徐鴻儒起義的聲勢浩大，活動範圍遍及半個山東，給明朝統治者以嚴重的打擊。但是，徐鴻儒在取得一系列勝利之後，沒有采取機動靈活的鬥爭策略，乘機擴大戰果。在敵強我弱的情況下，反而採取了固守一城一池的消極的作戰方法。九月，徐鴻儒進攻兗州失利後，仍然固守鄒縣，與敵人硬拼，義軍被圍困三個月。十一月，城中彈盡糧絕。徐鴻儒與義軍高尚賓、歐陽德、許道清等數百人仍頑強堅持戰鬥，決心與城共存亡。
由於起義準備不足﹐加之明廷派大軍合力進剿﹐七月﹐各友軍先後失敗﹐鄆城﹑鉅野失守。
義軍中又出了叛徒，都督侯王、總兵魏七等把徐鴻儒捆綁起來，打開城門嚮明軍投降。
徐鴻儒等在形勢不利的條件下﹐仍固守鄒縣﹑滕縣﹐與官軍抗衡。明軍調集山東﹑北直隸等地的大量官軍﹐圍徐鴻儒軍於滕縣。九月﹐徐鴻儒糧盡援絕﹐突圍不成而被俘﹐十二月十一月二十一日，徐鴻儒和其父徐東明、母親傅氏及重要部屬18人被押送北京，慷慨就義。
起義軍主力被打敗後，部分將士轉戰鉅野、鄆城，在鄆城武安一帶被明軍包圍，義軍浴血奮戰，拒不投降，最後，上萬名義軍將士血灑疆場，壯烈犧牲。
徐鴻儒起義歷時190余天，範圍遍及半個山東省，最後雖然失敗，但卻點燃了明末農民鬥爭的烈火，高敲響了明王朝的喪鐘。過了不到七年，席捲全國的李自成起義就爆發了。
