1949年前，中國共有13所基督教會大學，這些由傳教士建立的大學起點很高，如燕京大學、齊魯大學等，在20世紀20年代以後，教會大學在中國教育近代化過程中起着某種程度的示範與導向作用。
復旦大學河南校友會副會長兼祕書長@高會民在新浪微博分享了傳教士所建的13所基督教會大學，肯定了這些大學的積極作用。
1、 東吳大學
1900年，著名美國傳教士林樂知擔任了東吳大學董事長，中國第一所民辦大學正式誕生，其法學院尤爲著名，被譽爲“華南第一流的而且是最著名的法學院”，培養了中華民國外長、總理、著名法學家王寵惠，著名法官、法學家吳經熊、李浩培、潘漢典，中國第一位國際大法官倪徵燠。上世紀50年代院系調整，其主體爲蘇州大學，法學院和會計系成爲華東政法大學與上海財經大學的基礎組成部分。
2、 燕京大學
燕大由諸多學校整合而成，1919年司徒雷登出任校長後整理校務，面貌煥然一新。1929年起正式設立了文學院、理學院、法學院，總共近20個系。
著名校友有黃昆(中科院院士、中國半導體創始人)、孫道臨、周汝昌(著名紅學家)、王鍾翰(著名清史滿族史專家)王世襄(書名學者和收藏家)、黃宗江、張廣達(著名歷史學家)、江平、鄭念(著名作家)、謝婉瑩(冰心)、周南(新華社前社長)、趙蘭坤(連戰母親)、中國前外長等。
1952年由燕京大學直接拆分而成的大學包括今中國政法大學(燕京大學法學院)，中央財經大學(燕京大學經濟系)、中央民族大學(燕京大學歷史系)，部分由燕京大學拆分到的有：清華大學工學院，新聞系及一些社會學科最終併入中國人民大學。燕京大學校址“燕園”成爲院系調整後的北京大學校園。
3、 齊魯大學
該校是1904至1952年在山東辦學的教會大學，由來自美國、英國及加拿大三國的14個基督教教會組織共同籌款聯合整合舊有教會學校基礎上開辦。齊魯大學校長、畢業於哈佛大學的劉世傳自豪地說：“正如我的另一個母校，哈佛大學是美國最老的大學一樣，齊大是中國最老的大學，絕對沒有一箇中國大學能在這一點上趕上齊大!”
1952年全國高等院校調整，齊魯大學被解體，相關院系併入不同的大學，如藥學系併入今中國藥科大學，理學院中的生物、物理和化學三系併入今山東師範大學。
4、 上海聖約翰大學
創建於1870年的上海，由美國聖公會上海主教施約瑟將原來的兩所聖公會學校培雅書院和恩度書院合併而成，乃中國第一所高等教育學府。1949年聖約翰大學(新聞系及部分文理系科)併入國立復旦大學，1951年聖約翰大學土建系科組併入同濟大學;1952年聖約翰大學經濟系併入今上海財經大學;政治系併入華東政法大學，聖約翰大學理科各系、教育系、中文系併入現在的華東師範大學;聖約翰大學醫學院參與建立上海第二醫科大學，現併入上海交通大學。林語堂、顧維鈞、榮毅仁、鄒韜奮、張愛玲、聯合國國際法院院長史久鏞、中國基礎化學奠基人孫學悟、漢語拼音創始人周有光、老上海實業大王劉鴻生、國學大師吳宓、著名女詩人成幼殊等都是該校榮譽校友。聖約翰大學校友多活躍於商界、政界、文學界、外交界和醫務界，對中國的歷史進程起到過重要影響。
5、之江大學
其前身是寧波崇信義塾，1845年由美國基督教長老會麥卡第(MC等人創辦。1952年全國高等院校調整院系，之大建築工程系併入同濟大學，商學院、工商管理財經系併入現在的上海財大，工程學院各系、文學院各系及部分數理化學系先後併入浙江大學。
上海聖約翰大學
6、華西協和大學
