清朝康熙年間，外蒙古主動要求歸附中國，成爲中國的一部分。然而，由於中國在治理外蒙古政策上的一錯再錯，導致外蒙古疏離中國，轉而投向俄國。在清朝土崩瓦解、民國軍閥混戰、日本侵略中國之際，沙俄以及後來的蘇聯趁火打劫，多次策動、扶植外蒙古獨立，使中國最終失去這片156萬平方公里的廣袤領土。
世界上第二大內陸國蒙古，被譽爲「騎在馬背上的國家」，它北接俄羅斯，其餘三面與中國爲鄰。這片156萬平方公里的廣袤地域，曾經是中國的一部分，稱外蒙古，清朝時期納入中原王朝的統治。外蒙古在20世紀初經歷了近半個世紀的獨立運動後從中國分離出去，成爲蘇聯的衛星國。
在外蒙古脫離中國的過程中，沙俄以及後來的蘇聯固然扮演了趁火打劫、巧取豪奪的角色。然而，清朝與隨後的北洋政府對外蒙古的政策一錯再錯，最終導致人心思變，蘇聯輕易將其網羅至羽翼之下。這段歷史鮮爲人知。
清廷封禁蒙古
清朝統治者滿人與居住於中國和蒙古國之間、世界最北的戈壁沙漠以南的蒙古有着深刻淵源，滿蒙互結姻親，共同逐鹿中原。在滿清建國後，這些蒙古人隸屬於蒙古八旗之下，成爲清朝統治者的一部分。隨着對漠南蒙古的征服，清廷對反叛過的土默特部、察哈爾部直接統轄，稱「內屬蒙古」。其餘各部爲「外藩蒙古」，以盟旗制管理，設札薩克(執政官)，後演化爲內蒙古。
在漠南併入清朝後，漠北蒙古喀爾喀部雖然面對俄羅斯與清朝的雙線軍事壓力以及滲透，但他們依然遊離清朝與俄羅斯之外，並沒有簡單依附某一方。究竟傾向哪一方，不僅取決蒙古諸王公自身利益的考量，也往往取決於中俄雙方力量對比、取決於中蒙雙方對蒙政策的具體情勢。
這種局面在漠西蒙古準噶爾部興起後發生改變。康熙二十七年(1688)，準噶爾噶爾丹博碩克圖汗出兵佔領喀爾喀，喀爾喀各部貴族開會討論出路。他們請外蒙古藏傳佛教最大活佛哲布尊丹巴呼圖克圖做決斷。哲布尊丹巴說：「俄羅斯素不奉佛，俗尚不同我輩，異言異服，殊非久安之計，莫若全部內徙投誠大皇帝，可邀萬年之福。」外蒙古從此歸附中國。
清咸豐八年(1856)，清政府黑龍江將軍奕山與俄國東西伯利亞總督穆拉維約夫在璦璦(今黑龍江省黑河市南)簽訂中俄《璦琿簽約》，俄國割去黑龍江以北，外興安嶺以南六十多萬平方公里中國領土。
喀爾喀部非常看重自己的宗教信仰和風俗習慣，以此決定投向中俄哪方。清朝統治者亦明白「蒙古唯信喇嘛，一切不顧」，對歷世哲布尊丹巴優禮有加，一切以藏傳佛教格魯派(黃教)領袖達賴喇嘛、班禪額爾德尼禮遇待之。乾隆帝曾說：「中外黃教總司以此二人，各部蒙古一心歸之。興黃教即所以安衆蒙古，所繫非小，故不可不保護之。」清廷大力扶持黃教，在蒙古各地建立寺廟，免除僧衆的賦稅、徭役和兵役，對於地位較高的喇嘛還賜給牧地和賞賚。同時，清廷准許蒙人一切習俗保持不變，引發內地民憤的「剃髮令」也不在蒙古推行。
爲防止漠北諸部割據，清廷用爵位、聯姻拉攏蒙古王公的同時，在庫倫(今烏蘭巴托)設置大臣定期舉行軍事演習。還將「衆建諸侯而少其力」的盟旗制度擴展到新收服的各部，同樣設置札薩克，後被稱爲外札薩克，演化爲外蒙古。
鑑於蒙古強大的戰鬥力，有清一代，統治者對強悍的蒙古一直持防備心理。在清廷的精心設計下，蒙古王公雖被賦予地方管轄權及尊貴爵號，然而各旗牧地有嚴格限制，使其實際上難以擴展勢力。
隨着清朝統治的穩固，統治者開始封禁蒙古。學界一般認爲，箇中原因是清朝統治者害怕漢民到蒙地，與蒙人合流推翻其統治。
