習慣上，日本把源自中國的傳統醫學稱爲“漢方醫學”或“東洋醫學”，基本上可以看作中醫的一個支流。日本人學習、接受中醫的歷史相當久遠，早在公元五世紀，中醫療方就經朝鮮醫師傳入大和朝廷。唐代日本全面輸入中國文化，中醫也在其中。從中藥、醫書、臨牀到管理等環節，日本全面接受中醫體系，並吸收內化成日本特色的“漢方醫學”。唐末日本廢止遣唐使，但民間層面醫學的交流仍然活躍，宋元以降日本從中國輸入的物品裏漢方和醫書佔了很大比重。中世紀以前，漢方醫學主要被僧院佛門壟斷，不少來華求法僧人研修佛禪的同時兼學醫術，有的僧侶本身就是名醫，如室町幕府時期的月湖和尚。這些僧人學成歸國促進了中醫在日本的傳播和影響。
十五世紀以後，日本漢方醫學界分化，形成以中國金元醫學佔主流的“後世方派”和推崇張仲景的“古方派”，此外還有主張兩者調和的“折中派”，各流派之間互相論爭，出現百家爭鳴的局面，然而漢方醫學在日本的地位卻日益鞏固，逐步形成了獨自的醫療體系，到江戶中期迎來鼎盛期。
1774年一本荷文醫書在日本翻譯問世，這使得中醫千年高居主流的態勢悄悄發生變化。
蘭學漂洋過海進入日本
隨着世界地理大發現和新航路的開闢，西方海洋勢力不斷闖入東亞海域。1543年一艘葡萄牙商船漂流到九州的種子島，將火繩槍傳入日本。此後西方人進入日本，他們通常取道東亞海域南面的印度洋和南洋，日本因此稱之爲“南蠻”。“南蠻”中包含大量傳教士，他們在宣教的同時也帶來了與東亞傳統文明絕然不同的知識和學問，如天文、醫學、地理、算數、測繪、航海等。
“南蠻貿易”中的西方商船
十六、十七世紀之交，葡萄牙、西班牙等國的傳教士不斷進入日本，他們在九州、關西傳教建造“南蠻寺”（教堂），作爲吸引信衆的手段，還開設醫院治病救人，此爲西方醫學在日本的發端。西方傳教勢力的迅速膨脹引起了幕府的警覺和不安，他們對此嚴加彈壓和取締，終於釀成1637年大量傳教士和信衆參加的島原之亂，平亂後江戶德川幕府於1639年實行鎖國政策，允許對日貿易的“南蠻”僅有荷蘭，幕府治下的佐賀藩長崎成了鎖國體制下唯一的對外窗口，此後，“南蠻”文化以一種特殊方式經由荷蘭人從這裏又開始進入日本，因而西學被稱爲“蘭學”。
十八世紀初，幕府第八代將軍德川吉宗繼位，爲了克服嚴重的財政危機，他推行一系列改革，獎勵實學，對外採取了比較寬鬆的政策。曾遭嚴禁的漢譯洋書也放寬了，只要不涉“邪教”，都可以在日本流通。
爲了解“南蠻學問”的底細，幕府派醫官野呂元丈(1693—1761)、儒官青木昆陽(1698—1769)前往長崎學習蘭醫和蘭文。兩人分別寫出《荷蘭本草和解》、《荷蘭文字略考》，成了日本“蘭學”的拓荒人，培養了不少通曉“南蠻學問”的“洋才”，其中青木弟子前野良澤(1723—1803)後來與杉田玄白合作，譯出德國解剖學家約翰·亞當·庫姆斯的《解體新書》荷文譯本，成爲“蘭學”之濫觴，引發日本人知識結構和思想觀念的激烈變革，孕育了近代科技文明的胚胎。
一本醫書開啓一個新時代
杉田玄白（1733-1817）是日本近代醫學先驅，他改寫了日本的近代醫學史。一千多年來曾被日本醫學界奉爲圭臬的傳統中醫，在近代日本發生逆轉，從主流退居末流，甚而淪爲被拋棄的“僞學問”，其中杉田玄白起了不小的作用。
