沙皇俄國自明朝萬曆年間越過烏拉爾山來到遠東，天啓年間已蠶食東西伯利亞，到1632 年俄軍已到達遠東濱海，昔日北元的貝加爾湖，尼布楚一帶已被殖民。 而1643年 清軍纔開始向黑龍江南岸探索，俄軍即在此時進入到外興安嶺，建城殖民。1644年，明朝滅亡，清軍入關。1646年俄軍殖民黑龍江北岸。
到雅克薩之戰爆發前，沙俄八十年間擴土萬里，佔據了北元貝加爾湖地區和黑龍江以北大片土地。此時清軍最北的軍事據點僅在吉林境內。順治年間，沙俄在遠東的土地上建立了大小十幾個據點，其中以尼布楚城最大，雅克薩城次之。康熙年間，尼布楚的俄軍就有三千人，雅克薩的俄軍近千人(第二次爲864人)，沙俄在遠東的總兵力接近六千。此時的中國，清朝在三百萬平方公里的東北地區駐紮的八旗軍總共不過5千餘人。
康熙爲了征討沙俄，纔開始擴充東北駐軍，戰前在東北地區集結了各族清軍一萬五千人，其中一萬二千軍隊分散在奉天，吉林北部和黑龍江以南作後勤及總預備隊，一則防止沙俄戰敗之後大舉增兵東來，二則以備戰勝後擴大戰果，三則以部分作永戍黑龍江之用。但在戰時，這些軍隊根本沒有跨進黑龍江北岸。
黑龍江江北地區雖人煙稀少，各族百姓兩次均積極的配合清軍作戰，當地後勤助戰的百姓累計肯定上萬，但都是次第輪換，最多的時候不過數千人而已，助戰的當地百姓均爲能騎善射的獵戶，有很強的戰鬥力，但並非中國的正規軍。
真正派去征討沙俄的清軍，第一次人數是三千人，其中福建藤牌兵六百人，水師陸軍火炮近百門，陸軍火繩槍50杆 。後來發現俄軍垃圾，不堪一擊，因此第二次兵員宿減，減爲兩千一百人，同時感受到俄式火器的犀利，因此爲助戰的邊疆百姓趕製配發了一批火繩槍，福建六百藤牌兵本屬綠營，後因軍功被擡入八旗漢軍驍騎營。
兩次雅克薩之戰，第一次俄軍共九百餘人，大炮四門，火繩槍四百餘杆，長矛六百餘杆，野戰中被殲滅了數百，最後守城的爲四百餘人。第二次俄軍八百六十四人，另有尼布楚援兵數百人。
清軍第一次攻打雅克薩，俄軍的哥薩克騎兵對抗滿蒙騎兵，幾回野戰俄軍都徹底失敗，光是俘虜就有兩百餘人，最後打得俄軍不敢出城。四百餘人固守城池，而在八旗漢軍大量的攻城重炮面前，雅克薩城只在短短的幾天時間內就輕易攻破，俄軍全體投降，俄軍主將發誓永不侵犯，清軍準其攜武器離去，同時拆除雅克薩城，之後撤防南歸，沒有留兵駐守。
第二次俄軍864人背信重來，攜帶火繩槍千餘杆，長矛斧戟八百餘杆，火炮10門，修建了更大的可以抵禦輕型火炮射擊的圓柱型城堡，繼續騷擾邊疆。清政府對此小股作戰的方式不厭其煩，決心此戰一定要一勞永逸，就是不單止要打怕你，還要打得你不敢再來。所以此戰的目的不是爲了單純的軍事勝利，還要逼沙俄政府和談。這次俄軍由於見識了上次清軍野戰的厲害，八百餘人堅守不出，清軍也秉承上意，不欲一下子殲滅這股俄軍，因此才選擇圍城不攻。
因爲如果殲滅了俄軍，沒有意義，他以後還會再來，而且不知道俄軍什麼時候會再來，也沒有其他方式去迫使俄國政府議和。圍城初始，沙俄政府不欲議和，還想頑抗到底，命令從尼布楚派軍增援，尼布楚派去六百援兵，野戰被清軍輕易擊敗，尼布楚再也不敢派兵過來。俄軍八百餘人就此困守，數次提出投降，清軍都不允許。直到俄國答應派遣使臣東來議和，清政府才答應俄國政府的請求，准許投降，撤圍放人，這時的俄軍只剩下68人。這是戰爭爲政治外交服務的一個具體的表現。
中俄雙方交戰人數，中國史書記載的一清二楚。俄軍戰敗，原先在這裏殖民數十年之久的土地被清軍佔據，在俄國史書上也是記載得清清楚楚，但俄國人認爲是中國侵略了俄國，霸佔了俄國的大片領土。俄方爲了遮羞，故而把清軍的數量無限誇大，有的人不動腦，有別意的照搬俄國史書，而不去看自己國家的史書，蓄意詆譭清朝時期的中國軍隊的戰鬥力，是出於無知呢，還是無恥呢?
