康熙帝在解決東北邊疆沙俄侵擾和西北噶爾丹叛亂的同時，還有條不紊地把東南沿海和臺灣島收歸了版圖。 鄭成功到臺灣後不久，就生病去世了。他的兒子鄭經率領鄭氏部屬，在臺灣和福建沿海一帶活動，仍然沿用明朝年號，堅持反清復明。但是，在清朝已經穩固統治了大陸的情況下，恢復明朝是根本不可能的。公元1681年，康熙帝任命施琅爲福建水師提督，籌劃攻臺。施琅(1621～1696)是福建晉江人，他以擅長海戰著稱，曾隨鄭成功起兵抗清，後投降清朝。這次出征，是施琅夢寐以求的願望，他到了福建後，就佈置打造戰船，操練水師。
康熙二十二年(1683)六月，施琅率領水師山發了。臺灣鄭氏早已聽到風聲，派久慣海戰的大將劉國軒坐鎮澎湖。劉國軒修建炮城，排列戰艦，準備迎戰。十六日，清軍船隊集齊，兩軍開始交戰。施琅一馬當先，首先駕船衝入敵陣。鄭軍氣勢強盛，各營鎮戰船爭先恐後，圍繞清軍戰船猛攻，施琅被流彈擊中受傷。清軍船隻多，擠在一起，難以發揮威力。初戰受挫，施琅傳令各船將士不許卸甲，嚴陣以待。二十二日清晨，清軍誓師出戰。施琅將船分爲8隊，每隊7只，他自己統領一隊，居中調度。又派80只船爲後援，50只船在東側截敵後路，50只船在西側作爲疑兵進行牽制。兩軍相遇後，炮如雨下，煙氣蔽天。在清軍的奮力衝殺下，鄭軍漸漸不支，將士喪失了十分之七八。劉國軒知道大勢已去，不敢再戰，急忙率領殘兵敗將，退回臺灣島。
臺灣一些鄭軍將領聽說清軍來勢兇猛，紛紛派人與施琅接洽，裏應外合，協助清軍。清軍兵不血刃，佔領了臺灣本島。清軍佔領臺灣的消息傳到京師，康熙帝大喜，封施琅爲靖海侯。當時，朝廷上有些人以爲大功告成，主張放棄臺灣不管。施琅堅決反對，上疏力爭，提出臺灣土地肥沃，物產豐富，是保衛東南沿海的天然屏障，一旦放棄，必然重被荷蘭人佔據。 康熙帝完全贊同他的主張，下令設立臺灣府，下屬3縣，歸福建省管轄。
從此，臺灣正式隸屬中央政府，列入了清朝版圖。這對於維護國家統一，反對外來侵略有着重要意義。施琅後來也一直被清朝重用。
