔任地方長官管理所轄區域，朝廷一般不干預其人事變動，只負責收稅邊防等事宜。不少地方還擁有自己的武裝力量，這種特殊的地方自治模式就是著名的土司制度。
有許多土司首領自恃天高皇帝遠在本地橫徵暴斂作威作福，甚至對抗中央。萬曆年間發生的楊應龍叛亂，也就是“萬曆三大徵”中的播州之役，明軍用兵十萬激戰一年才平定了這場叛亂。
此後明朝廷在當地推行改土歸流，但由於阻力太大，爲日後的叛亂埋下了伏筆。
萬曆後期官場腐敗，此時後金勢力已經崛起朝廷爲籌措軍餉大增賦稅，土司官員也對當地百姓橫徵暴斂，各族百姓苦不堪言。
四川永寧宣慰使奢崇明見有機可趁遂起兵反明。天啓元年九月，奢崇明以請纓支援遼東爲名率軍至重慶，不知真相的明朝官員開城出迎被叛軍盡行斬殺，隨即佔領了重慶。
接下來叛軍接連攻佔雲貴川三省許多座州縣。同年十月叛軍合圍了四川省城成都。四川巡撫朱燮元急調省內各處官軍和土司武裝支援，朝廷又調雲、貴、陝、鄂等省官軍入川，經過近兩年血戰終於在天啓三年春攻克叛軍老巢永寧，奢崇明兵敗僅以身免，這場叛亂才暫告一段。
在明軍平定奢崇明的同時貴州宣慰同知安邦彥又起兵叛亂，讓本已複雜的局勢更加混亂。
安邦彥家族可謂是西南土著的“活化石”，其家族早在三國蜀漢時就在水西居住，家人多勢衆實力雄厚，曾在萬曆年間平定楊應龍作戰中立功。但安邦彥並不滿足當一個受明廷管轄的土司，他見奢崇明叛明自立也萌生了割據貴州的野心。
這場影響深遠的叛亂直到崇禎二年八月才平定。這一戰前後歷時八年，明朝在山高路遠的雲貴高原用兵十餘萬，耗銀數百萬才艱難地平息了這場叛亂，而此時李自成等農民起義已席捲中華大地。
不幸的是又一場叛亂幾乎席捲整個雲南，此時的明朝已無力平亂。
1648年大西軍自四川南下繼續抗清終於剿滅了最後這支叛匪。至此歷時20餘年的明末西南民亂終告平定，但此時明朝早已壽終正寢。
西南民亂對川滇黔三省造成的戰爭創傷直到清朝康熙年間才得以逐步恢復，可以說西南土司叛亂與明末流民起義和滿清一起埋葬了大明王朝。
清朝深刻吸取明亡教訓，在雲貴川地區力行改土歸流。後來又專設雲貴總督，改變了自秦漢開始的西南半自治狀態，有力地加強了對邊疆的管理，鞏固了國家的統一
