吳澄終生治經，孜孜不倦，從年輕時校訂“五經”，到中年又“採拾羣言”，“以己意論斷”，再“條加記敘”，並努力探索朱熹研究五經“未盡之意”，直至晚年方纔修成《五經纂言》。除了《詩纂言》而外，其餘《易纂言》《書纂言》《禮記纂言》《春秋纂言》四種以及《易纂言外翼》《儀禮逸經傳》《孝經定本》《道德真經注》等書，均爲《四庫全書》所著錄。黃宗羲在《宋元學案·草廬學案》中評贊曰：“朱子門人多習成說，深通經術者甚少。草廬《五經纂言》，有功經術，接武建陽(朱熹)，非北溪(陳淳，朱熹“高弟”之一)諸人可及也。”
的確如此，吳澄撰修《五經纂言》，在編次整理經文的同時，還特別對其內容從義理方面加以疏解，深入探討其微言大義，發明張大朱熹之說。他擺脫了漢唐侷限於文字訓詁的治經方法，在五經研究上完成了由漢、唐的典制訓詁轉入宋元的義理疏注這一發展過程。毋庸置疑，這確是“朱子門人所不及”的經學成就。即使在元代，研究五經者雖然不乏其人，但唯有吳澄的成就最爲顯著。
朱熹的學說對吳澄影響很大。
吳澄與許衡同爲元代名儒，當時號稱“北有許衡，南有吳澄”。許衡主要是承傳程、朱之學，而吳澄則主要是折衷朱、陸之學。《宋元學案·草廬學案》將吳澄列爲“朱熹四傳”、“象山私淑”。全祖望說：“草廬出於雙峯(饒魯)，固朱學也，其後亦兼主陸學”;“然草廬之著書，則終近乎朱”。(《宋元學案》卷92)吳澄，就其師授而言，當是朱學人物，所著《五經纂言》，也是“接武建陽(朱熹)”;但從其論學實際來看，吳澄又是元代“和會朱陸”的突出人物。對於朱、陸之學，他既看到了其相同的一面，也看到了其相異的一面，他企圖解決朱、陸之間的矛盾，進而和會朱、陸。在理學上，吳澄確實談了不少朱學的內容;但對於朱、陸的分歧，他又基本否定了朱熹的“道問學”論，而接受了陸學的本心論，提倡讀書問學當以陸象山的“尊德性”爲本，這在一定程度上克服了朱熹哲學方法與體系的矛盾。因此，草廬學說是折衷朱、陸的產物。
以下分別從道統論、天道觀、心性說三個主要的方面，對吳澄的理學思想進行簡要的論析。
道統論儒家道統說，始於唐代古文家韓愈。韓愈爲了闢佛反老，特提出儒家聖人傳道的道統。此說一倡，遂爲後世儒家所祖述，道統也就成了儒學名流自謂得孔門心傳、以擡高自己身價的工具。程頤、朱熹、陸九淵等人就是如此，吳澄則更有甚之。他19歲作《道統圖》，便慨然以接武朱熹繼承道統自任。對於道統，吳澄曾有這樣的論述：
道之大原出於天，神聖繼之。堯舜而上，道之元也;堯舜而下，其亨也;誅泅鄒魯，其利也;鐮洛關閩，其貞也。分而言之，上古則羲皇其元，堯舜其亨，禹湯其利，文武周公其貞乎!中古之統，仲尼其元，顏曾其亨，子思其利，孟子其貞呼!近古之統，周子其元，程張其亨也，朱子其利也。孰爲今日之貞乎?未之有也，然則可以終無所歸哉?(《元史·吳澄傳》)
從這段文字中，充分體現出吳澄道統論的幾個主要觀點：
其一，以天爲道統之原。韓愈的道統始於堯舜，而吳澄則借用董仲舒“道之大原出於天”之說，視天爲道統之原，堯舜繼之。這顯然反映了宋以來儒家的宇宙本體觀念。
