全面抗戰爆發後，中共中央爲開展華南地區的抗日鬥爭，特別是1939年1月廣州失陷後，中共中央確定了開展華南遊擊戰爭的戰略方針，並把工作重點放在東江、瓊崖地區，在這兩個地區開展了廣泛的游擊戰爭。華南抗日遊擊隊粉碎敵人多次“掃蕩”，開闢了多塊抗日根據地，在華南敵後給日本侵略者及日僞軍以沉重打擊。
一、東江、珠江地區抗日遊擊戰爭的開展
從1938年開始，東江和珠江地區的各縣紛紛建立游擊隊，不斷打擊敵人。
在東江地區，1939年底，第4戰區第3遊擊挺進縱隊新編大隊和第2大隊分別在坪山於和烏石巖建立了根據地。1940年10月初，又開創大嶺山抗日根據地和陽臺山爲中心的抗日根據地。1943年1月到11月，東江地區的游擊隊共作戰79次多，殲滅日僞軍1000餘人，繳獲武器500餘件，部隊發展到4000餘人,另有民兵近1000人，對敵佔廣九鐵路運輸線構成了威脅。爲了進一步發展東江的敵後游擊隊，1943年12月2日，廣東人民抗日遊擊隊改編爲東江縱隊，爾後，建立了以羅浮山爲中心的抗日根據地。
在珠江地區，從1938年以後，廣州市郊遊擊第2支隊與南順特務中隊不斷打擊敵人，威震珠江三角洲。1940年夏，又建立了以西海村爲中心的抗日根據地。1943年，珠江地區抗日遊擊戰爭得到進一步發展，到年底，珠江指揮部鞏固了五桂山抗日根據地，部隊和民兵人數都有所增加。
二、海南島瓊崖抗日遊擊隊
活動於瓊崖地區的紅軍在1938年10月接受國民政府改編爲“廣東民衆抗日自衛團第14獨立隊”，隊長爲馮白駒。1939年3月，中共瓊崖特委將獨立隊改稱爲獨立總隊，發展到1400餘人。3月到6月，獨立總隊連續襲擊日軍。6月起日軍對瓊文地區進行了“掃蕩”，總隊主力一部則插入瓊山、海口郊區活動，在瓊山第一區建立游擊隊，打擊日軍。10月下旬，總隊對日軍的重要據點那大進行圍攻，攻下那大並俘獲日僞中隊80餘人。
1940年1月25日，瓊崖特委及獨立總隊領導機關開始西移，於2月中旬到達美合地區。在該地區積極發動合組織羣衆，組織“農民抗日救國會”、“青抗會”、“婦救會”等民衆團體。又使美合周圍各鄉100多名青年加入獨立總隊，還在其他鄉村建立自衛隊。到1940年冬，獨立總隊已經發展到3000餘人，槍2000餘支，活動遍及瓊山、文昌、澄邁、臨高等11個縣，建立了瓊文平原根據地、美合山區根據地和六連嶺根據地等小塊遊擊根據地。獨立總隊已經成爲瓊崖抗日的主要力量。
1943年1月，總結了敵人大規模長時間的掃蕩特點，瓊崖特委及獨立總隊作出了“堅持內線，挺進外線”的決策。第1支隊向西挺進，在儒萬山建立了抗日根據地。第2支隊第1大隊和瓊山基幹大隊擴大瓊東南抗日根據地。後又轉戰數月，逐漸恢復了瓊文抗日根據地，開闢了萬寧、陵水、和保亭廣大游擊區，創建並鞏固了綠現山、儒萬山抗日根據地，將各抗日遊擊根據地連成一片，部隊也得到發展。
