何妥的父親何細胡因經商進入西蜀，於是就在郫縣安家，侍奉樑朝武陵王蕭紀，主管金帛交易，因而成爲鉅富，號稱“西州大賈”。
何妥小時就機警聰敏。八歲時遊國子學，助教顧良對他開玩笑說：“你既然姓何，不知是‘荷葉’之‘荷’?還是‘河水’之‘河’?”何妥應聲說道：“光生姓顧，不知是‘眷顧’之‘顧’，還是‘新故’之‘故’?”衆人都爲他的靈活機變感到詫異。
十七歲時，何妥因靈巧機敏侍奉湘東王蕭繹。
後來，蕭繹知道他聰敏，又召爲誦書，侍奉於左右。
名聞當世
當時蘭陵人蕭翽也有雋才，住在青楊巷;何妥住在白楊頭。人們因此就說：“當今世上有倆雋才：一個是白楊頭何妥，一個是青楊巷蕭翽。”他就是如此受到世人讚譽。
江陵淪陷後，周武帝特別器重他，命他爲太學博士。後周宣帝繼位，打算同時冊封五個后妃，以此徵求儒生辛彥之的意見。
辛彥之回答道：“皇后和天子同是尊貴之軀，不可同時立五個。”何妥駁斥說：“上古帝嚳有四個妃子，舜也有兩個。后妃哪有什麼定數呢?”因此，何妥被封爲襄城縣伯。
開皇元年(581年)，隋文帝篡周建隋，何妥被授予國子博士，兼通直散騎常侍，晉爵爲公。
評議人物
何妥生性急躁，也頗具口才，喜歡評議人物。當時，納言蘇威曾對隋文帝說：“我的先父常常告誡我說，只要通讀《孝經》一卷，就足以立身治國，何必多學!”隋文帝覺得他說得在理。何妥爲此向隋文帝進言道：“蘇威所學，不只《孝經》一卷。他的先父倘若確實說過這話，那麼，蘇威就沒有聽從父訓，這說明他不孝順;假如他父親根本沒有說過這番話，那麼，他就是公然在皇上面前說謊話，這說明他不忠誠。既不忠，又不孝，這種人怎麼能侍奉皇上?況且孔子曾經說過：‘不讀《詩經》，就無話可講;不讀《禮記》，就不能立身行事。’蘇綽教子怎麼竟然違反聖人的訓導呢?”蘇威當時身兼五職，隋文帝十分親近、器重他。何妥因此對隋文帝說，蘇威不可信任。又因爲主管天文、律度的都不稱職，何妥又提出八件事向隋文帝奏道：其一，我聽說善於識別人才的就是賢哲，一國之君要做到這點就更加困難。孔子說：“正直的人放在邪惡的人上面，百姓就會信服;反之，把邪惡的人放在正直的人上面，百姓就不會信服。”由此看來，政治安定，必須慎重地選拔、使用人才。所以，推薦賢才的受重賞，埋沒賢才的應殺戮。看看現在的用人情況，確實不同此，不管是奸佞還是正直，也不管是賢能還是愚笨，他們對於想要推崇的人，一啓用就委以重任;對於想要壓抑排擠的人，就叫他到老也只能做個郎官這樣的小官。人們不能心服，實在是因此而造成的呀。我聽說在朝廷上授予爵位，是希望大家都獎賞他;在大街殺人，是希望人們都能唾棄他。我看皇上十分關注訴訟案件，愛民如子，每次處理案件，無不親自徵求大家的意見，不濫用刑法，這是皇上的聖明之處啊!對待訴訟案件能如此，授人爵位也應該如此。如果您心裏記着誰有什麼豐功偉績，就可以提拔、重用。從這以下，如要選拔重要官員，必須廣泛徵求大家的意見，不應該偏信某一個人的推舉。那麼，在上者不徇私，在下者無報怨。其二，孔子說：‘經常審查朋黨，那麼，罪人就無人袒護了。’孔子又說：‘君子講團結而不互相勾結，小人互相勾結卻不講團結。’這裏所所說的勾結，就是結黨營私。他們對心裏所喜歡的人，即使他已經榮華富貴，仍然加以提挈;對心裏所厭惡的人，即使他已經處於卑微、屈辱的境地，也要拼命加以詆譭。那些小人一旦被提拔重用，必定相互勾結、袒護，那麼，欺君之心頓生;而那些官卑職小的人既然身受屈辱，就必然會生怨氣，怨言自然就產生了。誠望您能廣泛查訪，不要使小人結黨營私成爲一種風氣，應親自施以恩威。國家的憂患，沒有比這更大的了。其三，我聽說舜曾舉薦十六個人，即所謂‘八元’、‘八愷’。我想他的賢明，要比今天的人高，但舜仍然擇才而用，不致混亂，才使國家四境安定，各種事功都作得好。而今官職極多，但用的人卻很少，有人身兼數職。是國家缺少人才?還是人才都不行?