其二，高度重視宋代理學。吳澄根據《周易》的元、亨、利、貞排列，把道統的發展過程分爲上古、中古。近古三個歷史階段，每一階段又分爲元、亨、利、貞四個小段;而特別把兩宋理學排在儒學發展的“近古”階段，亦即最後階段，處於終結之“貞”的最高位置。這表明吳澄對於兩宋理學的極端重視。
其三，一自我標榜爲朱子傳人。吳澄在《道統圖》中，將近古理學階段從周敦頤發展到朱熹，按序排列爲元、亨、利，而處於終結的“貞”卻有意留下一個空缺。顯然，吳澄的本心是想以“貞”自任，從而躋身於宋儒諸子之列，成爲朱熹之後道統的繼承人。
天道觀探討太極、理、氣的內涵及其相互關係，是理學的基本內容。吳澄的天道思想，主要包括自然觀、太極與理氣論。關於天、地、日、月和人、物的形成，吳澄認爲皆本於“一氣”。他曾經說過：
天地之初，混沌洪濛，清濁未判，莽莽蕩蕩，但一氣爾。及其久也，其運轉於外者，漸漸輕清，其凝聚於中者，漸漸重濁;輕清者積氣成象而爲天，重濁者積塊成形而爲地。天之成象者日月星辰也，地之成形者水火土石也。天包地外，旋繞不停，則地處天內，安靜不動。天之旋繞，其氣急勁，故地浮載其中，不陷不墮，歧伯所謂大氣舉之是也。天形正國如虛球，地隔其中，人物生於地上。地形正方如搏骰，日月星辰旋繞其外，自左而上，自上而右，自右而下，自下復左。(《吳文正公全集》卷1《原理》)
吳澄的所謂“氣”具有實體性，是形成天地人物的質料。這種認識應當說具有一定的唯物論因素。
然而，吳澄並未把“氣”作爲宇宙的本原，而將宇宙本原另屬之於“理”和太極。對於氣與理的關係，吳澄認爲：“自未有天地之前至既有天地之後，只是陰陽二氣而已。本只是一氣，分而言之則日陰陽，又就陰陽中細分之，則爲五行，五行即二氣，二氣即一氣。氣之所以能如此者何也?以理爲之主宰也。理者非別有一物在氣中，只是爲氣之主宰者即是，無理外之氣，亦無氣外之理。”(《吳文正公全集》卷2《答人問性理》)吳澄認定理是氣的主宰者，但它又寓於氣中，理氣不可分割。
關於理和太極的關係，吳澄則視理爲太極，爲精神本體。在他看來，天地生滅，人銷物盡的變化反覆，統統是由於“太極爲之”。太極之所以能起到主宰宇宙的作用，是由於它本身包含的動靜之理，能隨“氣機”之動靜而動靜。但太極本身又是“衝漠無朕，聲息泯然”，“無增無減，無分無合”。可見，吳澄是把太極作爲宇宙的本原，而太極本身卻是一個寂然不動的絕對體，這種宇宙觀無疑屬於唯心主義的範疇。
再進一步，吳澄還把太極等同於天、帝、神、命、性、德、仁等範疇。按照他的解釋，太極就其“全體自然”而言叫做天，就其“主宰造化”而言叫做帝，就其“妙用不測”而言叫做神，就其“賦與萬物”而言叫做命，再就“物受以生”而言叫做性，得此性便叫做德，就其“具於心”而言叫做仁。如此一來，吳澄的所謂“太極”，不僅是宇宙的本體，是普照天地的萬能神，而且它還具有道德的屬性，是人生最高的理想和極則，也就是天理。
心性說人如何認識天理，並做到與之合一，這是理學家們研究的重要課題。朱熹是持之以格物，陸九淵是持之以本心，而吳澄則是“和會朱陸”，形成了自己的心性說。
