歷史教科書上，“焚書坑儒”一案，至今讓秦始皇爲人詬病。在驪山西麓有個叫洪慶堡的村落，據說就是當年這一樁慘絕人寰的坑儒事件發生所在地。古代叫古馬谷，後來人們因此稱其爲坑儒谷。
“冤骨積於坑谷，流血淬於泉壤”。相傳秦始皇在古馬谷活埋了儒生後，此地就“草樹無顏，愁雲晝昏，時聞夜哭，知有冤魂”。儒生銜冤含恨，天陰雨溼，谷中風聲悽淚。
據說後來漢代在這裏建“慰儒鄉”，以表對儒生的慰懷。唐玄宗也曾建“旌儒廟”，命中書餘人賈至撰文勒石，彰祭死難諸儒先賢，並將“慰儒鄉”改爲“旌儒鄉”，以示旌表。宋又據原來碑文，重新刻碑作序。碑序中載：“坑儒谷在臨潼城西南二十里，驪山平原橫坑村。”
當地村民告知：在遺址近旁一條溝中，發現了厚達30釐米的骨粉層，似乎證明了這一事實。那麼，秦始皇爲何實施這一殘酷暴行呢?
史學家們至今有爭論，有三種看法：
第一種，歷史上並無焚書坑儒一事。持這一觀點的是民國時期興起的"疑古派"，然而，近幾十年的出土文物，有力地支持這起事情的真實性。
第二種，秦始皇確實坑殺了一些人，不過只是些方士，或稱術士。在尋找長生不老藥時，欺騙秦始皇，攜錢財逃跑，後牽連460餘人全部坑殺。至於焚書，也僅是《詩》、《書》，並不包括醫、卜之類的文籍。司馬遷距離事件發生時間，僅百餘年，且出身史令世家，其所著《史記》從未提起過"坑儒"二字。若確有其事，應該不會不記載。
第三種，秦始皇並沒坑儒，只是焚書，而且爲了政治改革。儘管確立了郡縣制。然而很多大臣主張依古制實行分封制，鼓吹效仿三皇五帝，分封諸侯國。這些儒者的主張不合時宜，自然遭到秦始皇反對。爲統一思想，樹立君權的絕對權威，秦始皇採納李斯的建議：史官非秦記皆燒之;非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者，悉詣守，尉雜燒之;有敢偶語《詩》、《書》者，棄市;以古非今者，族，吏見知不舉者與同罪;令下三十日不燒，黥爲城旦。所不去者:醫藥、卜筮、種樹之書。若欲有學法令，以吏爲師。
也就是說，秦始皇焚書也並不是什麼書都燒燬!《尚書》被焚，源於記載上古聖王的治世理念，而其《詩經》，因爲詩經中多讚頌歷代君王，始皇不願有六國遺黨頌六國先王。除民間之外，“博士官所職”有沒有《詩》、《書》、百家語呢?若有，燒不燒?原文的規定是含混的。
王充在《論衡·正說篇》中認爲，法令規定只燒私人所藏的《詩》、《書》、百家語，博士官所收掌的不燒。後世學者多沿襲其說。清人劉大櫆著《焚書辨》，認爲博士收掌之書未焚於秦始皇，而項羽屠咸陽、燒宮室時才被燒燬，因此罪魁是不應該全部歸在秦始皇身上。