如此大國，有才能的人確實不少，可是，他們縱使有才能，也缺乏仕進的機會。東方朔曾說：‘器重，他會成爲將帥;鄙棄，他就只能成爲奴隸。’的確如此啊。現在的一些官員，不考慮自己的德行和才能，既沒有呂望、傅說的才能，卻自負有傅巖、滋水的傲氣，不考慮責任重大，而只怕管的事不多，安於寵幸，玩忽職守，終致失敗，實在是上述原因所造成的。《易經》說：‘鼎的腳一旦折斷，裏面的食物就會傾出，那情形一定狼藉不堪。’這就是說，那些腳本來就不勝重任。我聽說需要竭盡全力才能舉重的人，不能委以重任。我懇請您另選賢良，並依據各自的才能讓他們分管有關事務，使之各有餘力。誠如此，凡事就能獲得成功。其四，我聽說《禮記》上曾說：‘析言、破律、亂名、改作，搞旁門左道而擾亂政治者必須殺頭。’孔子說：‘沿襲舊的習慣、制度，何必改作。’我發現這麼多年來，改作的實在太多了。至如範威改作漏刻儀，十年也沒成功;趙翊改進尺秤，歷時七年才定下來;公孫濟研製醫方，迂腐荒誕，結果耗資鉅萬;徐道慶根本就不懂地理，白白地耗廢國家的俸祿;常明更改曆法，歷經數載;王渥更改官名與物名，曾使許多文物失去了標準和法度;張山居本來就不知道星位，此前在太常寺指手劃腳;曹魏祖也不知北斗，而今居然官居太史。他們這些人沒有誰不是憑藉可憐的迂見，妄自尊大，沽名釣譽，且相互詆譭、欺矇的。我請求從今以後，如有這類情況的，如其言得不到驗證，必須加以重罰，庶可使他們有所畏懼，不敢輕率地上奏簡章。“
結怨蘇威
當時蘇威權兼數司，而先前曾隱居武功縣，所以何妥說他自負有傅巖、滋水之氣，以此引起皇上注。何妥書上奏給隋文帝后，蘇威對他懷恨至極。
開皇十二年(593年)，蘇威定考文學，又與何妥互相詆譭、攻擊。
蘇威勃然大怒說：“沒有何妥，不必擔心無國子學博士!”何妥應聲說：“無蘇威，也不必擔心無人管理國家大事!”因此，何妥與蘇威有矛盾。
考定鐘律
之後，隋文帝命令何妥考定鐘律，何妥又上表奏道：”我聽說人世間光明，就會產生禮樂;地府幽冥，就會產生鬼神。那麼，能感動天地鬼神的，沒有什麼能和禮樂相比。我又聽說禮樂推行到一定程度，就會使人民無怨無爭，拱手之間天下即可安定，這就是禮樂產生的效應。我聽說，音樂有兩類：一類是奸聲，另一類是正聲。大凡奸聲動人，就讓人增長邪氣，邪氣進一步擴展，淫樂於是產生了。正聲動人，就會產生順氣，順氣進一步擴展，和樂於是產生了。所以好的音樂一旦風行，就會使倫理清白，耳目聰明，血氣和平，移風易俗，天下安寧。孔子說：‘拋棄鄭聲，疏遠奸人。’因而鄭、衛、宋、趙之聲一出現，對己則可以引發邪惡，對外則傷害他人。所以，宮調氾濫就會荒淫，他的國君也變得驕奢淫逸;商調氾濫就會產生邪惡，官員們也就貪贓枉法;角調氾濫就會產生憂患，百姓就會有怨憤之心;徵調氾濫就會產生哀怨之情，那麼國家必定會禍事蜂起;羽調一亂會出現危險，那麼國家一定財源匱乏。如果五調都亂了，那麼離國家滅亡的日子就不遠了。魏文侯問子夏說：‘我恭恭敬敬地聽古樂卻想睡覺，聽鄭國、衛國的音樂反而不知疲倦，這是爲什麼呢?’子夏回答說：‘一般說來，古樂以《文始》爲先，《大武》爲後，常聽古樂可以修養身心，治理家國，並使天下平均。鄭國、衛國的音樂，因爲是邪惡之聲，所以常常擾亂綱常，如果沉溺其中，不可自拔，就會混雜子女，不分父子。現今您所問的是樂，而所愛的是音。
樂與音固然相近，但不相同。作爲一國之君，要謹慎對待自己的好惡。’考究古人制定禮樂的動機，不只是讓人悅耳而已。旨在讓君臣在朝廷內同聽，那麼，君臣就沒有不和睦、親近的;在鄉里同聽，那麼，長幼就沒有不和順的;父子在家中同聽，那麼，就沒有不和睦親近的。這就是先王制定禮樂的道理啊!所以，只懂得聲色而不懂得音樂的，是禽獸;只瞭解音樂而不知道音樂的，是普通平民。所以，董鍾大呂、絃歌干鏚，童子都能跟着跳舞。真正通曉禮樂的只有君子!對於不通聲樂的，不可和他談禮樂;對於不懂音樂的，不可和他談禮樂。