在1653年克里米亞韃靼人第三次背叛哥薩克後，赫梅利尼茨基明白了他無法再依靠克里米亞汗國來進行反波鬥爭了，酋長被迫轉而向莫斯科公國尋求援助。協商開始於1654年1月的佩列亞斯拉夫，協商雙方中哥薩克一方包括赫梅利尼茨基和很多哥薩克，而莫斯科一方由瓦西里·布圖爾林帶領;協商終止於4月的莫斯科，其中烏克蘭一方爲薩米洛·博格丹諾維奇-扎魯德尼與帕夫洛·泰泰里亞，而俄方爲亞列克謝·特魯貝茨科伊、瓦西里·布圖爾林和其他莫斯科貴族(波雅爾)。 在條約中，扎波羅熱哥薩克與莫斯科公國形成宗主地位，並且一分爲二;哥薩克酋長國首都爲切黑倫與扎波羅熱，國家中心在扎波羅熱要塞要塞周圍。這份條約也引發了1654年至1667年間的俄波戰爭。
赫梅利尼茨基去世後，他的兒子尤里·赫梅利尼茨基被任命爲他的繼任者。但是，很不幸的是，他既年輕又無經驗，但更明顯的是，他沒什麼魅力，和像他父親一樣的領導才能。
1657年，酋長國總理大臣、博格丹·赫梅利尼茨基的顧問伊凡·維霍夫斯基當選酋長，取代了尤里。維霍夫斯基試圖制定一個更加獨立於莫斯科的政策，並將自己定位爲內戰的中間派。扎波羅熱哥薩克首領亞基夫·巴拉巴什和馬丁·普什卡爾發動起義，這場起義在1658年6月于波爾塔瓦附近爆發的血腥衝突中達到頂點。在這場衝突中，維霍夫斯基雖然取得勝利，但是實力也被削弱，他決定與莫斯科公國斷絕關係，在1658年9月16日與波蘭簽署哈蒂亞希條約。
在條約中，烏克蘭將成爲波蘭立陶宛聯邦第三個獨立主體，處在波蘭國王的君權之下，但擁有自己的軍隊、法院和國庫。但這份條約從未實行，因爲它不受烏克蘭下層民衆的歡迎，下層民衆也發動了更多起義。最終維霍夫斯基辭職，逃到波蘭。
這也導致了所謂的“毀滅時代”。在這個時期，內戰遍佈整個國家，直到17世紀。
在1667年毀滅時代時，俄波雙方簽署安德魯索沃條約，結束雙方的戰爭，條約中哥薩克酋長國被分成左岸烏克蘭和右岸烏克蘭。酋長國只剩下左岸烏克蘭與其核心基輔，和部分獨立於莫斯科公國的主權、右岸烏克蘭除了基輔以外，都劃歸波蘭立陶宛聯邦所有，酋長國的所有行政機關都被廢除，波蘭王國恢復了切爾尼戈夫省、基輔省和布拉茨瓦夫省的建制。
在伊凡·馬澤帕被選爲酋長後，毀滅時代正式結束了。馬澤帕給國家帶來了穩定。他讓烏克蘭再次統一於酋長的統治之下。酋長國在他的統治下欣欣向榮，而該國的文學和建築學則更是。在馬澤帕的統治時期發展出來的建築形式被稱爲烏克蘭巴洛克風格。在馬澤帕的統治時期時，沙皇俄國和瑞典帝國之間爆發了大北方戰爭。馬澤帕與彼得一世的聯盟讓酋長國損失了很多哥薩克，也讓俄羅斯干涉酋長國的內政。在沙皇拒絕出兵保衛烏克蘭，阻止卡爾十二世的盟友波蘭國王斯坦尼斯瓦夫·萊什琴斯基進攻烏克蘭後，馬澤帕與扎波羅熱哥薩克在1708年10月28日與瑞典人結盟。關鍵之戰發生在1709年6月的波爾塔瓦，這場戰役俄羅斯勝利，也擊碎了馬澤帕讓烏克蘭獨立的目標，烏克蘭的主權在之前的一份條約中被與瑞典的主權綁定在一起。波爾塔瓦戰役之後，酋長國的主權變得有名無實，而俄羅斯也成立了基輔省。
在葉卡捷琳娜二世統治時期，哥薩克酋長國的主權被日漸剝削。在先前的幾次嘗試後，酋長一職最終在1764年被俄羅斯政府廢除，被小俄羅斯執行管理委員會替代。於是，酋長國完全被俄羅斯帝國吞併。1775年5月7日，在女皇葉卡捷琳娜的直接命令下，扎波羅熱要塞被毀。6月5日，俄羅斯炮兵和步兵包圍了部落，並將其夷爲平地。俄軍對哥薩克實施裁減，國庫檔案被沒收。科紹夫依酋長佩特羅·卡利尼舍夫斯基遭到逮捕，並被流放至索洛韋茨基羣島。這也終結了扎波羅熱哥薩克。