乾隆十四年(1749)，乾隆帝諭示蒙古王公：「蒙古舊俗，擇水草地遊牧，以孳牲畜，非若內地民人，依賴種地。」「特派大臣，將蒙古典民人地畝查明，分別年限贖回，徐令民人歸赴原處，蓋憐惜蒙古使復舊業。」後來進一步禁止內地民人進入蒙古地區，「不準多墾一畝，增居一戶」。而對蒙古人，清廷不允許他們接觸任何漢族文化。蒙古王公、臺吉等，不準延請內地書吏學習漢文或充書吏，違者治罪。在處理蒙古事務準則《蒙古則例》中制定了隔離蒙漢民族接觸的「邊禁」政策。禁止漢人越過長城到蒙古地區，更禁止蒙古人到內地。對「有私行來內地者，查出即行發還;蒙古買內地民人出邊者，永行禁止」。
由於蒙古地區歷史上形成的遊牧經濟非常單一和脆弱，與內地經濟有高度的互補性和依賴性，在滿清長達兩百多年的統治中無法割斷蒙古與內地漢民的交流。漢人還是源源不斷進入內蒙，最主要的統治思想儒學也不可避免地在內蒙傳播，如清末時，土默特旗(今內蒙古自治區中部)的蒙民已經完全漢化。
在內蒙逐漸得到開發的同時，外蒙人仍被禁錮在各自盟旗中，失去了遷徙能力又無法得到人口補充，對天災的抵抗力也降到歷史最低點，經濟處於停滯或倒退的境地。生活困苦的蒙古男性多選擇投身喇嘛教以換取精神的慰藉與生存的空間。盧明輝《清代蒙古史》一書的資料顯示，清代後期外蒙的喇嘛多達男性總數的44%，各地喇嘛人數最多時幾乎佔蒙古總人口的三分之一。
就在外蒙歸附中國時，中國已經開始面臨沙皇俄國這個北方強鄰的入侵，中俄之間發生多次外交和軍事上的衝突。清朝統治者只想要一個安穩的防護緩衝帶，而非一個人民富足的蒙古。他們不在意外蒙在文化和經濟上與內地沒有緊密聯繫，也不關心外蒙缺乏對中華文化的認同感。在閉關鎖國、國人未睜眼看世界時，這樣並無大礙。然而，政治優於經濟、穩定壓倒一切，不僅造成蒙古積貧積弱，還無法形成蒙古對國家的向心力。清史學者趙陽在《清代蒙古封禁政策研究》一文批評，清廷封禁蒙古的政策是「利在當代，弊歸千秋」。
蒙古人心向背
沙皇俄國對外蒙古的野心並非一朝一夕，自彼得一世(Peter I)以來以侵略主義聞名於世，對中國侵略尤爲飢渴。就地理位置來看，外蒙地區亦具有極其重要的戰略地位。由西伯利亞的地勢看，沙俄已經得到開發的富庶之地、工商業中心都在靠近外蒙古的狹長地帶，也是西伯利亞大鐵路東西貫穿的地區。從庫倫、恰克圖到貝加爾湖，地形向北傾斜，外蒙古居高臨下，虎視眈眈。這也是從沙俄到蘇聯，俄國人處心積慮要把外蒙古從中國領土分裂出去的重要原因。
自雍正朝起，俄國人不斷試探清政府，至咸豐朝沙俄以中俄《天津條約》、《陸路通商章程》打開了侵略中國的大門;開始通過設立學校與經商中心不斷滲透外蒙古，以贈送大量禮品籠絡王公以及活佛，設立領事館等培植親俄勢力。
光緒二十六年(1900)，沙俄企圖趁義和團運動之亂將蒙古吞併。7月，沙皇政府以「庫倫地方，續來之人甚生，情形可疑」爲藉口，派哥薩克兵進駐庫倫。日俄戰爭後，沙俄爲了取得對日失敗的補償，對蒙古的經營更爲積極。但深恐侵吞蒙古會引起其他帝國的干預，沙俄在蒙古只有少量駐軍，對於採取直接的軍事侵佔極爲謹慎。
臺灣著名蒙古近代史專家李毓澍認爲，沙俄挑唆不是外蒙古獨立的直接原因。事實上，清廷與蒙古的蜜月期走到盡頭，恰恰是因清王朝的不當政策造成了離心離德。
庫倫辦事大臣三多。宣統三年(1911)外蒙古宣佈獨立，三多被哲布尊丹巴政權驅逐返京。
鴉片戰爭後，列強入侵中國，清朝內憂外患日甚一日，許多邊遠地區都成爲列強的勢力範圍。蒙古地區的局勢也愈加混亂、複雜，日、俄等國的勢力逐漸深入其中。清廷已經認識到封禁蒙古帶來邊疆空虛、有邊無防的尷尬局面，準備廢除封禁制度，使蒙古與內地成爲一體，以消除俄國侵略勢力的威脅。
