藤原仲麻呂被滅門之後，藤原家族北一支沒有受到損傷，後來獨攬朝綱的就是這一支藤原家。承和之變和應天門之變，兩件事，實現了藤原家族的掌權野心，甚至在整體上做了改革，至此，天皇的權威徹底成了浮雲。那麼，這一切都是怎麼發生的呢? 桓武天皇的兒子中，有三個做了天皇，嵯峨之後是淳和，這淳和其實並不想做天皇，他看透了皇權慾望帶給親人們的傷痛，他不願去爭奪，但鑑於當時的情況，根據母親的地位來評判，他的兒子恆世親王和桓武天皇的血統最近，所以他必須做這個天皇。但是，淳和即位後，並沒有立恆世親王爲太子，而是立了哥哥嵯峨天皇的兒子正良親王爲太子，這其中大有深意。
同樣的，公元833年，淳和天皇讓位，正良親王即位爲仁明天皇，但卻立了淳和的兒子恆貞親王爲太子，這讓淳和天皇深感不安。於是七年後，淳和即將離開人世，託孤於忠實的親信藤原吉野，但在他去世後，這種不安在承和之變中變成了現實。 仁明天皇即位時，有一個人已經開始覬覦中央權柄，這個人就是當時擔任中納言的藤原良房。良房一心想讓自己的妹妹順子所生的道康親王成爲皇太子，當時的皇太子恆貞親王察覺到這種狀況，他不願捲入政治權力鬥爭的旋渦，因而多次向天皇表明了辭太子之位的心意，卻被天皇和上皇力勸而未能如願。
承和八年，也就是公元841年，恆貞親王失去了兩個靠山——淳和上皇已於前一年五月間過世，而嵯峨上皇也纏綿病榻，眼看即將嚥氣。藤原良房覺得時機成熟了，該準備動手廢立東宮了。842年7月，嵯峨上皇去世，同月就爆發了“承和之變”，道康親王順利成了藤原良房的棋子入住東宮。 公元850年3月，仁明天皇去世，道康親王繼位，是爲文德天皇，立惟仁親王爲東宮。這位惟仁親王，其實體內有四分之三的藤原氏血統，他的母親明子就是藤原良房的女兒。與皇室的親上加親，使藤原良房於857年被任命爲從一位太政大臣，總攬朝綱，藤原良房一生的野心終於初步嶄露頭角。 文德天皇在位八年，猝然辭世，東宮也就是藤原良房的外孫惟仁親王繼位，是爲清和天皇。話說這清和天皇，被立爲東宮的時候才九個月大，登基時也年僅九歲，什麼也還不懂，朝政完全由外祖父藤原良房說了算。和中國帝王時代的很多小皇帝一樣，清和天皇雖然還小，但藤原良房已經在爲他物色妻妾了，人選當然都來自於藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宮中，然後，又瞄上了長兄藤原長良的女兒高子，不過這位高子據說已經有了情人，堅持不肯進宮，但怎敵得過大伯父的權威?此爲後話。
拉回來再說清和天皇，他的年號是貞觀，和唐太宗的年號相同，貞觀八年，清和17歲，也就是公元866年，農曆閏三月十日夜間，太極殿前的應天門突然起火，連兩側的棲鳳樓和翔鸞樓也一併被火海吞沒。這或許只是一場天火，並沒有人爲因素存在，不過朝中各派卻藉着這個因頭開始互相攻訐，最終導致了一場大清洗。 當時朝中重臣除藤原良房外，還有他的弟弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，還有世代豪門伴氏、紀氏，以及從皇子降爲臣格的源氏兄弟。這些不同的勢力之間開始互相角逐，首先，大納言伴善男向上面告發，說縱火犯是左大臣源信和中納言源融，並且與藤原良相商議，調左中將藤原基經前往逮捕源信。藤原基經何許人也?他本是藤原長良之子，過繼給藤原良房做養子，他當然要把此事向良房彙報，聽取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，請他先派幹員前往責問源信，源信當然矢口否認，於是這件事就此擱置下來。
不料，在5個月之後的8月3日，備中權史生大宅鷹取向朝廷告發伴善男、伴中庸父子纔是真正的縱火犯，引起了朝廷內外的又一場大騷動。束手無策的清和天皇在8月19日正式任命外祖父良房爲“攝政”，讓前輩來替他收拾事態。藤原良房發揮強大的政治手腕，將伴善男關押起來，開始調查此事。就在此時，伴善男的家臣生江恆山和伴清繩因殺害大宅鷹取的女兒而被捕，大牢裏，酷刑之下，生江恆山和伴清繩供認出火燒應天門乃是由伴善男、伴中庸父子共謀的。9月22日，判決大納言伴善男、右衛門佐伴中庸，以及伴善男的家臣紀豐城、伴清繩、伴秋實共五人爲縱火主犯，應處斬刑，減罪一等，流放到伊豆，並沒收了他們的土地財產，另有十名從犯也陸續被處以流放之刑，藤原良房排除了最後一股政治上的異己勢力。 火燒應天門事件之後，藤原良房完全獨掌了朝政大權。 在這個過程中，藤原家族開了“攝政王”先河，發明了一種前無古人後無來者的政治體制，叫“攝關政治”，實際上就是藤原氏以外戚地位實行寡頭貴族統治的政治體制。“攝關”是“攝政”和“關白”的合稱。天皇幼時，由太政大臣代行政事稱攝政，天皇年長親政後，攝政改稱關白，輔助天皇總攬政事。也就是說，不管皇上小還是大，統統都是傀儡，都由藤原家的人說得算。
藤原良房退休後，位子就傳給了養子藤原基經。 最能體現藤原家族的權力的人物是藤原道長，他是平安中期的攝政，相比之前的藤原家領導人，其權勢更是大上幾倍。公元995年，藤原道長成爲藤原家族的首領，1017年，任太政大臣，一切朝政均由他的“政所”決定，可謂一人的名譽上之下，萬人的實質性之上。在家室上，他的女兒們先後嫁給四位天皇封后，持續了最高外戚的地位。 藤原道長在三十餘年的時間裏享盡了榮華富貴，他的府邸比皇宮還要富麗堂皇，日本著名古典小說《源氏物語》和《榮華物語》所描寫的正是藤原道長的這種醉生夢死的生活。宮廷女侍清少納言的著名隨筆《枕草子》中也是以他爲原型，描述了藤原道長的許多事蹟。
好景總嫌短，1027年，藤原道長死後，藤原道長的兒子藤原賴通沒有生出女兒，賴通弟弟的女兒嫁了天皇也沒生下皇子。直到1068年，第71代後三條天皇即位時，因爲天皇跟藤原家沒有了以往那種濃厚的外戚關係，就直接廢掉了攝政，實施親政，從藤原良房開始的藤原攝政家族逐漸沒落。
