武德九年六月四日，即公元626年7月2日，秦王李世民向唐高祖李淵告發李建成和李元吉的陰謀。聽了李世民的的告密之後，李淵決定次日當面詢問李建成和李元吉兩人。當李建成獲知陰謀敗露之後，決定先進入皇宮，進而逼迫李淵表態。
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可是李建成沒想到，在他的背後有個人已經向他舉起了屠刀，“六月四日，公謹與長孫無忌等九人伏於玄武門以俟變。建成既死，敬德領七十騎躡踵繼至，元吉走馬東奔，左右射之墜馬。太宗所乘馬又逸於林下，橫被所繣，墜不能興。元吉遽來奪弓，垂欲相扼，敬德躍馬叱之，於是步走，欲歸武德殿，敬德奔逐射殺之。及斬建成、元吉，其黨來攻玄武門，兵鋒甚盛。公謹有勇力，獨閉門以拒之。以功累授左武候將軍，封定遠郡公，賜實封一千戶。”這就是歷史上赫赫有名的“玄武門之變”。
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玄武門之變的參與者有，李世民、長孫無忌、尉遲敬德、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗。注意，這裏面少了一個人，誰呢?秦叔寶!衆所周知，秦叔寶是李世民當年麾下排名第一的猛將，爲何他沒參加這場事關李世民生死的大事呢?
史籍《舊唐書》裏這樣評價秦叔寶，“(秦叔寶)隨李世民，討伐王世充、竇建德、劉黑闥，每戰身先鏖戰，前無堅對。每當對手陣營中有驍將銳士震爍出入以誇衆者，秦王則名叔寶往取之，躍馬挺槍刺於萬衆中，莫不如志。”秦叔寶如此勇猛，跟隨李世民東征西討，無往而不利，他沒理由不參加策劃“玄武門之變”，這顯然不合邏輯。
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關於秦叔寶爲何沒參加“玄武門之變”，史書中沒有記載，只知道事後秦叔寶獲得的封邑是七百戶，跟尉遲敬德的一千三百戶相比，可能用“可憐”兩字來形容。但是筆者認爲，“玄武門之變”從策劃到發生這段時間，一定是秦叔寶一生最爲糾結的時刻。秦叔寶本來不太支持殺掉太子，因此他不會動手，但他也深知自己是無法組織李世民的，因此左右爲難。
就在秦叔寶爲難的時刻，“玄武門之變”發生了，木已成舟。不過魏徵曾評價了秦叔寶在“玄武門之變”前表現反常的原因，“秦瓊是國之棟樑，是社稷之臣。是良臣而不是所謂的忠臣，他是忠於國家，忠於社稷，而不是忠於個人。”