清廷在對抗俄國時並沒有考慮藉助外蒙人的意願。自外蒙歸附之初，清朝統治者就將他們視爲不穩定的因素。在長期統治中國的過程中，清朝統治者已完全接受明朝所遺留的「華夷之辨」，以正統自居，一直被封禁、不許漢化的外蒙被他們視爲「夷」。清朝統治者非但不聯合外蒙王公，反而漸收回從前賦予他們的特權，停止大多數王公、臺吉的俸祿，也不提高他們的爵位。庫倫辦事大臣和烏里雅蘇臺將軍最初由蒙古人擔任，後來蒙滿相間，最後專由滿人或蒙古八旗(漠南蒙古)充任。他們由專辦夷務、邊卡、軍事而變爲監視蒙古，干預盟旗行政的官吏，其中尤以庫倫辦事大臣爲最。
清廷不斷縛緊管理蒙古的繩索，在蒙古人來看，「蒙人治蒙」漸漸變成「異族統治」。正如曾經擔任國民政府蒙古族立法委員的蒙學專家札奇斯欽所言，清廷只是增加對外蒙的監視和懷疑，對俄人卻處處讓步，不能不有所痛心。
在王公等蒙古貴族心生不滿之時，沙俄的態度讓他們發生轉變。俄國人一方面表示極爲尊重他們所信奉的喇嘛教，一方面儘量和外蒙官民公平交易，顯示出保護的姿態。日本東亞史學家矢野仁一通過一個事件講述了外蒙王公是如何轉向的。
光緒二十三年(1897)，俄國商人柯樂德(Grot)在北京以個人契約的方式，取得蒙古金礦的開採權。光緒二十六年，柯樂德在離庫倫三百華里之地開始採掘，卻被喀爾喀四部之首的土謝圖汗禁止。庫倫辦事大臣連順既不能否認北京許可的契約，也無法迫使土謝圖汗讓步，結果竟讓土謝圖汗與沙俄駐庫倫領事施什瑪勒夫(Chichmarieff)自行商洽辦理。施什瑪勒夫爲了調節蒙古王公的不滿情緒，以「賠償」爲名，當場拿出10萬盧布賄賂。隨後，施什瑪勒夫出席土謝圖汗召開的王公貴族全體會議，聲稱滿清要在經濟上、政治上「滅亡蒙古」，俄國「希望把蒙古王公從這種難堪的狀態中挽救出來」，只有「通過俄蒙貿易和金礦開採」，才能「增進蒙古的國王、人民和王公的繁榮」。宣稱尊重蒙人的沙俄與無法保障蒙人利益的清廷形成鮮明對比，一場爲反俄召開的會議變成親俄的轉折點。
清末新政之殤
清朝統治者對外蒙局勢甚是關切卻反應遲緩，直至光緒三十一年(1905)末纔有所動作，特派肅親王善耆巡視考察內蒙古東部地區，以推行新政。
善耆巡視三個月後，全盤分析了蒙古的優劣之勢，提出開墾、採礦、專養馬匹、開辦牛羊毛革加工廠、修築鐵路、興辦教育以及治盜等八項措施，以帶動蒙古社會、經濟的發展，增加財政收入。不過善耆也意識到，舉辦新政處處皆需鉅款，故「應一面集資，一面開辦，俟一事贏餘再謀二事，迴環迭進，以必濟爲期。始事縱有諸艱，持久自能就緒，通力合作，務竟全功」。
光緒三十二年，清廷改理藩院爲理藩部，對蒙古全面調研後，由清官員三多接任庫倫辦事大臣，於宣統二年(1910)開始新政。
宣統三年(1911)十月十日，湖北革命黨人發動武昌起義。湖南、陜西、江西等省相繼響應，形成全國規模的辛亥革命，逐步使清朝走向滅亡。
外蒙本對駐軍、移民、設省改制之議心存疑慮，而三多對蒙人心態並不瞭解，且不顧善耆循序漸進之語，全力推行新政。陳祟祖《外蒙近世史》一書中稱，「三多蒞任未久，中央各機關，督促舉辦新政之文電，交馳於道，急如星火，而尤以內閣軍諮府爲最。於是設兵備處，設巡防營，設木捐總分局，設衛生總分局，設車駝捐局，設憲政籌備處，設交涉司，設墾務局，設商務調查局，設實業調查局，設男女小學堂……總計庫倫一城新添機關二十餘處。」
