人物評價
孫中山在唁電上說：“仲元遽以創傷，傷哉!平日忠於國事，勇於奮鬥，前途之望，正復無量。壯年遽殞，不止粵中惜此人材也。”
胡漢民在1935年追憶鄧鏗時曾說過一句話：“總理革命數十年，直接奉命爲主義前趨之軍人，當推仲元先生爲第一人。”
鄧仲元逝世當天，於下午3時入殮，其靈柩暫寄於廣州永勝寺。4時出殯，靈車隊伍多達40餘輛。車隊經過各街道時，各店鋪皆閉戶示哀，全城各機關均下半旗以誌哀悼。
1922年3月24日，陳炯明以鄧仲元“戰功尤偉，治軍嚴明”，上報大總統府，請求追贈鄧仲元爲陸軍上將，並派總統府參軍徐紹楨前往祭奠。
孫中山對鄧仲元被刺身亡深爲悲痛，以大總統的名義下令追授鄧仲元爲陸軍上將，並親致唁電：“電悉仲元遂以創死，傷哉!平日忠於國事，勇於奮鬥，前途之望，正復無限。壯年遽殞，不止粵中惜此人才也!身後宜從優異。倘有所志未竟之事，亦企完成之，以慰英魂。臨電不勝悽愴!”許崇智、蔣介石等粵軍要員亦唁電致哀。
從1922年6月中旬開始，地址設於廣州榨粉街門牌第十一號的鄧仲元廣州治喪事務處開始在《民國日報》刊登《鄧故上將葬期及追悼會期通告》。根據通告，鄧仲元於7月9日歸葬黃花崗，16日在廣東高等師範學校開追悼大會。
黃花崗七十二烈士陵園初建於1912年，有規定不得附葬，但有感於鄧仲元在辛亥革命建功甚巨，孫中山特准鄧仲元墓設於陵園之內。1923年3月23日，鄧仲元死難一週年，國民黨廣東支部全體成員赴黃花崗致祭，由孫中山代表朱培德主祭。次年6月，孫中山親書墓碣。
後世紀念
在黃花崗七十二烈士墓側，有一座民國陸軍上將之墓巍然壯觀，這就是鄧仲元墓。該墓有孫中山先生親題的墓碑，還有胡漢民撰寫的“陸軍上將鄧仲元墓表”碑，以及神采剛毅、手握指揮刀的軍裝立像。置身墓園中，仍能感覺到昔日粵軍將帥的英勇氣魄。
鄧仲元遇刺身亡，廣東乃至全國爲之震動，社會各界紛紛追悼。孫中山對鄧仲元“忠於國事，勇於奮鬥”的革命偉績和高尚品格給予高度評價，追贈其爲陸軍上將，特許其附葬於廣州黃花崗烈士墓陵，並親書墓碑。許多城市都有悼念活動。這份悼念，直至今天仍能讓人深切感受到，比如在惠州，有惠州西湖荔浦風清的 “紀鄧山莊”、惠州仲元醫院、惠州仲元嬰兒寄託所以及今天仍傲立豐湖的仲元亭;在廣州，有莊嚴肅穆的鄧仲元墓以及鄧仲元銅像、仲元中學、番禺仲元實驗學校和仲元圖書館等;在梅州，有仲元東路和仲元西路，還曾籌辦過仲元職業學校等等，都是對鄧鏗永恆的紀念。
國民政府在1935年通過了《紀念鄧仲元辦法》，確定每年3月23日爲“先烈鄧仲元先生殉國紀念日”，並頒佈優恤鄧仲元遺族的訓令。除此之外，國民政府還發行紀鄧郵票、塑立仲元銅像、建造“仲元號”戰艦以茲紀念。在廣州、惠州、梅州等地，也先後建立以鄧仲元名字命名的學校、醫院、圖書館、亭園、街道等等。
中華人民共和國成立後，中央人民政府追認鄧仲元爲革命烈士。鄧仲元的故居、陵墓等，被當地政府列入文物保護單位，立碑保護，撥款修繕，並召開各種紀念會、座談會，緬懷和學習鄧仲元的英雄偉績和革命精神，以告慰忠魂，策勵後人。
鄧仲元墓
黃花崗最大附葬墓
鄧仲元墓始築於1922年7月，1924年重修，1927年增修，佔地約3600平方米，坐西北向東南，有墓道門樓、銅像、樂臺、八角亭、墓冢和墓表，規模宏大，是黃花崗烈士陵園中面積最大的一座附葬墓，1983年8月被列爲廣州市文物保護單位。
讓人格外注目的是墓冢上建有一座8米高的仿西式古典風格的亭子，亭中央豎“鄧仲元先生之墓”墓碑，孫中山題書。墓亭後是柱式紀念性建築的墓表，鐫刻胡漢民撰、陳融書的《陸軍上將鄧仲元墓表》。祭場左側爲鄧氏夫人李順春及其子鄧偉東墓。