1905年基督教各差會決定聯合在四川政治文化中心成都創辦一所規模宏大、科學完備的高等學府，並由畢啓、啓爾德和陶維新等人着手籌建。這是成都乃至中國西部建立的第一所現代化意義的大學，是中國牙科學發源地，享有“東亞第一”美譽，其文理哲各科在當時的西南地區也處於頂端位置。爲籌措建校經費，畢啓先後15次橫渡太平洋回國及在中國內地多方遊說籌集辦學經費，經手的中外各界捐款達400多萬美元。1952年院系調整中，該校被肢解，學校醫學院接收了重慶大學醫學院後建立現在的四川大學華西醫學中心;文理哲學院合併到四川大學，藏品豐富的歷史博物館調整到四川大學;社會學系及民族學組構成現在的西南民族大學;工學院被合併到現在的四川聯合大學;農學院被合併成現在的四川農業大學。
7、華中大學
是20世紀上半葉華中地區幾個英美基督教差會聯合創辦的教會大學。1952年改稱今華中師範大學，並將其搬出，原址建立今湖北中醫藥大學。
8、金陵大學
原是美國基督教會創辦的私立大學，始建於1888年。1910年經各聯合教會協議，由每個差會交付相當於4萬美元的土地、房屋、設備、現金，提供3名教師，每年出捐助費0.24萬美金。後來，在此基礎上有所增加，到1922年時，提供教師數增加爲5名，年捐款數增加爲0.4萬美金。1934年，美國紐約州立大學承認金大與其他國際間大學同等學術地位，並能頒發獲國際認可之學士和碩士學位。1952年院系調整，金陵大學文學院全部及理學院主體併入南京大學;教育系併入現在的南京師範大學;農學院主體併入現在的南京農業大學;農學院林學系併入現在的南京林業大學;理學院電機系併入東南大學;理學院化工系參與組建南京工業大學;電影與廣播專修科組建北京電影學院。
9、10福建協和大學和華南女子文理學院
福建協和大學系創建於1915年的教會大學，華南女子文理學院是美以美會(1939年以後稱衛理公會)在福州創辦的一所教會女子大學。1951年1月，教育部決定接辦福建協和大學和華南女子文理學院，將兩校合併成立福州大學。原私立福建協和大學校區內設福州大學農學院。1952年廈門大學農學院併入福州大學農學院，是現在的福建農林大學;福州大學以後改名福建師範大學。
11、金陵女子文理學院
是中國近代著名的女子教會大學，1915年在南京開學。第一任校長是德本康夫人，1928年，德本康夫人辭去校長職務，校董會推選金陵女大首屆畢業生、留美博士吳貽芳爲校長。1951年，私立金陵女子文理學院與私立金陵大學合併爲公立金陵大學。1952年，金陵大學主體與南京大學合併。
12、滬江大學
創辦於1906年，原名上海浸會大學，是一所教會大學。上海浸會大學最初的校長爲美國人柏高德博士。另設浸會神學院，由美國人萬應遠博士任院長。1952年高等學校院系調整，滬江大學各系分別併入今復旦大學、華東師範大學、上海財經大學等相關院校，校址移歸上海機械學院，爲今上海理工大學。
滬江大學
13、嶺南大學
最初由美國基督教會創辦，以後由國人自辦。1952院系調整中，嶺南大學與中山大學及其他院校的理工科合併，組成現在的華南理工大學，校址設在嶺南大學舊址。其餘學科經過合併調整，分別組成中山大學、今華南農大、華南師範大學和中山醫學院。
另外，李提摩太在山西辦山西大學。
教會大學的出現使中國高等教育與西方高等教育的差距一下子縮短了幾百年，在華最好的教會大學的水平接近了同時代歐美一般大學的程度。教會大學在體制、機構、計劃、課程、方法乃至規章制度諸多方面，更爲直接地引進西方近代教育模式，從而在教育界和社會上產生頗爲深刻的影響，爲中國高等教育作出了不可磨滅的貢獻。
