光武十年(1906年)3月2日，伊藤博文來到漢城，就任韓國統監。他先後扶植樸齊純和李完用建立傀儡內閣，又以協助韓國改革爲名，拋出“施政改善”的幌子，強迫韓國向日本借款1000萬日元，引發了韓國人民的“國債報償運動”。而高宗皇帝也不甘心做傀儡，《乙巳條約》簽訂不久，高宗皇帝就祕密寫信給美、俄、德、法4國首腦，宣佈《乙巳條約》無效，但這四國首腦都不予理睬。
光武十一年(1907年)，發生了“海牙密使事件”。海牙召開第二屆萬國和平會議。高宗皇帝祕遣李相卨、李儁、李瑋鍾三人帶着高宗致俄國沙皇尼古拉二世的書信和參加會議的委任狀前往海牙，控訴日本對韓國的侵略，呼籲各國聲援韓國，宣佈《乙巳條約》無效。由於與會各國均承認日本對韓國的保護權，於是向高宗皇帝確認代表身份，此時韓國電信權落入日本手中，詢問電被日方扣留，伊藤博文聞訊大怒，通知和會委任狀系僞造。日本指責韓國違反了保護條約，企圖藉機廢黜高宗。伊藤威脅高宗說： “陛下用如此陰險手段蹂躪日本的保護權，不如對日宣戰”，“陛下若想抵抗日本，不必祕密進行，大可以公開幹”。伊藤還指使韓國賣國組織“一進會”開展要求高宗退位的活動。在伊藤的唆使和恫嚇之下，李完用內閣於1907年7月6日至18日舉行3次御前會議。會上農商工部大臣、一進會會長宋秉畯對高宗進行威脅說：“今爲陛下着想，只有兩計：一則陛下親赴日本，向其(明治天皇)謝罪，二則陛下……迎長谷川司令官，向其謝罪，不然開戰敗後將如何受辱，難以設想。”7月17日，李完用等七大臣逼迫高宗退位，高宗忍無可忍，拍案怒斥道：“卿等欲將朕賣與統監乎!”同日，日本外相林董抵達漢城，和總理大臣李完用一起逼高宗退位，雙方僵持不下。高宗宣佈“軍國大事由皇太子代理”，日本人卻詭稱韓國皇帝已經退位。
光武十一年(1907年)7月19日，日軍在漢城南山倭城臺正對着慶運宮駕設6門大炮，並派日軍包圍慶運宮。在日本兵嚴密看護下，7月20日在慶運宮中和殿舉行“禪位儀式”。皇太子李坧即位，是爲純宗，改元隆熙。
純宗即位四日後，在漢城的日本外相林董和韓國統監伊藤博文將韓國總理大臣李完用喚至韓國統監府，交給他事先擬好的七款《日韓協約》草案。李完用立即召開內閣會議，一字不動地通過了這一協約，當晚李完用在伊藤住所簽字，史稱《丁未七款條約》(第三次日韓協約)。協約內容是：第一、韓國政府在改善施政方面，必須接受統監的指導;第二、韓國政府制定及採取重要的行政措施，均須事先得到統監的同意;第三、韓國的司法事務，須與普通行政事務區分開;第四、韓國高等官吏的任免，須經統監同意;第五、韓國政府應任命統監所推薦的日本人爲韓國官吏。
隆熙元年(1907年)7月27日，日本又迫使韓國傀儡政府公佈《新聞法》，7月29日，發佈《保安法》，剝奪了韓國人民言論、出版、集會、結社的一切自由。8月1日，日本強行解散韓國軍隊。這一行動激起了第二次反日義兵運動的高潮，日本急忙集結兵力，纔在兩年後鎮壓了義兵運動。同時，也開始了由日本人作爲次官，實際掌握中央及地方行政大權的時期。
爲加速吞併韓國，日本在韓國加強了軍事警察統治。統監府成立時，在韓國的日本憲兵約有800人，隆熙元年(1907年)末已增爲2000多人，隆熙二年(1908年)更達到8600多人，憲兵特務遍佈韓國各地。日本過去在韓國只有1個師團的兵力，韓國統監府成立後到隆熙二年(1908年)5月前，又增加1個旅團，兩個步兵聯隊(團)和1個騎兵聯隊。對韓國人民的反抗，採取了殘酷迫害和血腥鎮壓的措施。據統監府顯然是縮小的官方統計，從隆熙元年(1907年)7月到隆熙二年(1908年)底，就殺害了近一萬五千名反抗日本的韓國人。
隆熙三年(1909年)春，日本外相小村壽太郎令外務省政務局長倉知鐵吉起草關於韓國問題的文件。倉知鐵吉擬訂了吞併韓國的《對韓政策的方針》和《對韓施政大綱》。3月30日，小村向首相桂太郎提交了這兩份文件，桂太郎當時即交給內閣考慮。4月10日桂太郎、小村和正在東京的韓國統監伊藤3人就吞併韓國問題密談。伊藤博文表示完全同意兩個文件。7月6日日本內閣通過了文件，並得到天皇批准。《對韓政策的方針》即關於日韓合併的決議規定：“在適當時機斷然實行對韓國之合併。使合併後之韓國成爲(日本)帝國版圖之一部分。” 《對韓施政大綱》則主要有以下內容：在合併韓國時機到來之前，須“在韓國駐紮必要之軍隊，並增派大批憲兵及警察”;“將韓國鐵路移交日本政府的鐵道院掌握”;“儘可能多地向韓國移民，以加強日本勢力”;“進一步擴大在韓國中央政府及地方官廳的日本人官吏的權限”，等等。 7月12日，日本又強迫韓國政府簽訂“協約”。韓國政府向統監府司法廳交出司法權和監獄事務，接着又取消了韓國政府的軍部。
