對於大明王朝的崩潰，大家都習慣上認爲是明朝無法應對後金與流寇的兩線作戰導致最終全面失敗的。其實以當時明朝的國力如果戰法指揮得當至少是可以平定其中一方的。殊不知明朝此時還有一個第三條戰線，也極大地牽制和分散了明軍的主力，這就是持續時間長達20餘年的西南土司叛亂。這場戰爭對明朝最後的命運和此後西南各族造成了巨大而深遠的影響。
以夷制夷鬆散政策，半土半流動亂伏筆
明朝對雲貴川三省的少數民族地區一直採取以夷制夷的羈縻政策，也就是世襲土官制度，由當地少數民族的首領擔任地方長官管理所轄區域，朝廷一般不干預其人事變動，只負責收稅邊防等事宜。
西南地區有衆多的“土縣”、“土州”、“土府”、“宣慰司”等行政區單位。不少地方還擁有自己的武裝力量，這種特殊的地方自治模式就是著名的土司制度。土司官員們在當地經營多年，勢力根深蒂固。
有許多土司首領自恃天高皇帝遠在本地橫徵暴斂作威作福，甚至對抗中央。有明一代西南地區經常發生程度不等的叛亂，其中名氣最大的當屬萬曆年間發生的楊應龍叛亂，也就是“萬曆三大徵”中的播州之役，明軍用兵十萬激戰一年才平定了這場叛亂。
此後明朝廷在當地推行改土歸流，但由於阻力太大，進展非常緩慢西南地區依舊是半土半流的管理模式這就爲日後的叛亂埋下了伏筆。
奢安之亂橫掃川黔，西南大地狼煙四起
萬曆後期官場腐敗日甚一日，此時後金勢力已經崛起朝廷爲籌措軍餉大增賦稅，土司官員也對當地百姓橫徵暴斂，各族百姓苦不堪言。
四川永寧宣慰使奢崇明見有機可趁遂起兵反明。天啓元年九月，奢崇明以請纓支援遼東爲名率軍至重慶，不知真相的明朝官員開城出迎被叛軍盡行斬殺，隨即佔領了重慶。
接下來叛軍接連攻佔雲貴川三省許多座州縣。同年十月叛軍合圍了四川省城成都。四川巡撫朱燮元急調省內各處官軍和土司武裝支援，朝廷又調雲、貴、陝、鄂等省官軍入川，經過近兩年血戰終於在天啓三年春攻克叛軍老巢永寧，奢崇明兵敗僅以身免，這場叛亂才暫告一段。
在明軍平定奢崇明的同時貴州宣慰同知安邦彥又起兵叛亂，讓本已複雜的局勢更加混亂。
安邦彥家族可謂是西南土著的“活化石”，其家族早在三國蜀漢時就在水西居住，家人多勢衆實力雄厚，曾在萬曆年間平定楊應龍作戰中立功。但安邦彥並不滿足當一個受明廷管轄的土司，他見奢崇明叛明自立也萌生了割據貴州的野心。
天啓二年安邦彥以赴川助剿奢氏爲名攻佔畢節自稱“羅甸大王”，拉開反叛序幕。此時明軍主力都在平定奢氏，貴州兵力空虛。安邦彥叛軍很快就佔領了貴州大部地區，甚至還擊敗過貴州總兵率領的主力官軍、圍攻貴陽，威脅湖廣。明軍在掃平奢氏後集中七省大軍圍剿安邦彥。
由於明軍指揮失誤和軍隊間配合不利，再加上貴州地形複雜，數年間雙方一直拉鋸作戰互有勝負，直到崇禎元年曾經平定奢崇明叛亂的朱燮元任兵部尚書總領西南軍務採取了步步蠶食的策略使安邦彥日趨困窘。
崇禎二年八月，明軍在永寧殲滅安氏叛軍主力，斬殺了安邦彥和依附於他的奢崇明。至次年春徹底掃平了叛軍的殘餘勢力。這一戰前後歷時八年，明朝在山高路遠的雲貴高原用兵十餘萬，耗銀數百萬才艱難地平息了這場叛亂，此時高迎祥李自成等農民起義已經如火如荼。正當明朝意圖調動西南部隊北上之際，雲南又發生規模更大的普名聲反叛。
沙普之亂最後一擊，明亡清興改土歸流
發生在川黔兩省的奢安之亂也激發雲南部分土司的野心，他們一面積極出兵幫助明軍掃平叛亂另一方面暗中儲備勢力伺機反叛，阿迷土司普名聲就是其中的代表。
普氏是阿迷地區的土著家族，普氏在助剿奢安過程中積攢了大量兵力同時又與緬甸勾結。崇禎四年六月，雲南巡撫王伉率軍征剿先後在阿迷、臨安等地被叛軍擊敗，普名聲此時還實施反間計派人進京賄賂言官御史上奏彈劾王伉尋釁邀功，朝廷果然中計在陣前逮捕了王伉，若不是別部明軍偷襲阿迷明軍會遭到更慘重的失敗。王伉被捕使形勢發生了新的變化，主張招撫普氏的“主和派”開始登場。
崇禎五年廣西知府張繼孟單槍匹馬赴阿迷，利用普名聲與其妻萬氏和手下人間的矛盾分歧成功招降了這支叛匪。
同年末普名聲暴亡萬氏繼續統領餘衆，萬氏一改過去對抗官府攻城拔寨的做法，在接受招撫的同時繼續向周邊暗中擴張燒殺搶掠，普萬勢力已經讓明朝在基層的統治基礎名存實亡。由於此時中原已經陷入農民起義的大潮，朝廷再也調不出大軍征討西南叛亂了。
1645年，萬氏女婿沙定洲趁明朝滅亡之際再度起兵作亂，攻佔了省城昆明最盛時幾乎席捲全滇。1648年大西軍自四川南下繼續抗清終於剿滅了最後這支叛匪。至此歷時20餘年的明末西南民亂終告平定，但此時明朝早已壽終正寢，西南民亂對川滇黔三省造成的戰爭創傷直到清朝康熙年間才得以逐步恢復，這條不爲人知的戰線與明末流民起義和後金(清)一起埋葬了大明王朝。
清朝深刻吸取明亡教訓，在雲貴川地區力行改土歸流。後來又專設雲貴總督，有力地加強了對邊疆的管理，改變了自秦漢開始的西南半自治狀態，維護了國家的統一