更加致命的是，這些新設機關的費用徵收於外蒙民間，違反了中央政權不在外蒙徵稅的慣例，大大加重了本來就民窮財盡的外蒙財政負擔。僅庫倫一地，商民每年向清廷交納的「包捐」銀高達2.4萬兩。就連一向享受優待的王公，非但不能得到財政上的支持，還被強令購買清政府發行的「昭信股票」以「報效」，如土謝圖汗、車臣汗兩盟王公，第八世活佛哲布尊丹巴等上層喇嘛向清廷交納報效銀20萬兩，其中哲布尊丹巴一人報效銀就達6萬兩。陳祟祖說，結果導致「蒙官取之蒙民，蒙民不堪其擾，相率逃避，近城各旗爲之一空」。
新政實行後不但未能起到穩定邊情的作用，反而因損害了哲布尊丹巴及外蒙王公原有的統治特權和經濟利益，再經俄國人從中煽動，蒙人背華之心益決，親俄之志益堅。
在蒙人離心之際，宣統二年，清廷革去黃教領袖第十三世達賴喇嘛尊號的消息傳到庫倫。自鴉片戰爭以來，清朝統治者一改前期拉攏黃教的政策，第八世哲布尊丹巴從未被清廷召見，也未被褒獎。自光緒四年(1878)起，庫倫辦事大臣已不再對哲布尊丹巴行叩拜之禮。這已經讓外蒙人視爲恥辱，此消息讓蒙人更爲驚恐。
關鍵時刻，三多不僅沒有安撫蒙人，反而在喇嘛與漢商德義涌的衝突中，親自闖入哲布尊丹巴的寺院逮捕人犯。在僧侶的抵制下，三多雖未能如願，但他在事後革去活佛以下最高僧官商卓特巴、巴特瑪多爾濟的職務，以示對哲布尊丹巴的懲處。虔誠的蒙古人由此確信，清朝已不再尊重他們的信仰，當初歸附清朝的理由也消失了，蒙古王公開始積極尋求另外的出路。
從獨立到自治
蒙古王公的驚慌不安被俄國駐庫倫代理領事拉弗多夫斯基(Lavdovsky)觀察到了，並預見蒙古王公可能向俄國請求庇護，他在給俄國駐華公使廓索維慈(Korostovetz)的信中這樣寫道：「我國在蒙古發生極大影響的時刻可能即將到來。對蒙古事務之干預無疑將招致遠東事態複雜化，倘不給予蒙古人庇護，則將會喪失我國目前在該地所享有之崇高地位與好感。」
果然如他所料，以哲布尊丹巴活佛爲首的外蒙古王公以會盟爲名，宣統二年(1910)7月在庫倫召開祕密會議決定外蒙古獨立，並派遣代表團密往俄國尋求支持。他們聲稱：「我們的確再不能忍受滿清辦事大臣和官員們的貪慾，以及他們對我國權利的掠奪了。雖然，努力爭取獨立和保護我們的黃教與國家是必要的，但是如果沒有外國的援助，要獨立將是困難的。因此，我們將派特使去我們的北方鄰邦俄國，並以友好的方式闡述這些事實，請求它考慮給我們援助。」
沙俄雖然擔心外蒙新政尤其是設省將直接危害其利益，對外蒙代表團求援時卻態度曖昧。沙皇政府於8月17日舉行的遠東問題特別會議記錄了這種心態，「我國將支持他們爲捍衛喀爾喀之獨特製度，同中國人進行鬥爭」，然而「最符合我國政治宗旨和當前政治局勢的做法是：帝國政府在蒙古問題上不主動發表意見，不承擔以武力支持喀爾喀蒙人脫離中國的義務，而是居間調停，並通過外交途徑支持蒙人捍衛獨立的願望，不要與他們的宗主國君主清朝皇帝脫離關係」。這樣既可以保全沙俄在蒙古的利益，也可以博得清廷的好感，在解決「我國在華的其他政治問題」時以此作爲勒索的武器。
事情發展如沙俄所願，清廷廢止新政、縮減駐庫倫軍隊。不過清廷令三多「體察實際情形」，「如實有礙雜之處，均可從緩辦理」。三多一改之前的一意孤行，與哲布尊丹巴數度交涉後，形勢略見和緩。
但清王朝的統治也走到了盡頭。宣統三年(1911)十月十日，革命黨以「驅除韃虜、恢復中華」爲口號掀起一場反對滿清的革命，這個口號所表述的民族主義讓蒙古王公心有餘悸，他們認爲辛亥革命勝利必將進一步剝奪王公貴族們的既有特權。同時，革命黨破壞舊傳統和佛教的謠傳不脛而走，在得到沙俄的保證後，外蒙古王公決定奉哲布尊丹巴爲可汗，正式獨立。
