王莽的主力已經給消滅了，主要的地盤只剩下長安和洛陽兩個大城。弘農(在今河南)郡長官王憲乾脆投降了漢軍，不少豪強大族也跟着王憲去打長安。他們在城裏城外到處放火。王莽穿着禮服，拿着一把短刀，坐在前殿，死守着六十萬斤黃金和別的珍寶。
第二天，火燒到前殿來了。大臣們扶着王莽躲到太液池裏的漸臺。太陽下山時，起義軍打進了漸臺，把王莽殺了。王憲找到了玉璽，穿上王莽穿過的龍袍，戴上王莽戴過的冠冕，做起皇帝來了。
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劉玄派來的人收了玉璽，把王憲拿來辦罪。劉玄最不放心的是劉秀。他先想個法子叫他帶人到洛陽去修宮殿，以備遷都;後來又支使他以大司馬的身份代表劉玄去安撫河北的各路人馬。劉秀到了河北，那裏的算命先生王郎自封皇帝，被劉秀滅了。劉秀在河北吃了很多苦，有時連一口飯都吃不上。他聯合反王郎的武裝，又打敗了另一支銅馬起義軍，把自己的軍隊擴充到幾十萬人。
這時，全國各地起義軍和豪強武裝自封皇帝的不少。其中，最主要的皇帝有：漢軍的劉玄;赤眉軍的領袖樊崇立漢宗室的一個十五歲的放牛娃劉盆子爲帝;還有在成都的公孫述。劉秀有兩個心腹;一個叫馮異，原是王莽手下的一名將軍，後歸附了劉秀，他在行軍休息時總是一個人坐在大樹下，所以人稱“大樹將軍”;另一個是劉秀念太學時的同學鄧禹。這兩個人都叫劉秀自立爲皇帝，統一天下。於是，公元25年，三十一歲的劉秀登基了，就是東漢的漢光武皇帝。
漢光武派“大樹將軍”馮異去打洛陽的漢軍;另分三萬人馬給鄧禹去打赤眉軍。可是鄧禹帶了三萬人馬卻不去打長安。他先打上郡等三個郡，去弄牲口、糧草;讓長安的劉玄和赤眉火拼後，再去消滅這兩支起義軍。劉秀平定了燕、趙就回過頭來攻打洛陽。他打了幾個月也沒有攻下。
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這時，赤眉軍打着漢天子劉盆子的旗號，來征伐劉玄，打進了長安城。劉玄帶着妻子和宮女們從北門逃出去了。赤眉軍傳令劉玄趕快投降。劉玄只得向劉盆子奉上了玉璽，劉盆子封他爲長沙王。劉玄完蛋後，劉秀就勸降了洛陽的漢軍。從此，他就把洛陽作爲京都(洛陽在長安東邊，所以後漢也叫東漢)。
赤眉軍在長安城裏把糧食吃光了。樊崇只得帶着幾十萬大軍向西流亡，不料碰到了暴風雪，凍死了不少人馬。萬不得已，他再折回長安時，鄧禹的兵馬已經進了長安。鄧禹立刻發兵去攻打，想不到打了個敗仗，連長安也丟了。漢光武帝劉秀連忙派馮異帶着一隊兵馬去代替鄧禹，並囑咐馮異說：“長安一帶老百姓已經窮到了極點，將軍這次去征伐，要是赤眉肯投降，就讓士兵都回家去種地，最要緊的是安定人心，不要隨便殺人。”
馮異帶着軍隊去了。漢光武帝又給鄧禹下詔書說：“千萬別死拼。赤眉沒有糧食，一定會到東邊來的。你趕快回來。”
馮異到了長安，把人馬埋伏好，就向赤眉軍下戰書。赤眉軍一上陣就中了埋伏，拼死拼活打了一天，死傷了一大半。馮異讓一些士兵也在眉毛上塗上紅顏色，打扮成赤眉的士兵，混進赤眉的隊伍。赤眉軍正進退兩難，馮異叫將士們大叫大喊：“趕快投降!投降不殺!”
赤眉軍一下子軍心大亂，被解除了武裝。
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剩下的十幾萬赤眉軍由樊崇帶着，向東開走了。漢光武帝率領大軍佈置好埋伏，等赤眉軍一過來，就把他們團團圍住。樊崇沒法走脫，派人向漢光武帝求和。漢光武帝下令讓他們投降，樊崇就帶着劉盆子去見漢光武帝，乖乖投降了。
漢光武帝吩咐趕緊做飯、做菜，讓十多萬赤眉兵吃一頓好的。接着，漢光武帝把樊崇他們帶到了洛陽，送他們田地房屋，給他們官做。但沒到幾個月工夫，就拿謀反的罪名把他們殺了。
推翻新朝的綠林、赤眉這兩支最大的農民起義軍，到這時候，都給漢光武帝消滅了。
