癸亥(二十三日)，百官開始上朝。直到太陽已經出來時，大明宮右側的建福門纔剛剛打開。宮中傳話說，百官每人只准帶一名隨從進門。裏面禁軍手持刀槍，夾道防衛。到宣政門時，大門尚未打開。這時，由於沒有宰相和御史大夫率領，百官隊伍混亂，不成班列。唐文宗親臨紫宸殿，問：“宰相怎麼沒有來?”仇士良回答：“王涯等人謀反，已經被逮捕入獄。”接着，把王涯的供詞遞呈文宗，唐文宗召左僕射令狐楚、右僕射鄭覃上前，讓他們觀看王涯的供詞。唐文宗既悲傷又氣憤，幾乎難以自持，問令狐楚和鄭覃：“是不是王涯的筆跡?”二人回答說：“是!”唐文宗說：“如果真的這樣，那就罪不容誅!”於是，命令二人留在政事堂，參予決策朝廷大政方針。同時，又命令狐楚起草制書，將平定李訓、王涯等人叛亂宣告朝廷內外。令狐楚在制書中敘述王涯、賈餗謀反的事實時，浮泛而不切要害，仇士良等人對此很不滿，由此令狐楚未能被擢拔爲宰相。
這時，京城街坊和集市中的剽掠仍未停止。朝廷命左、右神策軍將領楊鎮、靳遂良等人各率五百人分別把守街道的主要路口，敲擊街鼓加以警告，同時斬首十幾個罪犯，這才安定下來。
賈餗換了官服以後，潛藏在百姓家裏。過了一夜，感到實在無法逃脫，於是，換上喪服，騎驢到興安門，說：“我是宰相賈餗，被奸人所污衊，你們把我抓起來送到左、右神策軍去吧!”守門人隨即把他押送到右神策軍中。李孝本改換六品、七品官員穿的綠色官服，但仍舊繫着只有五品以上官員才能穿戴的金帶，用帽子摭住臉，一個人騎着馬直奔鳳翔，打算投靠鄭注。到了咸陽城西，被追兵逮捕。
李訓向來和終南山的僧人宗密關係親近，於是，前往投奔。宗密想爲李訓剃髮，裝扮成僧人，然後藏在寺院中。他的徒弟們都認爲不妥。李訓只好出山，打算前往鳳翔投靠鄭注，被周至鎮遏使宋楚逮捕，戴上腳鐐手銬，押送到京城。走到昆明池，李訓恐怕到神策軍後被毒打污辱，便對押送他的人說：“無論誰抓住我都能得到重賞而富貴!聽說禁軍到處搜捕，他們肯定會把我奪走。不如把我殺了，拿我的首級送到京城!”押送他的人表示同意，於是，割下李訓的頭送往京城。
左神策軍出兵三百人，以李訓的首級引導王涯、王璠、羅立言和郭行餘，右神策軍出兵三百人，押賈餗、舒元輿和李孝本，獻祭太廟和太社，接着，在東、西兩市遊街示衆，命百官前往觀看。在京城獨柳樹下把他們腰斬，首級掛在興安門外示衆。李訓等人的親屬不管親疏老幼，全部被殺。妻子女兒沒有死的，沒收爲官奴婢。觀看的百姓都怨恨王涯主持茶葉專賣，有的人大聲怒罵，有的人拿瓦塊往他身上打。
此前，鄭注按照事先和李訓的約定，率親兵五百人已經從鳳翔出發，到達扶鳳縣。扶鳳縣令韓遼知道他和李訓的密謀，因此，不加接待，攜帶縣印和下屬胥吏、士卒逃往武功。這時，鄭注得到李訓失敗的消息，於是，又返回鳳翔。仇士良等人派人攜帶唐文宗的密敕授予鳳翔監軍張仲清，命令他誅除鄭注。
張仲清疑懼不知所措。押牙李叔和勸張仲清說：“我以您的名義用好言好語召來鄭注，然後設計退下他的親兵，在坐席把他殺死，叛亂即刻就可平定!”張仲清同意，於是，設下伏兵等待鄭注。
鄭注依恃他的親兵，因而也不懷疑，徑直進入鳳翔城來見張仲清。李叔和把鄭注的親兵引到門外予以款待，只有鄭注和幾個隨從進入監軍使院。鄭注剛剛喝完茶，被李叔和抽刀斬首。隨即關閉外門，全部誅殺鄭注的親兵。於是，張仲清出示唐文宗的密敕，向將士宣佈。
接着，殺死鄭注的家眷，以及節度副使錢可復、節度判官盧簡能、觀察判官蕭傑、掌書記盧弘茂等人和他們的同黨，總共一千多人。錢可復是錢徽的兒子;盧簡能是盧綸的兒子;蕭傑是蕭的弟弟。這時，朝廷還不知道鄭注已經被殺，丁卯(二十六日)，唐文宗被迫下詔，免去鄭注的職務和爵位，命令與鳳翔鄰近的藩鎮按兵不動，觀察鳳翔城中的動靜。同時，任命左神策大將軍陳君奕爲鳳翔節度使。戊辰(二十七日)夜晚，張仲清派李叔和等人前往京城獻上鄭注的首級，朝廷命掛在興安門上示衆。於是，京城的人心逐漸安定，禁軍諸軍開始各回軍營。