杉田玄白1733年出生於江戶城外牛込町（今東京新宿）一個醫師世家。父親杉田玄甫是駐江戶城的若狹藩醫。玄白自幼鑽研家傳醫術，一度師從幕府醫官西玄哲，還隨儒學家宮瀨龍門學漢學，從留下的作品來看，他的漢文功底頗深，翻譯荷文的《解體新書》用的就是通暢的和式漢文。他還會作漢詩，是個有情趣的學者。
杉田玄白的塑像
與杉田同時代的一個醫師山脅東洋，一次偶然爲死刑犯解剖時發現人體實際內臟構造與日本流傳的漢籍醫典出入很大，卻與“南蠻”醫書所載人體內臟圖譜如出一轍。經過悉心研究，寫成《蔵志》（“蔵”即“內臟”），並繪成《九蔵圖》，對中醫有關內臟理論提出質疑。由於當時漢方醫學高高在上無以撼動的權威性，山脅的學說並沒有引起重視，但卻引起杉田強烈好奇，這也是促成他日後鼎力譯介蘭學的機緣。
據玄白的回想錄《蘭學事始》記載，明和八年（1771年），若狹藩醫中川淳庵帶着一本借來的荷蘭文醫書《解體新書》拜訪玄白。玄白不諳荷文，但書中精密詳盡的解剖圖，完全迥異於見慣了的漢籍醫書粗糙模糊的人體圖譜，令他想起先前讀過的《蔵志》，十分震驚，設法將這本書買到手，悉心揣摩研究，並多方爭取親臨解剖現場驗證虛實的機會。但江戶時代朱子學被奉爲至尊，人們遵循儒家“身體髮膚，受之父母，不敢毀傷，孝至始也”的古訓，解剖屍體與毀屍同罪。經過斡旋，江戶城郊小冢原刑場（今東京都荒川區南千住）處決囚犯，特許他前去察看解剖，杉田與前野、中川三人帶着《解體新書》和漢籍醫書前往現場，當場檢驗，結果令人吃驚。比如肺部，漢方醫書寫着“肺六葉兩耳，肝左三葉，右三葉”，而實際情形是“人體肺右三葉左二葉；肝右大左小”。蘭醫圖繪分毫不差。震撼之餘，三人決計一同合作將這本醫書名著譯出。
在當時條件下，翻譯荷蘭文醫書，難度遠超今天的想象。因“蘭學”是末流之學，懂的人少，兼通荷語和醫術者更罕見，求教無門；就連翻譯必備的辭典之類工具書也沒有；而且三人雖是當世“蘭學家”，但水平參差不齊，何況草創之初，程度稍高者也是二把刀水準。尤其玄白，所長在家傳漢方醫術，荷文水準則相形見絀。十年前荷蘭商館館長到江戶覲見幕府將軍之際，杉田與之進行交流，曾萌生學習荷語之志，但被隨行翻譯潑了冷水，學習熱情大受打擊。
蘭學之始，沒有現成字典，都是武士們手抄的醫學詞典
《蘭學事始》是隨筆式回憶錄，其中一段將杉田等三人翻譯《解體新書》種種艱辛寫得十分真實生動：動筆翻譯不久，一下就碰壁。原著《五官篇·鼻》中第一句有關鼻子的定義就難倒了幾個所謂的蘭學家：“鼻者，乃顏面正中vooruitsteekende之器官也”。不知荷語中“vooruitsteekende”一語究竟何意，又無處可問，翻譯就此擱淺。後來，前野良澤到長崎出差購買回一本簡易荷語會話讀本，玄白翻來覆去閱讀研究，終於找出其中與vooruitsteekende一詞相關句子，諸如：“樹枝削砍，其創口vooruitsteekende”；還有“清掃庭院塵土樹葉集中vooruitsteekende”，反覆揣摩，杉田忽然悟到：位於臉部正中間，不就是像樹枝切口愈後，塵土樹葉堆積後的形態嘛，也就是高高堆起、隆起的部位？遂猜出vooruitsteekende即對應日語中的“堆高”，“隆起”的意思。三人會意，不禁手舞足蹈。晚年玄白追憶“蘭學”在日本發端之初的種種不易，感慨萬千，他形容當時翻譯《解體新書》時，戰戰兢兢，“如乘無舵之舟泛於大洋，無可依託但覺茫然”，“書中紀事字字辛苦”。但偶有突破或創意則欣喜欲狂，“心情就像無意得到世間無上的寶物一樣”。這部連圖譜在內不太厚的書，磕磕碰碰前後花了近四年才得以付梓刊行。
