雖然崇禎皇帝死了，但逃出京城的明朝皇族，很快就在南京建立了王朝。在將近40年中，先後歷經4年皇帝，隨着最後一位朱由榔的去世，這個王朝才徹底從歷史上得以終結。當時已處亂世之中，到處都是在打仗，爲此他的這個皇帝當的很辛苦、很狼狽，爲了躲避追兵不斷地逃亡。
雖然兩廣以及雲南等地尚未被清朝佔領，當地的總督、巡撫雖然擁戴這個皇帝，卻無力抵抗清軍，只能是爲永曆帝的逃亡，儘可能的提供一些方便而已。窮途末路之際，他只好逃到了緬甸，所幸被當地收留。這時候命倒是保住了，但生存就成了大問題，因爲他無錢無兵，追隨的臣子和家眷都是累贅。
寄人籬下的日子本就不好過，偏偏緬甸又發生了政變，新王登基後對永曆帝的態度，就明顯由友善轉爲敵視。很快新王就帶着軍隊把永曆帝一行包圍了，他的那些追隨者和下人都被殺得一乾二淨，只留下了他一家老小。轉年也就是1662年，吳三桂率領大軍壓境，目標就是永曆帝。
緬王當然不敢和吳三桂的大軍動手，當即就把軟禁起來的永曆帝，獻給了吳三桂。心緒難平的永曆帝，在見吳三桂之前，可以說是輾轉反側、一夜未眠。然而對方見到自己，神態卻相當的倨傲，只是很敷衍的長揖，根本沒有像君臣那樣的行跪拜之禮。
儘管知道自己身處險境，但永曆帝卻依然怒不可遏，他直直地看着吳三桂，連問三遍他到底是誰。吳三桂見遮掩不過，只好道出自己的姓名，一聽眼前這位就是放清軍入關的大漢奸，永曆帝生氣地問，你難道不是漢人嗎?你是怎麼做大明臣子的?你這麼做有沒有良心?
聽到他接連問出的三句話，吳三桂啞口無言，當即癱軟在地，如同死人一般，後來在左右侍從的攙扶下，才退了出去。經此一事，吳三桂再也不敢與永曆帝見面了。得知亡國之君被押到了昆明，當地百姓紛紛奔走相告，大家爲皇帝落得如此下場而紛紛落淚。
按原計劃本應將永曆帝押解回京，然而這時候吳三桂卻唯恐生變，於是就向清朝皇帝建議，不如就在當地處決爲好。在得到清朝皇帝同意後，吳三桂作出了將永曆帝斬首的決定，但對他的這個想法，麾下的滿族將領卻認爲不妥，這對於一個皇帝來說太不尊重了。爲此先用絞刑，其後火化，至此明朝正式滅亡。
