乾隆時期經濟問題沒有根本性的改變，因此民間的疾苦仍然很多，民變動亂時有發生，老百姓活不下去，自然就要反抗，要抗爭。這中間既有小規模的抗稅抗糧的事件，也有大規模的宗教種族反抗。他們一反抗，稅收不上，糧徵不來，邊疆地區和少數民族要鬧獨立，乾隆無法接受，所以乾隆採取強有力的鎮壓手段。乾隆時期的乾隆發動了十次較大軍事行動，乾隆引以爲傲。稱其爲“十全武功”，按照乾隆自己說的是：“十功者，平準噶爾二，定回部一，打金川爲二，靖臺灣爲一，降緬甸、安南各一，即今之受廓爾喀降，合爲十。”
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兩平準部爲“十全武功”之首：
17世紀出，瓦刺人向西退出蒙古高原，並分裂爲4部：準噶爾部，和碩特部，土爾扈特部，杜爾伯特部。即後來被大清稱爲“漠西蒙古”。
其中和碩特部顧實汗在1634年受4世班禪和5世達賴的邀請入藏，並趁機佔領全藏，並在1642年立“和碩特汗國”。其版圖包括整個青藏高原，而顧實汗則受到大清順治帝的策封。
漠西蒙古中最強大的是準噶爾汗國。第1個被擊敗的是土爾扈特部，土爾扈特部被逼西移。到了1705年，土爾扈特人已移到俄羅斯的頓河與烏拉爾之間的廣大地區。1634年，巴特爾即位爲準噶爾汗。他擊敗哈薩克人。1676年，巴特爾的第4子噶爾丹即位。此人是漠西蒙古的英雄，在位其間，準噶爾帝國達到極盛。他首先統一了漠西蒙古4汗國，隨後，他南下征服了回部察合臺汗國，建立了可與大清抗衡的，方圓500萬公里的大帝國。
噶爾丹決心取代大清。他在1688年進攻外蒙古，土謝圖汗等被擊敗，逃入內蒙古。噶爾丹追進內蒙，劍指北京。康熙帝親征，率清軍與噶爾丹在北京以北內蒙古的烏蘭布通決戰。在清軍的大炮前，兇猛無敵的準噶爾騎兵血肉橫飛，這是噶爾丹出道以來第1次慘敗。
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1695年，噶爾丹與漠北遠征的清軍再戰於昭莫多，並再敗於清軍炮火之下。噶爾丹和妻子雙雙被擊斃。外蒙古從此併入大清。1687年巴特爾之孫(噶爾丹之侄)策妄即位。這又是一位英雄。征服了因噶爾丹只死又反叛準噶爾的哈薩克人。1720年，策妄的兒子噶爾丹策零(不是噶爾丹)領20萬大軍擊退俄軍，迫使俄國與準噶爾劃界而治，不敢再越雷池一步。
1705年，策妄派他的弟弟策零進行了一場艱苦的行軍，長途奔襲，突然出現在拉薩，和碩特汗國末任拉薩汗被殺，和碩特汗國滅亡，而其後裔成爲至今生活在青海高原的蒙古人。1720年，準噶爾軍被清軍逐出出藏，而西藏從此爲大清所控制。
噶爾丹策零即位後，進軍外蒙古，迫使雍正帝簽定邊界條約。規定以外蒙古杭愛山爲界：山以西屬準噶爾，山以東屬大清。
1753年，噶爾丹策零的孫子達瓦齊在姑父阿木爾撤納(非準噶爾人)的幫助下奪得準噶爾汗位。達瓦齊後打敗漠西蒙古的杜爾特部，逼杜爾特部歸清。後來達瓦齊與阿木爾撤納反臉。阿木爾撤納佔據伊梨獨立，被達瓦齊擊敗，被迫逃到大清。
1755年，乾隆帝派清軍帶阿木爾撤納西征準噶爾，達瓦齊戰敗投降，準噶爾被大清所控制。但阿木爾撤納不願接受大清的統治，起義反抗，並被清將兆康擊敗。此事令到乾隆帝震怒，下令除女人分賞官兵外，整個準噶爾部被滅絕。幾十萬準噶爾人死於清軍的屠刀之下，鮮血染紅了衛拉特草原，準噶爾人遭到了滅族之災，數千裏內，逐無一人，只剩下一個無人的準噶爾盆地，從此準葛爾成爲了一個地名。
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清軍隨後又征服了天山南路的回部，天山南北皆併入大清帝國。在大清的立場上看，這是征服的新疆土，故稱爲“新疆”。
阿木爾撤納不甘心屈服，逃入西伯利亞，混在俄羅斯人中間，後來死於天花。事後，俄國曾請清使到場驗看屍首。
對於清軍屠殺準噶爾人民的問題，如果想要從清史中找到這些信息不易，國內許多學者大多予以迴避，很少有專門論述這一事件的文章。但是紙包不住火，總會出現有良知，有節操的文人學者敢於記錄真實的歷史，還原當時的血腥與殘暴。
