竇氏爲維護專權，安插了大量黨羽，因此，朝廷上下多有附臣與親信。當初，和帝在長安召見竇憲，朝臣甚至議論稱之“萬歲”，尚書韓棱憤怒指責“禮無人臣稱萬歲之制”，纔算止住了這場鬧劇。這一方面說明竇氏權勢的貴盛，另一方面也說明當時朝臣趨炎附勢的風氣。因而，漢和帝執掌政權後，立即清理竇氏殘黨餘孽，太尉宋由因爲竇氏黨而被罷免，後自殺。其他親朋故舊，凡是依仗竇家的關係而做官的，統統被罷免回家。
當然，這裏也免不了有一些是因爲有人攜私怨報私仇，而蒙冤至死的。班固，就是其中一例。班固，字孟堅，扶風安陵(令陝西涇陽縣南)人，其父班彪爲東漢著名歷史學家。漢章帝即位後，因“雅好文章”而更加器重班固。漢和帝永元元年(公元89年)，竇憲以車騎將軍領兵伐北匈奴，班固隨軍出發，任中護軍，參與軍中謀議。漢軍出塞三千餘里，大敗北匈奴，一直追到燕然山，班固因此作《封燕山銘》，刻石記功，史稱“燕然勒銘”。
後來的竇憲謀殺漢和帝的案件，本與班固毫無關係，但班固既爲竇氏幕府人物，自然遭到株連，因而被免官。但洛陽令種兢因私恨卻將班固下獄並致死。值得注意的是，漢和帝瞭解了這些情況，下詔譴責了種兢公報私仇的惡劣做法，並將害死班固的獄吏處死抵罪，表現出處理事務公平公正、見錯必究的精神。
東漢時期，爲了加強中央集權，在宮廷內設置了中常侍、黃門侍郎、大黃門、小黃門等宦官職務。他們負責掌管傳達皇帝的號令和詔書，閱覽尚書進呈的文書。在漢和帝奪回政權的過程中，中常侍鉤盾令鄭衆，直接參與了策劃和實施，在論功行賞時，鄭衆自然是首功。於是，鄭衆被升遷爲大長秋。“長秋”是漢代皇后的宮名，用以名官，稱其官署爲“長秋寺”。這是皇后近侍官首領，一般由皇帝親信充任，負責宣達旨意，管理宮中事務。
在進行策勳頒賞的過程中，和帝注意到，鄭衆總是推辭的多，接受的少，這種謙遜仁愛之心，很得漢和帝的讚賞。因此，漢和帝以後便經常同他討論國家大事，國家一些大政方針的決策，便較多地摻雜着宦官的力量。所以史書上說“宦官用權自此始矣”!
當然，漢和帝重用宦官，還有一些客觀因素。這就是，這時期他所信任、倚重的一些朝臣和宗王或年老體弱，或壽短命微，陸續退出了歷史舞臺。從永元四年(公元92年)到永元八年(公元96年)的四年間，相繼故去的就有：司徒袁安、司空任隗、千乘王劉伉、太傅鄧彪，廣宗王劉萬歲、太尉尹睦、司徒丁鴻、城陽王劉淑、樂成王劉黨、陳敬王劉羨等十位朝廷重臣和宗王。
在一舉掃平了外戚竇氏集團的勢力後，漢和帝開始親理政事。他每天早起臨朝，深夜批閱奏章，從不荒怠政事，從他親政的所作所爲來看，尚不失爲一個英明有爲的君主。
西北有西域都護班超大破焉耆，西域降附者五十餘國;東北有烏桓校尉任尚大破南單于，將遼東收歸，改爲渤海郡。和帝一朝，曾多次平定過少數民族的叛亂。
和帝當政時期，曾多次下詔賑災救難、減免賦稅、安置流民、勿違農時。
在法制上也主張寬刑。他任用的掌管刑獄的廷尉陳寵，便是一個富於同情心的仁愛之人，每次斷案，都依據經典，而“務從寬恕”。
漢和帝對有過失之人，也能根據情況，從寬處理。永元九年(公元97年)，竇太后死後。由於宮廷緊守祕密，漢和帝是樑貴人所生的事實，始終沒予公開。太后死後，樑家纔敢奏明朝廷，爲樑貴人討一個說法。這時和帝也才知道了自己的身世之謎。但在如何安置竇太后的問題上，三公上奏：“請依光武黜呂太后故事，貶竇太后尊號，不宜合葬先帝。”漢和帝卻唸對自己的養育之恩，認爲“恩不忍離，義不忍虧”，不應有所降黜。於是，不降尊號，諡爲章德皇后。而對樑貴人、宋貴人的問題也都妥善安置。樑貴人被追封皇太后。
漢章帝時，居巢侯劉般死，按規定應由長子劉愷襲爵，但爲滿足父親的遺願，他堅持讓弟弟劉憲襲封，自己則逃往外地。執政官上奏請示收回劉愷封國，漢章帝嘉其義，特許等待他。