11月30日，哲布尊丹巴正式發表聲明，宣佈12月1日獨立，建立大蒙古國。並以正式文書通告庫倫辦事大臣三多，要求其限期離境。該文告的主旨，除說明獨立的原委之外，還特別提到：「今內地各省，既皆相繼獨立，脫離滿洲，我蒙古爲保護土地宗教起見，亦應宣佈獨立。」12月28日，哲布尊丹巴正式登極，成爲大蒙古國皇帝，年號共戴。至此，外蒙古地方上層將最初基於內心深處的政治疏離感演變爲一種實際的「國家構建」行爲。
爲了換取特殊權利，俄國除了沒有正式承認之外，對這個新政權給予一切必要的鼓勵和援助，即財政與軍事上的支持。俄國花費200萬盧布幫助蒙人編練軍隊和購買軍械，駐紮庫倫的俄國軍隊還協助蒙古王公逼走三多。
中華民國建立後，爲了保持國家的統一與完整，徹底放棄「驅除韃虜」口號，代之以「五族共和」。袁世凱執政以後，爲了進一步安撫蒙古王公、喇嘛，於1912年8月19日接連頒佈三道法令，即《蒙古待遇條例》、《對於蒙古族王公貴族加爵之令》、《給予喇嘛教僧侶稱號之令》。
儘管甫成立的民國政府身段柔軟，但短時間內無法挽回庫倫政府之心。自宣佈獨立以來，庫倫政府與沙俄分別佔領了科布多城與唐努烏梁海。
1915年，中、俄、蒙兩國三方代表在俄國恰克圖簽訂中俄蒙協約。這張照片是協約簽訂現場，坐在桌子中間左起分別是中國代表陳籙、畢桂芳、俄國代表密勒爾，外蒙古代表希爾寧達木定，察克都爾扎布。
然而外蒙的獨立並沒有持續很久。庫倫寄予厚望的沙俄只想奪取最大的好處，俄國政府聲稱：「俄國既以好意出頭代蒙說話，甚至於願以武力爲蒙後盾，則蒙古必須對俄提出若干權利，以報償之。尤其是應當允許俄人得有在蒙殖民，在蒙購地之權利……亦需要自由營商、免納關稅之權。」在俄國「不是我們需用蒙人，乃是蒙人需用我們之時」的威脅下，俄蒙於1912年11月3日在庫倫簽訂《俄蒙協約》。雖然外蒙在該條約裏宣稱是獨立國家，但俄國政府否決了「蒙古爲獨立國」和「將內蒙古自治列入協約」的要求，僅承認外蒙的自治權。俄國一面以協助之名勒索蒙古，一面以調停爲名勒索北京，以期獲得更多利益。
民國政府不承認此條約，甚至考慮出兵入蒙，但最後中俄還是通過談判解決爭端。雙方先是在1913年發表聲明取消蒙古獨立，後經幾輪談判，沙俄利用已簽訂的《俄蒙協約》，造成既定事實，強迫中國承認俄國在外蒙古之既得利益。中俄兩國三方於1915年6月7日簽訂《中俄蒙協約》規定外蒙區域自治等問題。協約規定外蒙承認中國宗主權，中俄承認外蒙自治，爲中國領土之一部分。通過該協約，中國獲得宗主虛名，沙俄保留了策動外蒙獨立時所獲得的一切特權。
然而庫倫政府對沙俄的背信棄義極度不滿，親俄的氛圍逐漸消失。由於該條約准許中國政府向外蒙派駐官員，中國勢力得以重新進入外蒙地區，爲日後撤治預留了活動空間。
撤治得不償失
1914年第一次世界大戰爆發後，沙俄無力維持外蒙的商品與金融秩序，華商又已被驅逐出境，致使外蒙發生金融危機，一時人心惶惶，不少蒙人認爲這一切均因貿然宣佈獨立引發。待華商重返蒙古後，蒙人之心漸變，再次進入外蒙的駐庫倫大員也積極引進華資，使外蒙與中國內地的經濟再次合爲一體。
1917年11月7日，俄國布爾什維克黨發動革命成功，遠東局勢遂發生劇烈變化。沙俄帝國已經傾覆，布爾什維克紅色武裝、支持沙皇的白衛軍武裝以及社會革命黨和孟什維克的部隊在遠東以及西伯利亞地區混戰，波及外蒙。而隨着俄國勢力的退出，日本卵翼下的白軍領袖謝苗諾夫(Semyonov)開始覬覦外蒙。1919年3月，謝苗諾夫在赤塔召開大蒙古大會，宣稱要建立一個統一外蒙古、內蒙古及呼倫貝爾等地的「大蒙古國」，尊第八世哲布尊丹巴爲國家元首。
