澶淵之盟固然值得稱道，在這次戰爭中，宋軍也給遼軍以有力的反擊，使遼朝統治者認識到宋軍和中原地區的人民是不可輕侮的。從此以後，契丹就不敢發動大規模的入侵。澶淵之盟後，宋遼邊境干戈寧息，貿易繁榮，人民生活安定。從積極抗敵到澶淵之盟，寇凖功冠朝臣，朝野上下有目共睹。但是有功之臣卻由此招來不測之禍。寇凖對北宋王朝功重如山，宋真宗對寇凖十分敬重，引起妥協派官僚的嫉恨。
王欽若這個曾被寇凖斥之爲“罪可斬首”的妥協派首領，對寇凖更是恨之入骨。一回到東宮，王欽若就開始對寇凖施展陰謀。在一次退朝之後，他乘機對真宗說：“陛下敬重寇凖，是因爲他對國家有功嗎?”宋真宗點頭肯定。王欽若說：“我想不到陛下竟有這樣的看法。澶淵之役，陛下不以爲恥，反而說寇凖有功。”宋真宗一愣，問他原故。王欽若說：“《春秋》—書都把城下之盟當作一種恥辱。澶淵之盟實際上是城下之盟，陛下不以爲恥嗎?”王欽若見宋真宗不高興，接着說：“陛下聽說過賭博吧。那些賭徒在錢快要輸完時，就盡其所有押了上去，輸贏在此一着，這就叫‘孤注一擲’。陛下在澶州時不過是寇凖的‘孤注’罷了，真是危險啊!”這話讓真宗聽進去了。從此，宋真宗對寇凖就冷淡起來。
寇凖做宰相，選拔人才不講門第，喜歡進用出身貧寒而有真才的人。御史臺是專門批評朝政得失的機構，每當御史臺官員有缺額時，他就讓平時具有批評精神的人去擔任。這樣一來，他就更成爲王欽若等人的眼中釘。在王欽若一夥不斷的攻擊下，景德三年(公元1006年)二月，寇凖被免去相職，到陝州去做知州。寇凖離開東京後，在河南、陝西等地作了多年的地方官。
丁謂與王欽若一樣，都是善於奉迎之人，爲了博得宋真宗的歡心與信任，丁謂他們大搞迷信活動，以僞造“天書”，編造祥異，來粉飾太平，迷惑視聽。宋真宗晚年臥病不起，越發迷信和糊塗，對丁謂簡直到了言聽計從的地步。
天禧三年(公元1019年)，朝廷形勢發生了變化，王欽若因事罷相，有人推舉寇凖回朝，丁謂也主動邀請寇凖回朝再當宰相。丁謂此舉別有一番用心。當時，無論從資歷還是從聲望上講，丁謂實在不夠宰相的資格，因而他請寇凖回朝爲相，以便假借寇凖的資望爲自己的權勢服務。這一點，局外人是清楚的。寇凖的一個門生就曾十分懇切地對寇凖說，稱病不去爲上策，而“再入中書”當宰相爲下策。然而寇凖不聽勸阻，終於在六月間赴京上任了。
丁謂對寇凖先後施展了兩套陰謀。起初他一心想把寇凖拉爲同黨。在一次宴會上，寇凖的鬍鬚沾了些菜湯，丁謂馬上起身爲寇凖擦須。寇凖不但不領情，反而當場譏諷丁謂有失大臣之體。丁謂惱羞成怒，發誓要報復寇凖。
宋真宗得風溼病後，劉皇后參預朝政，凡事皆問丁謂。寇凖等元老重臣都上奏，建議應選擇正大光明的大臣來輔佐太子監國。寇凖還特別指出：“丁謂、錢惟演是奸佞之人，不能輔佐少主。”其實是在反對劉皇后干政，反對丁謂專權。病中的宋真宗也意識到丁謂專權的嚴重局勢，批准了寇凖等人的上奏。寇凖讓知制誥楊億祕密起草太子監國的詔旨，並且準備與楊億一起輔政。
劉皇后因爲孃家的人仗勢犯法，寇凖認爲必須按國法處置之事，與寇凖結下怨仇。不料，寇凖與楊億密謀由太子監國一事，被楊億的妻弟張演酒後泄漏，劉皇后先下手爲強，罷寇凖相位，改封爲太子太傅。正在此時，仇恨丁謂的太監周懷政聯絡同黨，企圖斬殺丁謂，復相寇凖，尊宋真宗爲太上皇，擁立皇太子即位。這件事被客省使楊崇勳出賣，丁謂連夜化裝乘牛車到同黨那裏商量對策。隨即派兵包圍周懷政的住處。周懷政被捕後自殺。丁謂想乘機告寇凖參與密謀。寇凖雖沒被問成死罪，卻再次罷相，被逐出京城。
寇凖遭貶，據說是丁謂等揹着宋真宗乾的。《宋史·寇凖傳》記載，寇凖被貶，真宗臥病不知，問左右的人爲什麼多日沒見寇凖，左右臣僚都不敢回答實情。寇凖離開京城那天，大臣們由於害怕丁謂，都不敢去送行，只有王曙以“朋友之義”爲寇凖餞行。參知政事李迪十分憤懣，公然宣佈自己與丁謂不共戴天，甚至持手板擊打丁謂。李迪面奏皇帝痛斥丁謂之奸邪，力訴寇凖之蒙冤。
寇凖再次罷相後，丁謂當了宰相，將寇凖一貶再貶。乾興元年(公元1022年)，寇凖含冤離開道州，去南海雷州赴任。到任後，連個像樣的住房也沒有。當地官員、百姓素來仰慕寇凖的爲人，主動替他蓋房，安排寓所。他在任上，除少數政務外，主要是讀經釋書，閒暇時寫字、會友，每逢客至，則笑臉相迎，毫無權貴大官的樣子。
在雷州時，寇凖指導當地居民學習中州音;傳授農業技術、興修水利，開渠引水灌溉良田;向羣衆解說天文地理，力避邪說;同時還修建真武堂，收徒習文學藝，傳播中原文化，對雷州文明發展起到促進作用。
天聖元年(公元1023年)，寇凖在雷州任所憂病交加，臥倒在牀。此時，他以《病中詩》爲題，賦詩一首：“多病將經年，逢迎故不能。書惟看藥錄，客只待醫僧。壯志銷如雪，幽懷冷似冰。郡齋風雨後，無睡對青燈。”
天聖元年九月，寇凖病故於雷州竹榻之上，妻子宋氏奏乞歸葬故里，宋仁宗准奏。但因費用有限，靈柩運至中途，錢已用完，只得寄埋洛陽鞏縣。明道二年(公元1033年)十一月，宋仁宗恢復寇凖太子太傅、萊國公，贈中書令，諡號“忠愍”，並歸葬下邽。。皇祐元年(公元1049年)，宋仁宗又令翰林學士孫抃爲寇凖撰寫了《萊國寇忠愍公旌忠之碑》，併爲碑首御書“旌忠”二字。
