日俄戰爭以日本獲勝告終。光武九年(1905年)9月，日俄簽訂《朴茨茅斯和約》，日本自此獨佔朝鮮半島。於是日本政府逼迫韓國與之締結其一手炮製的保護條約，在韓國宮廷的御前會議上，諸大臣堅決反對締約，親日派也不敢明目張膽地同意締約。當年11月17日，日本派遣數萬軍隊開入漢城，包圍慶運宮。日本特使伊藤博文和駐韓司令長谷川好道攜條款親自進宮，由於高宗稱病缺席，由韓國政府的八大臣負責會見伊藤博文。伊藤博文對八大臣威逼利誘，以學部大臣李完用(李完用已由親俄轉向親日)爲首的原本親日的五大臣同意締約，其餘三人則表示反對，其中參政大臣(總理大臣)韓圭卨因爲堅決反對締約被日本軍強行拖出宮廷。日本軍還從韓國外部奪取大印，強迫韓國外部大臣樸齊純在《日韓保護協約》(第二次日韓協約，又稱“乙巳保護條約”)上簽字。大韓帝國從此名存實亡。
根據這個協約，韓國撤消外交機關，並不設外務大臣職務，這樣，韓國就失去外交及內政主權，變成日本的保護國，實際上已成爲日本的殖民地。《日韓保護協約》簽訂的消息傳出後，立即激起韓國人民的強烈反對。韓國各階層人民一致要求“廢除保護協約”、“驅逐倭寇、誅滅五賊”。《皇城新聞》立即把簽約的真相公佈於世。稱保護協約公佈之日爲韓國“全民哀悼的日子”。主筆張志淵所撰寫的題爲“是日也，放聲大哭”的社論，反映了韓國人民對保護協約痛恨之情。當時韓國社會的情況，“學生閉校痛哭，教徒呼天悲泣，商賈撤市狂呼，儒生投章叫闔，元老大臣抗事累日，而日人或以兵劫之，或拘而辱之。於是侍從武官長閔泳煥拔刀自刎，原任議政大臣趙秉世飲藥自裁，殉於獨立。農民金臺根在水原停車投石擊伊藤博文不中。奇山度、李種大、金錫恆等十一人謀刺五賊，事泄被逮，李建奭嘔血死獄中。”
此後在韓國全國形成了聲勢浩大的反抗運動和第二次反日義兵運動，其中以忠清道的閔宗植、全羅道的崔益鉉、慶尚道的申乭石這三支義兵部隊最爲活躍，沉重打擊了各地的日軍和傀儡政府。此時主掌韓國國政的學部大臣李完用、軍部大臣李根澤、內部大臣李址鎔、外部大臣樸齊純、農工商大臣權重顯被韓國人民罵爲“乙巳五賊”。簽約的當天，賣國賊李完用家被人放了火。《乙巳條約》簽訂後，日本對韓國的控制由顧問統治轉爲日本韓國統監府的太上皇統治，即統監政治(保護政治)時期。11月23日，日本政府公佈了協約全文，並將此事通知與韓國有外交關係的各國政府，要它們撤走駐韓外交代表機構。在各國外交使團尚未撤離時，日本就關閉了駐漢城的使館，成立了統治韓國的新機關—韓國統監府，派樞密院議長伊藤博文爲第一任統監，各道的日本領事館也撤銷，成立了統監府的地方機關—理事廳。