《解體新書》的出版，將日本人研究“南蠻”學問的熱情推向一個新高度，人們才知道：除了傳統熟知的漢方醫學，世界上還有一種似乎更靠譜也更管用的醫術，由此引發知識階層學習荷蘭語，旁及其他領域技術學問的興趣。這本書的翻譯出版，被認爲日本近代科學精神的曙光。
杉田玄白推崇蘭醫明確、科學、可重複、可驗證的優越性，同時對傳統漢方醫學的可靠性提出質疑。儘管中醫經歷悠久時間的考驗，但根本一點缺乏確實的可操作性的理論，大而化之，往往會出現十人十見、莫衷一是的現象；相比之下蘭醫嚴謹精確，百人同症，療法如一，對症而治，百人皆愈。杉田的書和言論擊中了“東洋醫學”的某一面軟肋，成了中醫在日本走下坡路的起點。
《解體新書》日譯本
西醫如何逆襲中醫？
明治維新前後，西方醫學成爲時代潮流，而漢方醫學在日本的命運則急轉直下，一度跌入千年未有之窘境。戰爭是檢驗技術的試金石。西醫逆襲中醫，在日本獲得壓倒性的優勢並最終取代中醫，也是拜戰爭所賜。
1867年江戶無血開城，末代將軍德川慶喜把大政奉還天皇，但不願歸順的東北諸藩掀起了對抗新政府的“戊辰戰爭”。戰事非常慘烈，與傳統冷兵器時代的打打殺殺不同，彼時作戰雙方已普遍使用殺傷力極大的槍、炮等現代兵器，造成的傷亡很大，特別是由於槍創導致大量出血、感染破傷風的死亡率極高。對此，隨軍的漢方醫生卻束手無策。政府軍首腦西鄉隆盛從英國使館招聘西醫隨軍出征，挽救了大量傷員，不但大大降低了戰事傷亡率，輕傷者還能很快復原重新成爲戰力。西醫在外科手術與臨牀診療的神奇功效，使新政府軍政高層深受震動，內戰結束後，引進學習西方軍醫制度和改革傳統醫療體制成了明治政府一大急務。
1868年12月，根據天皇的旨意，明治政府將國民的健康和衛生防疫提到國家戰略層面加以督導，出臺《太政官佈告》，宣佈全面改革醫療制度，規定今後在日本行醫，必須通過國家醫學考覈才能獲得執照。針對當時漢方醫生佔絕多數，西醫人才稀缺的情況，明治政府採用請進來和走出去的方式，積極培養本土西醫人才。十年之後，全國通過考覈獲得西醫執照的達到1800多人。雖沒有政府明確禁止中醫，但封殺其生存空間的政策導向使得中醫自行式微：開業醫師資格考試科目全是西醫內容；漢方藥館被廢止，禁止漢方自由買賣，嚴格控制“處方權”，有西醫執照業者才能開中藥。
而且，經由江戶時代蘭學家，德國醫學傳入日本，加之德國對日本成功向近代化國家轉型有啓蒙之功，德國醫學體制成了明治政府醫療改革的範本。
明治元年，佐賀藩長崎蘭醫出身的相良安知被任命爲“醫學校兼醫院”（東京大學前身）大學權大丞，主管政府醫療事業。在佐賀同鄉明治重臣大偎重信和副島種臣支持下，日本全面引入德國醫學體制，聘用德國醫師，並派遣大量青年才俊到德國學醫。明治政府的“醫改”不久就大見成效，到十九世紀末，日本本土西醫人才大量涌現，醫學技術迅速趕上歐美水平，反過來成了中國的學習對象。
仙台醫專舊址上的魯迅先生塑像。魯迅赴日學醫所在的仙台醫專即有不少日本本土培養的西醫教授。
一度造福東亞，乃至爲人類健康事業做出過貢獻的中醫卻成了落後、保守、愚昧的代名詞，甚至很長一段時間被當作“僞科學”遭到無情拋棄，而西醫則代表着先進、文明，成爲近代日本知識界的普遍共識。