鄧仲元銅像
著名雕刻家創作
1931年4月2日，鄧仲元舊部、第八路軍總指揮陳濟棠以鄧氏“對於黨國勳勞各著”，去電呈請國府爲鄧仲元鑄造銅像，蔣介石欣然應允。1932年，廣東當局聘請上海著名雕塑家李金髮到廣州雕刻鄧仲元銅像。李金髮爲了完成這項備受世人矚目的任務，特別邀請了鄧仲元的家人和故舊，在現場觀看鑄造過程，務求重現鄧仲元原貌。1933年5月5日，廣州舉行盛大的銅像揭幕禮，銅像被安放於鄧仲元遇刺的地方——— 大沙頭廣九車站。
鄧仲元銅像身穿軍大衣，頭戴大檐軍帽，右手叉腰，左手握軍刀的全身塑像，再現了鄧仲元的英姿。上世紀50年代，銅像移至黃花崗鄧仲元墓園。
鄧仲元郵票
兩次發行郵票
1929年3月，《交通公報》第26期刊登交通部關於發行紀念鄧仲元郵票的訓令。同年，郵政總局發行紀念鄧仲元的郵票，面額一分。1933年又發行北平版鄧仲元烈士像郵票，三種面額，分別是半分、二分、四分。民國時期郵政總局一共爲6名先烈發行了郵票，其中兩個是惠州人，另外一個是廖仲愷。
仲元號炮艦
由造艦專家伍景英設計
1927年，時任廣東軍事委員會航務處處長的馮肇銘主持了新艦製造工程，將一艘60噸炮艦命名爲“仲元號”。仲元號炮艦(又稱鄧鏗輪)，由造艦專家伍景英設計，香港英商太古公司旗下的卑利船塢承造，1928年10月29日在香港下水。
仲元圖書館
仿北京文華殿富麗典雅
1927年，鄧仲元舊部、國民黨元老李濟深提議創建仲元圖書館。該館由建築師楊錫宗設計，式樣仿北京的文華殿，1929奠基，次年建成，位於廣州市解放北路越秀公園越秀山鎮海路。仲元圖書館爲鋼筋混凝土結構，富麗典雅，具有民族特色。1946年，廣東省立藝術專科學校曾借爲校址。建國初期，舊址曾爲廣州市博物館。1957年，廣州美術館成立，以該館作館址。
仲元中學
蔣介石任名譽董事長
1934年春，爲紀念鄧仲元，廣東創辦仲元中學，校址在廣州文德路廣雅書局內(今廣州中山圖書館附近)。首任董事長爲辛亥革命元老胡漢民，著名政治家劉蘆隱爲第一任校長。胡漢民逝世後，由蔣介石爲名譽董事長，餘漢謀爲常務董事長。1942年正式命名爲“廣東省立仲元中學”。1946年8月，廣東仲元中學遷至番禺市橋鎮西郊大沙地繼續辦學至今，是首批廣東省一級學校。
惠州紀鄧山莊
仲元亭是西湖一景
1929年，駐惠師長李務滋募萬金收購惠州西湖荔浦風清一帶的民居廢墟建仲元別墅、植仲元林，名爲紀鄧山莊，1930年建成。1937年，鄧仲元舊部李揚敬軍長於紀鄧山莊臨湖處建仲元亭，成爲豐湖一人文景觀。鄧仲元摯友張友仁爲山莊題聯：“問何時芒履板輿，大好湖山清夢冷;還依舊黃花濁酒，重陽風雨故人來。”2013年，仲元亭因修建莞惠城軌而被暫時移走，一磚一瓦被拆下保存在惠州博物館地下倉庫，擇機將會在原址重建。
惠州仲元醫院
免費爲貧病者施醫贈藥
惠州西湖仲元醫院，是1934年惠州各界爲紀念鄧仲元而設，此前已籌備數年，原本打算選址於南壇關帝廟一帶，但涉及建設經費浩大，只好先將位於環城西路的長壽庵修葺暫用，先行設立第一施診所，主要用於救濟貧病者，免費施醫贈藥。據《香港工商日報》1935年8月16日記載，自1935年1月至7月間，該醫院幫助了貧病者2428人。
惠州仲元嬰兒寄託所
免費收養貧苦嬰兒
惠州仲元嬰兒寄託所依附於仲元醫院，於1934年7月5日啓用。該嬰兒寄託所的宗旨是 “凡屬貧苦之嬰兒，其父母無力贍養者，或因有特別事故暫時不能自行料理者，均得來所寄託”，而且嬰兒的“一切服裝、食品、雜費等，均由本所供給，不受分文”。
