南昌會戰，中國軍隊既未能在防禦中守住南昌，也未能在反攻中奪回南昌。但它在軍事、政治上的影響，卻有積極的一面。南昌會戰表明日軍雖然佔領了武漢三鎮，但既未能迫使國民政府屈服，也未能擊殲中國軍隊的主力，更沒有摧毀中國廣大軍民的抗戰意志。中國軍隊不僅繼續進行抗戰，而且還開始實施戰役範圍的反攻，這是“七七”事變以來的新發展，同時也證 明國民政府軍事委員會在戰略指導上確有改單純防禦爲攻勢防禦的意圖。可惜的是，由於最高決定者和某些高級將領，或是理論與實踐脫節，或是缺乏優良的戰略戰術素養，以致在作戰指導和作戰指揮上產生不少失誤，在造成消耗敵人的同時，過多地消耗了自己，卻未能實現自己的戰役企圖。
方針相抵
蔣介石在口頭上一再聲稱“不復與敵人作一點一線之爭奪”，“我軍作戰之方略在消耗敵人而不被敵人消耗，避實擊虛，造成持久抗戰之目的”等等，但是在反攻南昌的作戰中，當奇襲未能成功、已形成以弱我向強敵進行陣地攻堅戰時，不顧戰場的實際情況，仍限令於5月 5日前攻下南昌，以致不僅南昌未能按其主觀願望攻克，而且部隊遭到大量不必要的傷亡。
判斷錯誤
第九戰區保衛南昌選定的主要防禦方向爲南潯鐵路方面，而日軍的主突方向則在修水以西，相差甚遠。有些擔任防禦的軍隊(第79、第49軍等)僅部署1個師在第一線，正面長達15公里，而軍的主力卻部署在第一線後方1日行程之處，這在當時的機動條件下不僅策應困難，而且也違反了以軍爲基本戰略單位、軍長應直接指揮戰鬥的原則，致一點被突破，即全線陷於被動，不能有效地遏止、遲滯敵人。
執行不力
反攻南昌作戰計劃的主要內容是以主力進攻南潯路沿線之敵，徹底破壞交通，切斷日軍的增援及聯絡，以一部攻南昌。而擔任這一主要任務的第1集團軍和第74軍爲相隔甚遠的幾個日軍獨立據點所阻，無一點兵力進至南潯路上，對戰役產生極不利的影響。
遭受毒氣
這也是修水防線被迅速突破和中國軍隊在戰鬥中傷亡慘重的重要原因之一。日軍在強渡修水前進行炮火準備時，使用了全部能夠發射毒氣彈的火炮進行急襲，僅19時20分至30分的最後10分鐘中，即發射毒氣彈3000餘發。緊接着，日軍野戰毒氣隊又在12公里進攻正面上施放了中型毒氣筒15000個(其中第101師團正面施放了5000個，106師團正面施放了10000個)，修水河中國守軍陣地的2公里縱深內完全爲毒氣所籠罩。守軍傷亡極重，當時中毒的團以上軍官即有第26師師長王凌雲、旅長龔傳文、團長唐際遇和第105師的團長於禬源等。部隊缺乏防毒手段及措施，處於驚慌之中，指揮失靈，致戰鬥力接近喪失，日軍得以順利渡過修水河。參加南昌會戰的日軍野戰重炮兵第15聯隊聯隊長佐佐木孟久大佐，在其所著《十加部隊的變遷》中說：“3月21日拂曉是陰天，有約3米/秒的風吹向敵方，這是使用特種彈的絕好天氣。按照預定計劃，從拂曉開始，進行試射、校正射效，以後轉入炮火準備後，140門大炮的炮聲蓋住了修水河畔，實爲壯烈。最後發射特種彈，親眼目睹了濃濃的紅雲滲透至敵陣的情景。結束炮火準備後，前沿步兵放射特種筒，戰鬥進展很順利。當炮兵按計劃延伸射擊後，步兵一齊進攻，突入敵陣……如入無人之境。”與此同時，日軍第6師團第11旅團在進攻武寧中國軍隊陣地時，也使用了大量含有窒息性毒氣的特殊發煙筒12個，致守軍官兵500人遭烈性毒氣傷害，陣地被攻佔。由於日軍規定“對特種煙實施地區，務期殲滅華軍，希圖滅口”，所以據被俘的日軍上等兵野上今朝雄筆供，在武寧中毒的中國官兵全部被日軍刺殺。以後在高安附近戰鬥及強渡錦江等作戰時，均曾使用了大量的毒氣彈和毒氣筒。
