清代的地方軍事體制，分別設有八旗駐防軍和各省綠營。這是兩個獨立的系統，八旗駐防就好比是現在的各大軍區，而綠營官兵更類似武警和警察系統。他們在平時互不干涉，有獨立的行政系統進行管理。
八旗駐防軍是指的是滿洲、蒙古、漢軍八旗，它們受朝廷指派駐守全國各地險要之地，皆因地而設，以將軍、都統、副都統、城守尉等武職駐守地方。順治二年(1645年)，八旗軍官兵駐守順德、濟南、德州、臨清、徐州、潞安、平陽、蒲州等處;同年，又設江南江寧駐防四旗、陝西西安駐防四旗，這是清代最早的八旗駐防各地。
值得注意的是，各地駐防八旗與各邊區之駐防大臣還是有所區別的，比如盛京將軍、伊犁將軍等。就好像大明朝的“九邊”與衛所制一樣。所謂的邊區就是指大清邊陲及少數民族地區的駐軍，邊區設置的大臣和將軍，是所轄地區的最高軍政長官，而各省駐防的八旗將軍，在名義上是不能干涉地方行政的。
各省中設八旗將軍駐防者共有九處：山西駐綏遠城將軍、江蘇駐江寧將軍、福建駐福州將軍、浙江駐杭州將軍、湖北駐荊州將軍、陝西駐西安將軍、甘肅駐寧夏將軍、四川駐成都將軍及廣東駐廣州將軍。
除了上面九個地區以外，在一些相對不是那麼重要的地方，也駐防有八旗，不過等級相對較低，依次爲都統、副都統、城守尉、防守尉等。
各省中設都統、副都統駐防的地區有：直隸駐張家口都統、熱河都統、直隸駐密雲副都統、山海關副都統、山東駐青州副都統、甘肅駐涼州副都統，計六處。
各省中設專城駐防城守尉共有四處：直隸駐保定城守尉、駐滄州城守尉，山西駐太原城守尉、河南駐開封城守尉。
各省中設專城駐防防守尉共有七處：直隸駐寶坻防守尉、駐東安防守尉、駐採育防守尉、駐固安防守尉、駐雄縣防守尉、駐良鄉防守尉及駐霸州防守尉。
另外，還有屬將軍所轄的副都統十三人，由將軍、副都統所轄之城守尉三、防守尉九，也都有駐守之責。按例，各省駐防的將軍、都統、副都統等皆互不統屬，他們直接受命於在京八旗都統管轄，一切軍令則要聽從皇帝，朝廷不設另外的機構對其管理。
清代的綠營兵，是沿襲了明代舊制。入關時，前明軍隊降清後，多以原建制隨八旗出征或是就地駐守，每佔領一城一地，即設官駐防，各省的綠營營制在早期並不固定。後來經過完善，綠營所屬的各鎮、協、營、汛才漸漸趨於成熟。
綠營兵以省爲單位，在各省中單獨設立，朝廷也沒有統率機構，各省綠營兵均受總督節制，並設提督直接統率。按例，不設總督的省份也不設提督，該省巡撫兼提督銜，節制綠營兵馬。此外，總督、巡撫和提督也有自己直接統率的部分軍隊，稱爲“督標”、“撫標”、“提標”。河道總督與漕運總督也有直接統率的綠營兵，稱“河標”、“漕標”。
各省的綠營兵分爲陸路和水師。陸路的綠營兵，各省設有若干“鎮”，各鎮的長官爲“總兵”，總兵也有自己統率的軍隊稱“鎮標”;鎮下設“協”、“營”、“汛”，協的長官爲副將，營的長官爲參將，或爲遊擊、都司、守備，汛的長官爲千總或把總、外委。
綠營兵和八旗的不同，它沒有統一的兵額，基本上是以“營”爲建制，營的大小也不一，有的營設參將、遊擊等，而有的營卻只設千總、把總。主要還是看所駐防之地是否緊要。
水師包括內河水師和外海水師。內河水師設有長江水師提督及所屬各鎮、協、營;外海水師設有福建水師提督和浙江水師提督，各統轄有外海水師總兵及副將、參將以下各官。不過，水師各營同樣也受地方督撫的節制。
