綜觀馮友蘭解放後的學術活動，大體可分爲三個階段：
第一階段：50—60年代。在自我批判的基礎上，以馬克思主義作指導，他開始撰寫《中國哲學史新編》。馮友蘭《三鬆堂自序》裏回憶說：“當時正在提倡向蘇聯學習，我也向蘇聯的‘學術權威’學習，看他們是怎樣研究西方哲學史的。我尋找一些馬克思主義的詞句，努力運用，寫了《中國哲學史新編》，出版到第二冊，十年浩劫就開始了，我的工作也停了。”在這一時期，整個學術界都被一種僵化、教條的學術空氣所籠罩，哲學史研究由於其與政治過於緊密的關係更是如此。一部豐富多彩的哲學史被簡化爲唯物主義與唯心主義的鬥爭史，並被圖式化地定爲唯物主義戰勝唯心主義的歷史，馮友蘭身處其時，亦頗受這種氛圍的影響。
第二階段：70年代，代表作爲《論孔丘》。其時寫了《對於孔子的批判和對於我過去的尊孔思想的自我批判》及《復古與反覆古是兩條路線的鬥爭》兩篇文章在《北大學報》上發表。不久，《光明日報》《北京日報》即予全文轉載，在社會上引起很大反響。1975年，他的《論孔丘》一書正式出版。書中觀點與以前迥然不同。他在《三鬆堂自序》說：“我在當時的思想，真是毫無實事求是之意，而有譁衆取寵之心，不是立其誠而是立其僞。”這既是馮氏個人的無奈，也是建國以來知識分子羣體的一大悲劇。1972年，身處逆境中的馮友蘭曾賦詩一首，其中有云：“若驚道術多遷變，請向興亡事裏尋。”對解放後事態紛紜和自己哲學思想之多變，頗多感嘆!
第三階段：80年代，隨着“四人幫”的垮臺，思想上的“撥亂反正”，尤其是中國共產黨的十一屆三中全會之後，馮友蘭迎來了自己的學術春天。經過50—60年代的教訓以及70年代的思想折騰，馮氏決意空所依傍，直陳己見，決意重寫中國哲學史，以舒解胸中積壓多年之鬱悶。自1980年開始，馮友蘭以耄耋之年，展老驥之志，手握如椽巨筆，重寫《中國哲學史新編》，並明確申明只寫“自己在現有馬克思主義水平上所能見到的東西，直接寫我自己在現有的馬克思主義水平上對於中國哲學史和文化的理解和體會，不依傍別人。”從而真正把自己80年來對中國哲學及文化研究所得之理解、體會寫出來，成爲一家之言。經過十年的艱苦努力，終於在1989年完成了七卷本的《中國哲學史新編》，了卻了一大心願。