雅克薩和尼布楚當時本就是無主之地，後者或算漠北蒙古之地，但漠北蒙古和漠南蒙古不同，當時只是如附屬國般臣服清朝，還沒有納入清朝版圖。反觀俄國佔據此處，建城殖民數十年之久，按照先佔先得的原則，滿清也只能用“自古以來”作幌子了。
雅克薩城看着雖小，但擁有該城的意義，更是輻射了黑龍江北部60萬平方公里的土地。雅克薩確實是清軍從俄國人手裏硬奪過來的，此戰的意義不單止奪了一城，還奪取了俄國殖民外東北幾十年60多萬平方公里的土地，劃分了中俄東段邊界，這到今天依然有意義。這已經是很了不起的勝利，後人還不知足麼?後人有這個本事麼?
老實說，俄國踏進這片土地確實遠比滿清早，俄國人在此不單止有軍隊，還有百姓，苦心經營數十年被清軍一舉佔據，俄國人耿耿於懷一直至今，我們認爲《尼布楚條約》是平等的，俄國人卻認爲1689年簽訂的《尼布楚條約》是大清帝國強加給俄國的不平等條約，大清帝國通過戰爭，使得俄國割讓了遠東大片土地，俄國後來通過“平等的條約”(指《北京條約》，因爲沒發生戰爭)把本屬於俄國的土地向中華帝國要回來，這是俄國的歷史書，以及教科書的觀點。
自於尼布楚地區呢，俄國已經應中國的要求派出使臣議和，而尼布楚城又還在俄國手裏，在人家手裏經營了幾十年，怎麼肯還回來?如果硬要，那就只有繼續打，但我們本身就是想與俄國確定邊界，一勞永逸。而且還有一個不可告人的目的，就是康熙對外蒙古的如意算盤。
蒙古三大部分，當年只有漠南蒙古納入清朝版圖，漠北蒙古只算臣服清朝，漠西蒙古則還以清朝爲敵。康熙的意圖是想利用俄國人在蒙古附近形成的威懾，一則使得外蒙古各部與羅剎周旋互相耗損，使得喀爾喀和俄國都不能危害漠南和中原，二則使得蒙古各部王公的危險和不安感大大增強，只會更加依賴清軍的保護，與清朝更加緊密，待到了適當的時機，更可以迫使外蒙古納入清朝版圖。
康熙這一政治意圖在數年後得以實現，隨着葛爾丹的東侵，以及外蒙古東邊沙俄的威懾，喀爾喀蒙古各部感覺腹背受敵，1691年，康熙帝兵臨漠北，舉行了多倫會盟，才正式把外蒙古併入清朝版圖，這時離《尼布楚條約》的簽訂僅隔三年。
這是一手很高明得連環策，滿清以他人手中的尼布楚一帶30萬平方公里的苦寒之地爲餌，最後“換得”的領土則是包括雅克薩爲據點的外東北(60萬)，外蒙古(150萬)和唐努烏梁海(30萬)在內的240多萬平方公里的土地。而且基本從此消除了北境蒙古的邊患。但卻爲170多年以後的子孫埋下了沙俄這個隱患。也算是一種利弊相隨吧。