困頓的經濟，對蘇俄的恐懼，以及謝苗諾夫的軍事威脅使庫倫政府頗有前途艱難之憂。外蒙已無獨立維持治安秩序的能力，中國駐庫倫辦事大員陳毅行事也無刺激蒙人情感的意思，一切但求親和，以期達到漢蒙漸成一家的目的，外蒙仇中之心漸減，並對中國產生依存之感。1918年，中國駐軍進入庫倫。
在這之後，民國政府趁勢要求陳毅更加主動地尋求解決問題，恰巧蒙古王公也有「取消自治官府，恢復前清舊制，完全統一中央」的要求。自歸附清朝以來，蒙古一直實行二元體制，以活佛哲布尊丹巴爲首的喇嘛教上層和各盟王公共同統治，按照傳統，宗教勢力不干涉政治。但自獨立以後，庫倫政府尊哲布尊丹巴爲君王，帶有神權性質，喇嘛教上層進入執政中樞，開始凌駕於王公之上。隨着僧侶集團攫取財富增多，兩派矛盾愈演愈烈。
陳毅抓住這個機會，與王公集團開始頻繁磋商。陳毅許諾中央絕不會干涉外蒙古自治權力，只是明確各自的權限，「不令從前弊政復生」。王公欣然信從，按照陳毅要求，擬定了請求中央撤治即取消自治的請願書，以表示並非遭受脅迫。
1920年1月1日，外蒙活佛冊封專使徐樹錚(前排中立臂帶黑圈者)爲哲布尊丹巴八世舉行冊封典禮。圖爲徐樹錚與其隨員以及外蒙上層人士在庫倫大前合影。
北京雖然欣喜事態的發展，卻又唯恐引發外交問題，提出需由「駐庫大員面告車林(車林多爾濟，庫倫政府外交長)，先由蒙古王公全體名義呈請，或祕密電達政府，請求恢復原制。然後政府根據此項請求，再與妥商條件」。
一來一回之間，僧侶集團也插手此事。他們雖然也希望能和中央政府協力抵抗外敵，但擔心一旦撤治會喪失對王公集團的優勢，因而百般推諉。
在陳毅的周旋下，三方草擬了《外蒙取消自治後中央待遇外蒙及善後條例》，不但保證中央政府在外蒙的主權，還保證了王公與黃教各自的權益。然而三方就細節爭執不休，誰都不肯讓步，導致事情一變再變。札奇斯欽不無遺憾地說，假如北京政府不斤斤計較一些小節，先同意撤治申請，然後再商定條件，恐怕撤治就會很容易完成。
就在爭執不休、波瀾再起之時，段祺瑞最爲信任的心腹謀士徐樹錚插手撤治問題，最終造成難以挽回的局面。
徐樹錚的職權是負責駐軍，並未負有處理撤治問題的職責。1919年他受命擔任西北邊籌使兼西北軍邊防司令之後，便將西北邊防軍帶到了庫倫，架空陳毅接手對外蒙的交涉。
儘管外交部代總長陳籙主張：「在我正應一意懷柔，使中蒙關係日益親密。若輕墮已成之局，不惟阻遏蒙人內向之誠，更恐別生誤會，致來外力干涉。因之數年之功，敗於一旦。」但長期以來，以武力解決外蒙事件的主張在北洋政府中佔據了上風。徐樹錚認爲，「撤治用四字，而用恩用威……蒙性多猜，威則不易近，故必先恩以結之。恐其久而易視也，然後威以折之，蒙無實力，必悚而就範，再待以恩，以結其心，則不思勾結外援，乃永無反側矣。」
庫倫政府之所以獨立，是因爲他們認爲清廷的政策損害了自己的利益。尋求撤治，也是王公集團希望取回特權。然而徐樹錚在沒有請示任何人的情況之下否定三方草擬的條例，並提出自己擬定的八項對蒙新條款，強化了直接管理外蒙的傾向。蒙古王公與喇嘛大爲震驚，遂聯合抵制。但徐樹錚挾持蒙古內閣總理大臣巴德瑪·多爾濟(Badamdorj)、軟禁哲布尊丹巴，並威脅「寬限一日，夜晚定須解決，否則拿解者不止一佛」，庫倫政府只得同意，於1919年11月17日，遞交了要求取消「自治」的呈文。北京政府在庫倫設立中華民國西北籌邊使公署，由徐樹錚部在外蒙古駐防，並派兵收復唐努烏梁海。
