申時行作爲蘇州人，跟此地的大多數官僚一樣，低調而有涵養。跟明代大多數首輔一樣，申時行年少得志，經歷了翰林院學士到部院官員，最後入閣拜相的過程。
申時行原名徐時行，曾被過繼給舅舅徐尚珍，成年後又返回申家。雖然他跟徐階一樣都是蘇州人，雖然他也跟徐階一樣人情練達，但他無疑比徐階更加圓潤。在萬曆十年張居正死後，內外形勢已經發生了變化，申時行能夠順應這種形勢加入到倒張的隊列中來。
雖然張居正對於申時行有提拔之恩，但這種提拔之恩在申時行看來顯得要清淡的多，他跟張居正的關係不似樑夢龍、張學顏跟張居正那般親密，他一直保持着自己的獨立性，他不從屬於任何政治團體，這也是他能成爲政治不倒翁的原因。
在清算張居正的運動結束後，申時行及時採取了剎車的行動，這對於萬曆親政後的局勢有穩定作用。
萬曆十二年隨着倒張運動接近尾聲，關於這場爭論似乎還遲遲不肯落幕，一些人仍舊拿着張居正的事情互相攻擊。在神宗對張居正抄家的時候，刑部尚書潘季馴因爲替張居正說話被御史李植彈劾而罷官，如今御史蔡系周、孫愈賢因爲跟李植有間隙，藉着潘季馴有冤彈劾起李植來，而李植的同黨江東之、羊可立立刻參加進來，並將蔡系周、孫愈賢兩人劃成張居正的同黨予以攻擊，這樣一來皇帝自然站在江羊李這邊。
本來是一場御史陣營的內鬥，江羊李偏偏將張居正牽扯進來作爲打倒政敵的砝碼，這實際上是萬曆十二年官場上的普遍現象，也就是跟張居正有交情的官員面臨全部被罷黜的危險，而跟張居正有仇的官員顯示出了越來越強悍的戰鬥力。首輔申時行已經預感到這個事情再不解決，將會給國家造成更大的危害。
進入萬曆年間，大明官場出現了一種奇特現象，那就是爲了拱倒政敵，採取匿名貼大字報的方式，這些大字報通常會揭示一些私密的事情，往往會掀起大波，達到普通奏章無法達成的效果。
申時行的擔心不無道理，很快京城流傳一張大字報，說內閣大學士許國指使蔡系周、孫愈賢彈劾李植，此時鬥爭的方向發生了變化，情況更加撲朔迷離。首先此時的內閣大學士大多是在張居正主政期間曾經彈劾過張居政的人，所以此案跟張居正已經失去關聯，它要麼是有人故意將此案跟許國聯繫起來，要麼就是江羊李彈劾蔡孫的最終目標是對着許國來的。
事實證明的確是如此，因爲隨後江羊李又開始彈劾申時行，原來他們想將首輔申時行、次輔許國拱走，讓他們的老師三輔王錫爵擔任首輔，很快申時行抓住他們的把柄，迫使皇帝將三人連降三級，貶謫外地。
萬曆十二年的這場驚心動魄的政治鬥爭依靠老道的申時行一舉打垮了江羊李的囂張氣焰，它直接結束了關於張居正的一切爭論，也保護了跟張居正有關聯的一大批官僚，安定了人心。
萬曆第二個十年的形勢對於申時行來說依然艱難，嚴嵩的下場使得他不敢跟皇帝保持一種親密的合作關係，張居正的下場也使得他不敢有所作爲、有所擔待，他需要在皇帝與羣臣之間保持一種平衡，皇帝也需要他和他的內閣班子充當自己跟低級官僚之間的一種緩衝地，這種平衡點的把握對於申時行來說是艱難的，稍微不慎，就會遭到參劾而丟官。
任何高高在上者和既得利益者都會遭到全體官僚的敵視，而對於低級官僚的利益卻是任何人也觸碰不的，參政的羣體日益擴大，輿論權日益下移，這些都會將我們的帝國帶到災難的深淵。所有人都開始小心翼翼，決策的制定更加複雜，任何一項政策執行起來將更加艱難。皇帝和內閣不再信任低級官僚，低級官僚也不再信任皇帝和內閣，我們的帝國不僅進入文官政治的時代，更是進入低級文官政治的時代。士大夫們表面看起來意志堅決，實際上精神渙散;我們這個龐大的帝國表面看起來強大而威嚴，實際上步履蹣跚。
士大夫們陣營分明，所有人都將成爲君子或小人，一些雞毛蒜皮的小事情牽連起來也會引起大的政治動盪，首輔的倒臺更是家常便飯，文官們的攻擊也需要多輪較量後才能夠看清他們的真實目的，在這些過程中即便是皇帝也常常被其迷惑，跌入彀中。
當申時行取代張四維成爲首輔後，他力圖取得一種平衡，他試圖在文官中維持一種無可爭議的形象，但事實表明這根本就是徒勞的，沒人會同情他，正如沒人會同情皇帝一樣。
有人說朝中有些人在張居正當國期間無所作爲，接着就有人彈劾吏部尚書楊巍、禮部尚書沈鯉，說他們不應該事事都聽內閣的，隨後又因爲萬曆的陵墓問題彈劾主辦者徐學謨，最後又彈劾高啓愚，所有這些被彈劾的人都跟申時行有着或多或少的聯繫，他們的目標仍舊是指向這名首輔，一旦皇帝受理了對這些官僚的彈劾，那麼下一步彈劾的矛頭就會直指這位首輔。皇帝是清醒地，他知道這些文官們想幹什麼，皇帝及時地一耳光扇趴了這些煩人的僞君子們，他深刻的知道到了這個時候，他必須要維護申先生的清譽，否則在這個帝國無人再敢替自己做事。
