同治皇后阿魯特氏生於咸豐四年(1854)，她的父親是大清“立國二百數十年滿、蒙人試漢文”唯一摘得狀元桂冠的旗人崇綺。清廷爲了籠絡漢族知識分子，一甲前三名狀元、榜眼、探花一般都是爲漢人所得。因此同治四年(1865)崇綺被欽點爲狀元時，引起了滿朝議論。還是衆大臣商議“只論文章，何分旗漢”，才確定了他的狀元名號。
出生在這麼一個書香門第，阿魯特氏自幼受到父親的教導和薰陶，文化修養頗高。她容貌俊俏，書法娟秀，左手能寫一手好書，美名傳遍了滿洲和蒙古各部。
同治十一年(1872)，同治已經17歲了，兩宮皇太后決定爲皇帝選後立妃。在皇后的人選問題上，慈安太后和慈禧太后的意見出現了分歧。慈安看中了翰林院侍講崇綺的女兒阿魯特氏，認爲她淑慎端莊、知書達理，足以母儀天下，唯一美中不足的是她比同治大了2歲;而慈禧更傾向於選擇員外郎鳳秀的女兒富察氏，認爲她聰穎俏麗，且出身高貴。據說慈禧選擇富察氏還有更深一層的考慮，那就是富察氏年輕，閱歷淺，易受擺佈。
兩宮太后僵持不下，於是將選擇權交給了同治。慈禧原以爲自己的親生兒子會按照自己的旨意辦事，誰知同治對阿魯特氏一見傾心，將玉如意遞給了她。慈禧大爲惱火，對阿魯特氏有了芥蒂。
在慈安和同治的堅持下，慈禧不得不屈服。同年二月，兩宮太后頒佈懿旨立阿魯特氏爲皇后，同時，封富察氏爲慧妃，知府崇齡之女赫舍里氏爲瑜嬪，前任副都統賽尚阿之女阿魯特氏爲珣嬪。
在這幾位後宮妃子中，慧妃年齡最小，瑜嬪、珣嬪容貌出色，但皇后蕙質蘭心、文采出衆，《清宮詞》裏有一首讚美她的詩：
詠同治皇后
蕙質蘭心秀並如，花鈿回憶定情初。
珣瑜顏色能傾國，負卻宮中左手書。