至此，撤治問題在武力脅迫下得以解決，中國輿論界對此一片讚頌之聲，《大公報》稱之爲「歷史未有之盛事」。孫中山發電報慶賀「徐(樹錚)收回蒙古，功實過於傅介子、陳湯，公論自不可沒!」然而，外蒙人心自此喪失殆盡，誠如李毓澍所言：「徑以兵力脅迫，自願撤治突變爲強迫撤治，不僅摧殘蒙人向華之心，使外蒙撤治的意義亦全然消失。」
蘇聯趁火打劫
儘管徐樹錚認識到「空言統攝，難期久遠，一切要政，不及時措施，終恐此地非我所有，有之亦不如其無」，但他很快就回到北京，投身軍閥間的混戰，而僧侶集團與蒙古王公又重新團結。庫倫對中國的厭惡超過了對蘇俄與白軍的恐懼，向後兩方勢力求援，哲布尊丹巴甚至寫信給日本天皇，希望日本協助蒙古恢復獨立。
1921年2月，應哲布尊丹巴邀請，謝苗諾夫的舊部恩琴(Sternberg)率800人亞洲騎兵師進入蒙古。在日本支持下，他很快擊敗褚其祥、高在田率領的中國軍隊，進軍庫倫，扶持哲布尊丹巴復位，重建大蒙古國。
恩琴性格暴虐，有瘋狂男爵之稱，在統治外蒙期間以高壓手段鎮壓反對者。這本是民國政府再次收復外蒙的機會，然而直奉兩系陷於內鬥，張作霖雖爲蒙疆經略使卻志在關內，並未出兵。
反倒是蘇聯行動迅速。按照蒙古總理喬巴山(Choibalsan)在《蒙古革命史》中的說法，「年輕的蘇維埃共和國雖然處在內戰、破壞和饑饉的困難時期，卻向受難的蒙古人民伸出了兄弟般的援助之手。」
在民國政府的反對聲中，蘇聯以追剿白軍之名，於1921年6月出兵外蒙，相繼佔領庫倫、恰克圖、阿爾泰、科布多和烏里雅蘇臺等地。在取得軍事勝利後，蘇聯7月12日幫助建立蒙古人民革命政府，實行君主立憲制，尊哲布尊丹巴爲大汗，並聲稱不再承認中國的宗主權。11月5日，蘇蒙雙方簽訂《俄蒙修好條約》。1924年6月，哲布尊丹巴圓寂後，喬巴山廢除君主立憲制，改國號爲蒙古人民共和國。11月第一屆大呼拉爾會議在庫倫召開，確立親蘇俄爲不可更改的國策，允許蘇俄駐軍，制定仿蘇憲法，以1911年爲獨立紀元，改庫倫爲烏蘭巴托。
在喬巴山的支持下，蘇聯開始操控外蒙古的一切。1937年，在蘇聯專家的指導和3萬蘇聯紅軍的監督下，外蒙古開始肅反運動。波及各個階層，高級官員和普通牧民都不能倖免，反對獨立的人士幾乎被清洗殆盡，外蒙古開始全面蘇聯化，實質上成爲蘇聯的衛星國。
當時，中國忙於抗日戰爭，大半個中國陷入水深火熱，無力與蘇聯周旋，外蒙古成爲被「遺忘」的土地。1941年，蘇聯和日本簽訂《蘇日中立條約》，蘇聯承認「滿洲國」，日本承認「蒙古國」，兩塊中國領土成爲蘇日友好的交換條件。
1945年抗日戰爭接近尾聲，斯大林(Joseph Stalin)在雅爾塔會議上堅持把「維持外蒙古現狀」作爲蘇聯對日作戰條件，即中國正式承認外蒙古獨立。由於不相信中國能戰勝日本，更是爲了減輕本國損失，美國總統羅斯福(Franklin Delano Roosevelt)和英國首相丘吉爾(Winston Churchill)同意斯大林的要求。蘇美英三國祕密簽訂犧牲中國主權的《雅爾塔協定》，以換取蘇聯儘快對日宣戰。
1941年4月13日，蘇聯與日本在莫斯科簽訂蘇日中立條約，對正進行艱難抗戰的中國造成極大傷害，中國宣佈該條約對中國無效。圖爲日本外相松岡洋右在條約上簽字。
