1941年12月7日，日本向停泊在夏威夷珍珠港的美國艦隊發動了一次大規模的突襲，使美國人蒙受了有史以來最大的慘敗。使這次偷襲顯得更爲驚人的還有下述這樣兩個事實：一是這次偷襲發生時，日本外交官正在華盛頓扮演和平使者的角色;二是日本同時也在西太平洋地區發起攻勢，在接下來的幾個月內給美國和其他西方國家造成了一系列重創。人們普遍擔心，美國西海岸將是日本軍事攻擊或直接入侵的下一個目標。
美國人對日本的氣憤與恐懼，一股腦兒發泄到美籍日本人身上。對日本人進行辱罵和施暴時有發生，聯邦調查局則以美國安全的潛在危險爲藉口，搜捕了約15 000名日裔美國人。這次搜捕得到日裔領導人的公開支持，他們把本族年長者的親日立場看做是對美國的不忠，是對一般日裔美國人的威脅。可是，對日本人的此種歇斯底里發作和搜捕的範圍不斷擴大，隨時都可能發生。1942年2月，羅斯福總統簽署一項行政命令，授權軍隊可以將“有關人等”從軍方指定的“軍事地區”內趕走，“安置”在其他地方。雖然這項行政命令沒有明文使用“美籍日本人”一詞，但實際上在西海岸大批被抓走的就是他們，與別的種族無涉。在1942年3月至11月間，有10萬名日本人，包括男女老少，被運往加州到阿肯色州一帶荒無人煙的各個巨大的拘留營。這一帶是“以前沒人住過，其後也沒人住過的”不毛之地。
具有諷刺意義的是，偷襲雖然發生在夏威夷，可那兒的15萬日裔美國人卻沒有被拘留。拘留政策與其說和官方解釋的“軍事需要”有關，倒不如說美國本土上強烈的反日情緒和負責西海岸防衛總部的那位將軍的人品有關。J?L?德維特將軍是一個年邁的職業官僚，其經歷主要在後勤而不是實地作戰，在同僚中的威望不高。給日裔美國人建造拘留營使他能擴大其官僚勢力，從而在公衆眼裏顯得他是個大人物。誠然，使此舉成爲可能的，還是那種對日本(不管是在日本還是在美國)的普遍恐懼和敵意。當德維特將軍公開聲稱“日本鬼子就是日本鬼子，不管是不是美國公民”時，他道出了珍珠港事件之後的廣大民意。拘留日裔美國人的政策得到了廣泛的支持，右翼的赫斯特報系和專欄作家威斯特布魯克?佩格勒一類的種族主義者，厄爾?沃倫和瓦爾特?李普曼那樣的開明人士，以及左派人士加萊?麥克威廉姆斯、威託?馬克安東尼奧和共產黨的《每日工人報》及《人民世界報》主編們，皆表示贊同。“美國公民自由聯盟”也將拘留政策視爲合法，最高法院的法官們無一反對者。可是，儘管當時對日本人的懼怕心理無處不在，但在整個第二次世界大戰中，被判有通敵罪的美籍日本人連一個也沒有。
大規模拘留對日裔美國人造成了巨大的傷害。僅經濟損失一項就十分巨大。在被迫去拘留營之前，他們匆忙地把房子、傢俱及其他財產賣掉。他們苦心經營了一輩子的企業，必須在幾周之內清算了結。以1942年的價格折算，據美國政府自己估計，日裔美國人遭受的經濟損失在4億美元左右。除了經濟損失之外，許多人蒙受了委屈，被迫離鄉背井。美籍日本人公民團領導人也遭到致命的一擊，他們還代表第二代日裔，正在努力爭當優秀的美國公民並被美國人接受呢!由於認識到反對拘留政策是徒勞的，加上反對拘留政策會引起對美國不忠的嫌疑，美籍日本人公民團的官方立場，是遵從拘留政策。但是，公民團的這種立場，立即招致那些認爲拘留政策是種族主義大棒的日裔美國人的憤怒和蔑視，儘管他們先前也曾竭力爭取當美國良民。被拘留的日本人有時會產生嚴重的內訌。一些更好戰的反抗者宣佈放棄他們的美國國籍，甚至以武力威脅同伴，迫使他們跟着幹。
可是，從總體上講，日裔美國人接受了拘留生活的嚴酷事實，並不得已而求其次，盡力改善自己的境遇。拘留營的設備是同一號碼的，且十分簡陋;他們在集體食堂吃飯，在公共浴室洗澡，廁所也是公用的。全家人擠在斗室之內，周圍全是帶電的鐵絲網，還有武裝的哨兵巡邏。爲了把環境搞得“人道”一些，他們種了花，並用廢木料做傢俱。但是，他們住的是“長排長排的用油毛氈搭起來的小木頭屋子”，室內僅有“一個爐子、一盞吊燈、一張鐵板吊牀及墊子”。在這種情況下，能美化到何種程度，只有天曉得了。
