幼年時光
民國二十九年一月四日(1940年1月4日)生於抗戰時期的江西贛州。父親高運同是中國銀行職員，母親顧家騮是基督教青年會成員並做過抗日劇團的演員，二人均生於破落的大家族中。
民國三十一年(1942年)，弟弟高行素誕生。抗戰勝利後，其父仍留在銀行裏，失業後當過記者，供職於私人銀行及輪船公司。儘管高行健的父親經常失業，但生活仍舊寬裕。幼年的高行健由於體弱而由母親進行識字教育。在她的影響下，高行健對戲劇、寫作和繪畫均產生了興趣。
解放初期
1950年，在時爲南京軍區軍官的高行健表伯父的邀請下，全家搬至南京。1952年，高行健就讀於南京市第十中學(今南京市金陵中學)，其原爲教會學校金陵大學附屬中學，因此能夠接觸到許多的西方翻譯來的著作。對這段時光，高行健回憶到：“我的底子是在那打下的。我的中學生活完全像是生活在夢裏”。
法文之路
受家庭和外部環境影響，年輕的高行健最初的理想是做物理學家或數學家。同時由於從小愛與母親演戲，高行健亦產生了報考戲劇學院的願望。由於不符合導演系的報考條件，高行健只得放棄。於是，他的理想轉向了作家。參觀了南京大學中文系後，由於學習氛圍與高行健心中“遺世萬年的文學薰陶”的想法不符，他最終決定報考外國文學或繪畫。
由於從小喜愛繪畫，高行健師從中國美術家協會最早一批的會員惲宗瀛先生學畫素描、水彩、油畫以及泥塑，併產生了報考中央美術學院的願望，這也得到了惲宗瀛先生的支持。但高行健聽從了母親的建議，放棄報考中央美術學院。
高考複習中，高行健反思了自己學習理工的理想，並在一個下午偶然在學校圖書館中找到了一本共產國際出版的刊物，書中所描繪的二十世紀初期的巴黎超現實主義畫家和藝術家、詩人和文學家們在巴黎小酒館裏的生活深深吸引了他。因此，年僅17歲的高行健於1957年考入了北京外國語學院(今北京外國語大學)的法語專業。大學時光中，高行健主要在圖書館中度過，期間閱讀了大量的馬列主義著作及寫劇本、小說。課外，他與同學組織了“海外劇社”並曾用法文演戲。
文學生涯
1962年，高行健從北外法語系畢業後，在中國國際書店從事翻譯工作。
1969年與相識12年的女友結婚。兩人育有一子高杭，
1970年，被下放到幹校勞動，期間曾到安徽寧國縣港口中學任教。1973年，加入中國共產黨。1975年，返回北京，任《中國建設》雜誌社法文組組長。1977年，調任中國作家協會對外聯絡委員會工作。1979年5月，作爲全程翻譯，陪同巴金等中國作家訪問巴黎，回國後高行健發表了《巴金在巴黎》。同年，發表中篇小說《寒夜的星辰》。
1981年，調任北京人民藝術劇院編劇。同年，發表評論集《現代小說技巧初探》。1982年，與鐵路文工團編劇劉會遠共同創作的劇作《絕對信號》，在北京人民藝術劇院首演。1983年，《車站》在北京人民藝術劇院首演，由於“清除精神污染運動”，很快被禁演。
1984年，發表中篇小說集《有隻鴿子叫紅脣兒》。1985年，在北京與雕塑家尹光中舉辦泥塑繪畫展，開始受到海內外媒體的關注，這是高行健至今在中國大陸舉辦的唯一一次畫展。同年，應邀赴歐洲五國(德國、法國、英國、奧地利、丹麥)訪問八個月，在柏林世界文化之家舉辦了個人畫展，獲得了超乎意料的成功，賣畫獲“鉅款”四萬馬克，從此高行健開始了以畫養文生涯，獲得了更多寫作上的自由。1986年，由於“反對資產階級自由化”運動，劇作《彼岸》被禁演。
兩次婚姻
在八十年代他的大起大落中，他認識了後來成爲他第二任妻子的一位同事郭長慧。郭長慧也畢業於高行健的母校北京外國語大學法語系，但比高行健年輕13歲。兩人同在外文局工作並於1985年結婚，高行健在同年到德國當訪問學者。
1986年，高行健回到了中國，而妻子到了法國入讀里爾高等新聞學校，畢業後成爲法國國際廣播電臺記者、文化與藝術節目的主持人。
1987年底又來到法國巴黎，並正式移民定居法國，後與妻子團聚。
1989年，第二次婚姻以失敗告終。據自七十年代便與高行健一直維持着深厚友誼的大陸作家劉心武說，高行健前妻也擅法文，目前任職於法國電臺，兩人於八十年代末離婚，未育有子女。
定居法國
1987年，高行健應邀赴德國從事繪畫創作。1988年，開始在巴黎郊區巴紐裏定居，起初生活艱難。1989年，成爲法國“具像批評派沙龍”成員，以後連續三年參加該沙龍在巴黎大皇宮國家美術館的年展。1992年，榮獲法國政府頒發的“法蘭西文學藝術騎士勳章”。1997年，加入法國國籍。1999年，高行健的畫作在巴黎參加盧浮宮第十九屆國際古董與藝術雙年展。
20世紀90年代期間，高行健同時以中文與法文創作。劇作如《生死界》、《夜遊神》、《對話與反詰》、《週末四重奏》等。2000年10月12日，高行健小說《靈山》獲得諾貝爾文學獎，他因此成爲了首位獲得諾貝爾文學獎的中文作家。瑞典文學院的頒獎理由是“其作品的普遍價值，刻骨銘心的洞察力和語言的豐富機智，爲中文小說和藝術戲劇開闢了新的道路。”2001年，獲頒香港中文大學榮譽文學博士學位 。2002年2月25日，法國總統希拉剋親自爲高行健頒發“榮譽軍團騎士勳章”。2003年，法國舉辦“高行健年”以表彰他的成就。
2010年接受BBC中文網採訪時，高行健開玩笑地說自己“三生有幸”：“第一生在中國，第二生在法國，諾貝爾獎獲獎以後，我生了一場大病，也可以說是大難不死，又有一生，我自己開玩笑說真是三生有幸。”高行健坦言，他沒有想回中國的打算，他沒有落葉歸根的想法。他認爲自己現在是世界公民，在哪裏生存就在哪裏生根，無處不可以生根。2013年11月，高行健在新加坡接受BBC電視臺訪問時說：“我已經離開中國26年，現在中國的確發生了一些改變，但我不瞭解，也不關心，我現在生活在歐洲，我更關心歐洲的文化。”他同時坦言，他沒有看過莫言的作品。