一個人如果通曉了音樂，就差不多達到最高境界了。商紂王爲政無道，太師抱上樂器投奔周文王。晉平公寡德，師曠因此特別珍惜音樂，不肯彈奏。上古的時候，沒有音樂，只會拍肚皮，以腳跺地，樂在其中。《易經》上說：‘先王制作禮樂，目的是爲了推崇道德，向天帝表明耿耿忠心，並同時祭祀祖宗。’至於黃帝作的《咸池》、顓頊作的《六莖》、帝嚳作的《五英》、堯作的《大章》、舜作的《大韶》、禹作的《大夏》、商湯作的《大護》、武王作的《大武》，從夏朝以來，因年代久遠，只留下名稱，樂聲聽不到了。從商代到周代，音樂集中在《詩經》中。所以，從聖賢以下，大多通曉音樂。譬如伏羲氏減瑟、周文王足琴、孔子擊磬、子路彈瑟、漢高祖擊築、漢元帝吹簫。漢高祖初年，叔孫通因襲秦人制定了漢代宗廟裏所使用的音樂。
迎神於廟門時，奏《嘉至》樂，如同古代迎神時所奏的音樂。皇帝進入宗廟，奏《永至》樂，以合行走時的節奏，如同古代的《採薺》、《肆夏》樂。乾豆上獻，奏登歌之樂，如同古代的清廟歌。奏完登歌樂，奏《休成》樂，以讚美鬼神之祭。皇帝在東廂坐定後，奏《永安》樂，以讚美禮儀的完備。《休成》、《永至》二曲，爲叔孫通所作。漢高祖廟奏的是《武德》、《文始》、《五行》舞樂。春秋時，陳國公子完投奔到齊國，陳國人是舜的後裔，因此，齊國也就有了韶樂。因此，孔子在齊國聽了韶樂後，竟覺得數月不知肉的滋味。秦始皇消滅齊國，得到齊國的韶樂。漢高祖繼而滅秦，韶樂於是傳到漢，只不過高祖將它改名爲《文始》，以顯示不因襲前人。《五行》舞本是周代《大武》樂，始皇改名爲《五行》。到漢孝文帝時，又製作春、夏、秋、冬四時舞樂，以顯示天下平安和順，四時風調雨順。孝景帝時依據《武德》舞創制《昭德》舞，孝宣帝又依據《昭德》舞創制《盛德》舞，雖然幾易其名，然而大多沿襲秦代。
到了魏、晉時期，所採用的都是古樂。魏初三朝皇帝都創制過樂辭。自從永嘉年間王室遷移，京城傾廢，樂聲傳到南方，因此，古樂大備於江南。宋、齊以來，及至樑代，所行禮樂之事，還是古樂。三雍、四始，當時的確盛行。等到侯景篡權反叛，樂師四處分散，其四舞、三調都流傳到北齊。北齊人雖然知道傳授，但得到後並沒有用在宗廟朝廷上。
我年輕時就愛好音律，留心於管絃。現在雖然年事已高，差不多都還記得。當東土平定，樂師返回家園，我前去進行查訪，果真說是樑人所教。現在《三調》、《四舞》都有一些能手，雖然他們不算很熟練，但也很有些雅聲。如果讓他們教習傳授，還可使古樂流傳。然後，將它們收集起來，摘其精要，根據發展情況加以增減，重新確定好的名稱。歌頌皇上的盛德，將雅正之風傳於後世，這難道不是很好的事情嗎?我謹抄錄三調、四舞的曲名，另製作一些其他的歌辭。其中有些聲曲流宕，不能用之於朝廷的，也一併附在後面。“奏表上給隋文帝后，隋文帝又命太常寺歸何妥管轄。於是作清、平、瑟三調聲，又作八佾及《革卑》、《鐸》、《巾》、《拂》四舞。在此之前，太常寺所流傳的宗廟雅樂，幾十年來只作大呂，廢棄了黃鐘。何妥又認爲這種做法違背了古人的初衷，於是上奏隋文帝請求再度使用黃鐘。隋文帝下詔命令衆臣討論，衆臣都同意這種做法。
恩遇日薄
不久，何妥的兒子何蔚做祕書郎，犯罪應當斬首，隋文帝同情他，減免了他的死罪。從此對何妥的恩遇日漸淡薄。
開皇六年(587年)，何妥出任龍州刺史。當時，常常有一些揹着書箱四處求學的人，何妥都親自給他們講學。他寫了《刺史箴》，雕刻在州門外。任刺史三年後，因病請求還京，隋文帝有詔同意。
後又主管學事。當時，隋文帝讓蘇夔在太常寺任職，參與商定鐘律。蘇夔提出了一些建議，朝中官員大都贊同，惟有何妥不贊同，常常揭蘇夔的短處。
隋文帝讓朝中官員再議，朝臣大都反對何妥。何妥又上密奏給隋文帝，指陳得失，大抵說的是時政得失，並指責當時的朋黨。於是，蘇威和吏部尚書盧愷、侍郎薛道衡等都因此獲罪。
後被任命爲伊州刺史，何妥沒去上任。不久，又被授爲國子祭酒。死於任上。諡號肅。
