清朝雖然遷都北京，可是在全國大部分地區，它的勢力還沒有達到。所以，多爾袞下令向南方進軍，以便徹底掃清明朝的殘餘勢力，實現在全國的統治。
這時候，南方的形勢也很緊張，農民起義軍攻進北京和崇禎皇帝自殺的消息傳到江南以後，引起了很大的震動。明朝的陪都南京，自然成了政治中心。在這裏的文武官員們商議擁立新皇帝的事，不久，他們宣佈由萬曆皇帝的孫子福王朱由崧即位做皇帝。
這個小朝廷擁有淮河下流和長江以南廣大地區，掌握着五十萬大軍。實力還是相當雄厚的。可是，它一心一意要“報君父之仇”，不但不設法抵禦清軍，還派使臣攜帶黃金、白銀和綢緞到北京酬謝清軍入關殺“賊。”又從海上運大米和白銀獎賞吳三桂借兵破“賊”。清朝收下禮品，派了一個大臣對福王使臣說：“我們發兵爲你們報仇，你們不發一兵，反倒突然私下立了皇帝，是何道理?”福王使臣分辯說：“當今皇帝是萬曆皇帝的嫡孫，深受臣民的擁戴，現在正整練兵馬，令我們前來邀請你們，共同發兵討賊。”清朝大臣聽罷哈哈大笑，說：“不用邀請了，我們已經發兵下江南了，你們還是早降順我們大清朝吧!”
清軍已經南下，可是福王政權還在那裏鬧內訌呢!大學士馬士英仗着擁立福王的功勞，把持朝政。他重用臭名遠揚的閹黨(明朝依附於太監的官僚集團)惡棍阮大鋮，大賣官爵，搜刮民財。即便是目不識丁的人，只要有錢，就要以買個官爵，在大街上招搖撞騙，騷擾百姓。老百姓恨透了馬士英，就連三尺童子，都站在街上唱：
職方賤如狗，都督滿街走;
掃盡江南錢，填塞馬家口。
鎮守武昌的總兵官左良玉痛恨馬士英貪贓枉法，就率兵沿長江東下討伐馬士英，提出要“清君側”。這時候，清朝大將多鐸已經率兵逼近揚州了，馬士英卻讓鎮守揚州的大學士史可法從前線調兵抵擋左良玉。史可法派人勸福王說：“左良玉並不敢與朝廷爲難，可清失一來，國家就要滅亡了。”福王也對馬士英說：“左良玉雖然不該進逼南京，但我看他的奏章，不是要造反。現在還是守淮南要緊。”馬士英兩眼一瞪，大聲呵斥說：“清兵來，還好商量議和;左良玉來，他們做大官，咱們君臣還能活嗎?以後誰再敢說守揚州，斬首不赦。”福王嚇得也不敢再開口了。
其實福王更是一個只知道吃喝玩樂的昏君。形勢已經這樣危急了，他還下令選美女，派出許多士兵手持棍棒，闖入民宅，只要見到年輕婦女，不由分說，拿黃紙貼在額頭上，拉着就走。他派人到蘇州和杭州去挑選妃子，那裏的老百姓說了，連夜嫁姑娘娶媳婦，全城的人都好像着了瘋魔一樣。南京城的新宮殿興寧宮落成了，福王命大臣寫楹聯(掛在楹上的對聯。楹，只屋子前部的柱子)供他挑選。有個大臣投他所好，寫了一副楹聯，上聯是“萬事不如杯在手”，下聯是“人生幾見月當頭”。福王對這副宣揚吃喝玩樂的楹聯十分滿意，馬上命人掛了上去。
順治二年(公元一六四五年)四月，清軍攻到了離揚州城只有三十里的地方。正在抵擋左良玉進攻的史可法得到消息，心急如焚，連標兵都帶不及帶，只率領幾個僕從，騎上快馬，連夜趕回了揚州。史可法是個爲人正直、做官廉潔的人。率兵打仗，他總是和士兵們同甘共苦，士兵們沒吃飽他不肯先吃飯，士兵們沒有禦寒的衣服他也決不先穿。所以，他的威信很高，福王政權建立以後，馬士英忌恨史可法的威望，便慫恿福王把他派到揚州督師。當時，多爾袞也想借助史可法的聲望平定江南，一再寫信勸他降清。史可法斷然拒絕，他在回信中說：“我已決心爲國鞠躬盡瘁，對於你的招降，我是無論如何不能聽從的。”
史可法出身寒微，從小是出了名的勤學苦讀，最愛在破廟燭燈下通宵達旦的看書，沒想到一天雪夜遇到當時的東林領袖——大學士左光斗出來微服賞雪，一見之下大加青睞，就此收爲門生。左也是當時明朝政壇上鐵中錚錚之人，史可法深受恩師左光斗的影響，爲官清正，辦事幹練，聲名大着，官直至樂閣大學士兼兵部尚書。不過他是典型的文人出身，缺乏軍事才能。
這一次，史可法趕回揚州，馬上派人四處調兵。可是各鎮將領都擁兵觀望，拒不聽命。只有總兵劉肇基率領兩千人來到揚州救援。史可法見兵力太弱，無法迎擊清軍，就命令劉肇基將部隊開入城內，緊閉城門，準備守城。