拘留營內的生活，使傳統的日本家庭模式發生了頗大的變化。在那裏，男女老少幹着不同的活，但拿着同樣的低工資，因此，父親作爲一家的主要收入來源這個舊傳統被大大削弱了。況且，拘留營裏那些留給日裔美國人的行政職務，也只有具備美國公民身份的人才能擔任。這麼一來，年青的一代人就爬到了他們父輩的頭上。由於巴掌大的陋室一個緊挨一個，家庭的隱私根本不能談。以家庭爲中心的活動，比如進食，不能在家中進行。
美國在戰時需要大量的人力，這種情況甚至沒等到所有的日裔美國人被趕到鐵絲網之內，就開始改善拘留計劃了。1942年春，某些季節性農業工人獲准離開拘留營，以緩解農業勞力的短缺。後來，只要這些農工在軍事地區範圍之外幹活，再通過忠誠審查的話，他們便可以永遠地遷到那裏去居住。1942年夏，幾百名第一代日本移民鐵路工人被允許回到東俄勒岡州繼續幹活。4 000多名第二代日裔大學生被允許離開拘留營去繼續求學，他們去了東部或中西部，意在迴避而不是抵抗“軍事需要”這個政策，該政策是西部防衛司令部爲大拘留製造的藉口。負責拘留營的文官當局，總的說來對日本人比較同情，他們制訂的釋放各種具備特殊情況的日本人的計劃，屢屢遭到軍方的譴責。可到了最後，連軍方的高級長官也開始在打日裔勞動力的算盤了。於是在1943年1月，美國陸軍開始徵招先前因被劃爲“敵僑”而無資格參軍的第二代日本人去服役。儘管情況很反常，而晚一些被拘留的日本年輕人仍感到一肚子委屈，但那些有資格參軍的人還是抓住了這個機會，以便在戰場上證明他們對美國的忠誠。
共有30多萬名的日裔美國人蔘加了第二次世界大戰。單獨由日裔美國人組成的團隊曾在歐洲戰場作戰。他們於1943年被派往“二戰”中一些打得最慘烈的戰場上去拼搏。日裔組成的442團成了“二戰”中(甚或美國曆史上)獲得榮譽最多的一支勁旅。在與納粹部隊的較量中，日裔陣亡人數達9 000多，贏得了52枚傑出軍功十字勳章和一枚國會榮譽勳章。在太平洋戰場，幾千名日裔擔任翻譯，發揮了重要作用，因爲日軍往往以爲美國人不懂日語，而沒把軍事情報譯成密電碼。可是，“每個戰場上都有隨軍的美籍日本人，他們能讀懂截獲的日軍文件，並把情報傳遞給盟國將領”。
在“二戰”中的悲慘經歷，最終被證明是美籍日本人在美國站穩腳跟的一個轉折點。從來沒有一個民族在如此艱難的條件下證明自己對美國的忠誠。越來越多的美國官員漸漸地有的在政府內部，有的在公開場合開始替他們主持正義。最後，連西部防衛司令部也宣佈，過去用來使拘捕合法化的“軍事需要”已經結束，文官當局也宣佈拘留政策行將結束。曾在1942年下達拘捕令的羅斯福總統，在1944年公開爲日裔美國人的忠誠辯護。到1944年年底，最高法院宣佈，拘留那些具有美國公民身份的日本人是違反憲法的。
儘管第一代日本移民遭受了巨大而不可彌補的損失，但對第二代人來說，拘留營成了他們邁入美國社會的開端，從此就沿着社會和經濟的階梯青雲直上。原來那種狹隘的種族牢籠被打破了。他們再也不必步其父輩的後塵，僅僅從事少數幾種職業了。在拘留營裏，日裔美國人比平時的工作面更廣。未進拘留營時，由於受營業執照和其他限制性措施的影響，他們職業的選擇面較窄。因爲第二代日裔是美國公民，他們在被拘留的人中享有特權，首批釋放的人中他們佔大多數。他們遷到東部或中西部之後，門路就更廣了。無論是作爲高校學生還是在部隊當兵，他們都以自己的獻身精神贏得了其他美國人的接納和支持。
偏執分子的嘴巴並沒有被完全堵住。特別是在加州，當一些被拘留的日本人從戰後美國的拘留營中回來時，發生過欺侮日裔的零星“事件”，嚴重程度各有不同。但是，當一個反日議案於1946年在加州歷史上首次以壓倒性多數被推翻時，清楚地表明瞭人心的向背。