可劉愷始終沒有回來，十多年後，執政官又提起此事。對此，侍中賈逵上書說：“孔子曾說：‘能以禮讓，治理國家有什麼難的呢?’有司沒有推究劉愷此舉的樂善之心，而是以平常之法加以處理，這樣做，恐怕不能助長禮讓的風氣，成就寬弘的教化啊!”漢和帝深以爲然，下詔說：“王法崇善，成人之美。”於是，不僅同意劉憲襲爵，而且徵劉愷爲郎。
愛民爲本：和帝十分體恤民衆疾苦，多次詔令理冤獄，恤鰥寡，矜孤弱，薄賦斂，告誡上下官吏認真思考造成天災人禍的自身原因。他也常常以此自責，如，永元八年(公元96年)京城洛陽地區發生蝗災，他下詔首先說：“蝗蟲之異，殆不虛生，萬方有罪，在予一人。”憂民之心，殷殷可見。嶺南(今廣東地區)出產生龍眼、荔枝，爲了滿足朝廷需要，往往“十里一置，五里一候，晝夜傳送”，經風歷險，勞民傷財。唐羌上書，請求停止，和帝批示：“遠國珍羞，本以薦奉宗廟，苟有傷害，豈愛民之本?其敕太官勿復受獻!”愛民之意，發自肺腑。
選官用賢
漢和帝深感吏制建設對一個政權的重要性，因而非常重視官吏的選拔任用。據統計，他當政時期，曾四次專門下詔納賢。這既反映出東漢吏制的空虛與墮落，也表現出漢和帝爲改變這種現狀而做出的積極努力。
從奪回政權到親理朝政，可以看出漢和帝是一個寬和仁愛的君主，這與他的諡號“和”是吻合的。但作爲一個君主，明辨是非，當機立斷，更是一個重要的素質，在清除竇氏集團的鬥爭中，漢和帝做到了這一點;在廢立后妃的過程中，這一點也表現得相當充分。
漢和帝漸長以後，前執金吾陰識的女兒被選入後宮。陰氏世爲貴戚，再加上年少聰慧，面貌秀麗，讓漢和帝傾心於她，在永元八年(公元96年)冊立爲皇后。不久，漢和帝又把前護羌校尉鄧訓的女兒鄧綏選入後宮。鄧氏的祖父爲高密侯鄧禹，出身於“元功之族”，也爲世代權貴之家。但鄧氏比陰皇后更加年輕、更加漂亮，特別是性格更加溫順，因此，最得和帝的寵愛，冊立鄧氏爲貴人。
一次，鄧貴人偶感風寒，臥牀不起，漢和帝連忙命令貴人的家屬進宮探視，並允許他們自由出入宮禁。鄧貴人就此勸阻和帝說：“宮禁重地，陛下竟許爲妾外家出入，恐遭異議，妾不敢蒙此厚恩。”和帝不禁讚歎道：“其他人以見親屬爲榮，貴人反以爲憂，識見真非常人可及!”於是，對鄧貴人更加寵愛。這引起了陰皇后的嫉妒，發狠道：“他日我若得志，必使鄧氏再無遺類!”宮中侍女平常受到鄧貴人許多恩惠，將陰皇后的話傳給了貴人。鄧貴人見不容於皇后，流淚說道：“我平常敬奉皇后，小心有加，尚不見容，日後怎能和好相處。與其將來受禍，還不如今日絕命，也可以上報帝恩，中免族禍，死也無恨了!”說畢，要飲藥自殺。鄧貴人說這番話時，適逢宮人趙玉在旁，慌忙勸阻。事情真相漸爲漢和帝知曉，漢和帝除對陰後疏遠一層外，又加憎恨，遂有了廢立皇后的打算。
永元十四年(公元93年)，有人告發陰皇后私爲巫蠱，咒詛皇上。漢和帝令中常侍張慎草草審訊，隨即定案，冊廢陰皇后，令遷居桐宮。陰皇后在桐宮中悲憤難忍，不久死去。廢陰皇后以後，漢和帝想立即立鄧貴人爲後。鄧貴人起初不從，稱病不起，然而和帝決心已下，非她莫屬，經過幾個月的推推讓讓，鄧氏終於即皇后位。
本來就體弱多病的劉肇，到二十七歲這一年，終於熬不住了。元興元年(公元105年)冬十二月辛未，漢和帝在京都洛陽章德前殿去世。次年，葬於慎陵(今河南孟津)。諡號“孝和”，廟號“穆宗”。
漢和帝死時，尚未及立太子。陰皇后、鄧皇后均未有子嗣，後宮嬪妃所生子，前後夭折了十幾個。因此，往往視宮中爲凶地，以後所生皇子均由奶孃抱出宮外，寄養民間。等到漢和帝駕崩，羣臣一時也難以盡尋皇子下落。最後，由鄧皇后提供線索，只找到了宮女所生的兩個皇子，長者劉勝八歲，素有痼疾，未便迎立;少子劉隆，出生才百日，乃即令迎入，立爲太子，當夜即位，尊鄧後爲鄧太后，是爲漢殤帝。不到半月，即到明年，於是改元延平。因殤帝尚在襁褓之中，只能由鄧太后臨朝聽政。