這年6月，中國政府被單方面通知了《雅爾塔協定》的內容，蔣介石認爲，如果蘇聯出兵東北，中國可以給蘇聯提供東北鐵路和港口的使用權，但外蒙古問題還需再議。
中國政府做了最大程度的外交斡旋與抵制，從1945年6月30日至7月12日，中蘇雙方共進行了6次談判。會談內容主要有四項，分別是旅順問題、大連問題、中東鐵路和南滿鐵路問題、以及外蒙古問題。
在與中國外交部長宋子文的商談中，斯大林態度強硬地宣佈「中國除承認外蒙獨立外別無選擇」，因爲「假如有軍事力量從外蒙古向蘇聯進攻，切斷西伯利亞鐵路，蘇聯就會遭受沉重打擊」，所以，斯大林說「蘇聯必須保衛外蒙古」。他並聲稱「不討論外蒙古獨立宣言，也就用不着討論中蘇同盟條約」。
蔣介石明白事情重大，派其子蔣經國與斯大林磋商。然而蔣經國面對的是庫倫曾經歷過的場景，斯大林說：「你要知道，今天不是我求你，而是你來求我幫忙。」商談無果而終，蘇聯駐華大使彼得羅夫也勸蔣經國妥協：「外蒙古實際上已經獨立了，中國政府只是需要承認既成事實。如果中國堅持不承認外蒙古的獨立地位，我們就沒辦法談下去了。」
蔣介石最後向美國求助，美國抵制了蘇聯明顯過分的要求，斯大林也向美國總統杜魯門(Harry S. Truman)表示「回到莫斯科後，立即與宋子文達成友好協議」。但是在8月8日再次開始的會談中，蘇聯完全打破了對美國的承諾，未做任何實質性讓步，不允許中國在承認外蒙古獨立的同時提出邊界劃分問題。
經過一番考量，蔣介石決定妥協，他提出三個要求，第一，保證東北領土主權完整，中蘇共同使用旅順和大連兩個港口，期限20年，港口和鐵路的所有權歸中國所有。第二，阿爾泰山脈爲新疆一部分。第三，蘇聯只能援助國民黨，不能援助共產黨。同時要求外蒙古獨立需經過「全民公決」。
1945年8月14日，在日本宣佈無條件投降的前一天，中蘇簽署《中蘇友好同盟條約》，宣佈：「茲因外蒙古人民一再表示其獨立之願望，中國政府聲明，於日本戰敗後，如外蒙古公民投票證實此願望，中國政府當承認外蒙古之獨立，即以其現在之邊界爲邊界。」
10月20日，外蒙古如約舉行公民投票，蔣介石派內政部次長雷法章前往「觀察」，並特意叮囑道：「只是觀察，不得干預，也不要發表任何言論。」雷法章觀察到的投票情況是「此項公民投票據稱爲外蒙古人民重向世界表示獨立願望之行動，實則在政府人員監督下，以公開之簽名方式表示贊成獨立與否，人民實難表示自由之意志」。外蒙古方面宣佈參加投票的有487,409名公民，一致贊成外蒙古獨立。1946年1月5日，國民政府正式承認外蒙古獨立，這片遼闊的土地淪爲異國。
中華人民共和國與蒙古建交。退敗臺灣的蔣介石以斯大林蘇聯沒有遵守「不援助共產黨」等爲由宣佈廢除《中蘇友好同盟條約》，拒絕承認外蒙古獨立，將外蒙古重新「納入」中華民國秋海棠地圖，此舉僅具象徵意義。1953年，在國民黨七大上，蔣介石曾就承認外蒙獨立做出沉痛檢討：「這是我的責任，亦是我的罪愆。」
就連在國共內戰中獲勝的中共也在與斯大林的交鋒中失敗。1949年12月，毛澤東出訪蘇聯，次年2月中蘇兩國簽訂《中蘇友好同盟互助條約》，中共以正式承認蒙古獨立換取了斯大林在中國長春鐵路、旅順口和大連等問題上的讓步。
1955年，蒙古申請加入聯合國，蔣介石不顧美國總統艾森豪威爾威爾(Dwight D. Eisenhower)兩次致信告誡，投票否決。蒙古入聯是在1961年，這一年，在與大陸爭奪聯合國合法席位的形勢下，蔣介石妥協了，沒有參加大會投票。1961年10月27日，聯合國大會通過決議，接納蒙古加入聯合國。中國徹底失去了外蒙古。