萬曆十四年顧憲成進京述職，王錫爵跟他談到了當今的官場特點，王錫爵笑着說：“你知道嗎?現在官場有一個奇異現象，廟堂認可的，外間必然反對;廟堂否定的，外間必定認可。”
說完，顧憲成立即說道：“我也聽說官場有一奇異現象，外間認可的，廟堂必定反對;外間反對的，廟堂必定認可。”說完兩人相視大笑，在這種笑聲中，兩人互相鄙視對方。萬曆十四年王顧的這段對話永載史冊，它實際上通過大明官場高層與底層對立的一種現象來昭示官僚們對團體利益的看重性，在這裏沒有是非曲直，只有利益。
萬曆十年以後的形勢就是如此，申時行夾雜在這種沉悶的氛圍中動彈不得絲毫，他的任何調和皆被羣臣認爲是虛僞的舉動，所有的人都臆想他跟皇帝有什麼勾結。這的確是一件可笑的事情，儒家理論將君臣定義爲五倫之中的首位，到如今，忠君愛國卻需要遮遮掩掩。事情到了這一步，已經無人可以拯救這個帝國。
從萬曆十四年開始，申時行感到更加的步履維艱，一方面是皇帝漸漸的對上朝、經筵感到厭煩，另一方面是隨着鄭貴妃產子，明王朝最大的危機突顯出來。
皇帝經常抱怨頭暈、眼花，四肢乏力，有一次皇帝對申時行說道，自己近來肝火旺盛，用了涼藥，誰知涼藥將火壓到了腳底，導致腳底發癢，然後又撓破腳底，導致行走不便。每當這個時候，申時行總是勸慰皇上多注意身體，以國事爲重。
萬曆十八年，甘肅副總兵李聯芳親率隊伍冒進出擊蒙古火落赤部全軍覆沒，消息傳來朝廷上紛紛擾擾，隆慶年以來形成的邊疆和平局面又將搖搖欲墜。人世間點火就冒泡的人多，冷靜分析全局的人少，大明王朝三百年來絕大部分的戰爭都是不冷靜造成的，雜七雜八的意見堆積起來，再加上決策者對於形勢的不明，從而釀成了帝國總動員。
對於此事申時行有着冷靜分析，蒙古人沒必要找大明朝的麻煩，俺答時代對於貢市有着鐵了心的依賴，但西北有兩個部落卜失兔、火落赤，東北有個部落插漢部總是跟明朝摩擦不斷，這非黃金家族所能控制的事情，而且卜失兔、火落赤還經常跟回部和藏部相互仇殺，而邊疆的明軍往往又牽扯其中。
正因爲申時行了解到到這些關係，所以他才勸皇帝冷靜處理，結果平息了一場可能產生的衝突。在申時行擔任首輔的期間內，許多事情就是這樣在搖搖晃晃中解決了，但有些事情可以將就着過，有些事情就不能將就着過。
從萬曆十四年開始的國本之爭纔算是真正在申時行頭上套上一個緊箍圈，隨着爭論的升級，這個緊箍圈只會越來越緊，而不會越來越鬆，萬曆十九年的密揭事件終於終結了這位首輔的政治生涯。對此我們已經無法再說出什麼，帝國的命運跟人的命運一樣在這個紛紛擾擾的16世紀晚期隨波逐流。
56歲的申時行回到了自己的家鄉，按理說此時正值壯年，但他卻過早的結束了自己的政治生涯。回到家鄉蘇州後，申時行又度過了23個春秋，這23個春秋是在江南靡靡細雨、絲竹軟語中度過，雖然他待在中國最好的地方，享受着16世紀地球人最好的生活方式，但他的內心仍舊糾結於那些過去的往事之中。
從申時行留下的《賜閒堂集》中我們可以看見這位首輔的內心並不平靜，我們可以捕捉到這位首輔心中所留有的那種深深遺憾。23年來的幾乎每一日，他都在對往事的追索中度過，自己有哪些事情沒有做好，自己當時應該怎麼做。
我們無法否認的是申時行一生最大的功績就是在萬曆十二年及時將帝國從關於張居正的一切爭論中拉了出來，避免更多的人事動盪，萬曆十二年皇帝精神煥發、神采**，但僅僅時隔兩年皇帝就發現自己想做的任何事情都做不了的時候，那個鼓滿氣的皮球立刻泄了氣。雖然申時行也不斷後悔未能讓皇帝成爲一個有爲的君主，但這是皇帝本身的問題，還有體制的問題，豈非申時行所能掌握。
儘管黃仁宇將申時行的不作爲解釋成時代的因素，儘管黃仁宇對申時行的尸位素餐一再進行辯護，但我們無法否認的是正是因爲申時行的無能，讓整個萬曆朝的第二個十年向更壞的方向滑去。他既不能力勸皇帝早立太子以安人心，也不能壓制羣臣還帝國一個朗朗乾坤，更不能爲皇帝選拔一批能用的人才。
我所說的這一切並非毫無根據，因爲在申時行之後，王錫爵的一封措辭激烈的奏疏竟能逼迫皇帝讓長子出閣讀書，後世的魏忠賢也能夠壓制羣臣，爲國家的利益考慮。這些飽學的大儒反而不如一個出身底層，沒受過教育的太監有大是大非觀念，儒家的桎梏在這裏又一次顯露無疑。
從這個角度出發，張驄的囂張或者張居正的跋扈，劉瑾的擅權抑或魏忠賢的獨裁，從根本上說不容於文官制度或者儒家憲法，但是卻有利於這個帝國。因此，用“失敗”一詞來對申時行進行總結，我認爲是恰當的。
