慈禧一直在臨死前，腦子都十分清楚，這個《清史稿》有記載，《慈禧光緒病逝記實》也有記載，當慈禧安排溥儀進宮之時，她就知道光緒已經不可能復出了，因爲她已經決定了痛下毒手。所以慈禧毒殺光緒，不可能是在神智昏亂情況下做出的，毒殺光緒，是她經過深思熟慮過的決定。
慈禧毒殺光緒，應該出自於以下理由：
(1)身後不留仇敵
慈禧手段的毒辣，這個不需要浪費文字舉證、說明，因爲這個人人都相信。以慈禧狠毒霸道的心性，如果她確信光緒對自己十分仇視，那麼僅這一條就足夠讓她在臨死前動殺心了。而光緒恨不恨慈禧，幾乎不需要思考就能回答。
慈禧發動政變，中止了光緒寄予厚望的維新變法，並將光緒帝幽禁起來，這一幽禁就是十年，這十年，不論是在肉體上還是在精神上的折磨，對光緒都是刻骨難忘的，何況在這十年之中，慈禧並不是讓他安安寧寧的在幽禁之處消磨時間，慈禧有的是折磨光緒的辦法。送給光緒的飯菜多是發餿的，瀛臺的窗戶紙是爛的，連光緒蓋的被子也破舊污髒。《述庵祕錄》上說在光緒去世後，“有人見其病室中陳列極陋，睡—大牀，安段北京泥土火爐，裱糊之壁紙破裂黴爛，蓋下等百姓家所居也。”光緒還要時不時地被慈禧叫去訓斥，尤其在慈禧看戲時，她要叫光緒坐在她的旁邊，一邊看着戲，慈禧一邊拿戲上的人物指桑罵槐，說那個忤逆不孝，應該遭受怎樣的折磨，如此等等。
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在幽禁之中，光緒曾被慈禧一掌打落了牙齒(見本書第四章第二節的引文)，光緒在瀛臺不能出來，無法與外面聯繫，慈禧又不許別人去看他，光緒鬱悶難遣，就設法用紙條和弟弟載灃交談，但慈禧連這個也不允許，《述庵祕錄》對此有記載：
光緒既被西后之虐禁。不得與臣工交語，其近支土公，亦無敢私謁者。帝乃久喑思語，祕置一小箱於南書房中，私與其弟醇王書，令彼此以書面交換。通信鑰匙，則二人各一。外人不得開之。其書面大抵言外間瑣屑事。以此筆談而已。此事後亦爲西后所知，怒而禁止。此後並此筆談之自由，亦剝削矣。
對光緒本人虐待，那還不夠，狠毒的慈禧還要整死光緒最心愛的珍妃，害死珍妃，是慈禧所做的最令人痛恨的事情之一。
光緒皇帝有一後二妃，即隆裕皇后，瑾妃、珍妃。隆裕是慈禧的親侄女，而瑾妃、珍妃倆是同胞姐妹。在這一後二妃中，光緒最爲寵愛的是珍妃，珍妃不但長得漂亮，而且性情活潑，興趣廣泛，她喜歡玩，在宮中時而扮成宮女，時而扮成少年，光緒忙碌的時候，她還能協助光緒處理政務。但她的脾氣耿直、性格倔強，因看不慣慈禧的所做所爲，偶爾有頂撞的言行。慈禧也看不慣珍妃的活潑好動，另外，光緒不怎麼愛慈禧的侄女，鍾情於珍妃一人，這也讓慈禧非常不滿，慈禧在戊戌政變幽禁了光緒之後，對珍妃也施以杖責，並撤去簪環，將她幽禁在偏僻的鐘粹宮後北三所，下令永不許她再見光緒。但最殘忍的是，在八國聯軍進京，慈禧行將西逃時，竟不許珍妃隨行，下令要她跳井殉國。
關於慈禧逼死珍妃，各種記載極多，幾乎各種記載都認定是慈禧下令害死珍妃的。《述庵祕錄》對此事的記載是：
及拳匪事起，七月念夜召見軍機畢，兩宮暨后妃易微服將行，慈禧謂珍妃曰：“予將帥爾行，拳匪如蟻，土匪漸起，爾年尚韶稚，倘遭污，莫如死。”時宮中擾攘，內監總管崔某，邃牽珍妃氈裹推諸井。
除此之外，《清稗類鈔》中也有珍妃被慈禧賜死的記載。解放後，《故宮週刊》還曾採訪過親眼目睹珍妃被害的太監唐冠卿，唐冠卿也力證是慈禧下令害死了珍妃，執行這個命令的是太監崔玉貴。崔玉貴清亡後，也坦然承認是自己奉慈禧之命推珍妃下井的，他還說：
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我不會忘掉那一段事，那是我經歷的最慘的最慘的一段往事。回想過去，很佩服二十五歲的珍妃，說出話來比刀子還鋒利，死在臨頭，一點也不打顫，我罪不該死!皇上沒讓我死!你們愛跑不逃跑，但皇上不應逃跑!這三句話多在理，咽得老太后一句話也回答不上來，只能耍蠻，在冷宮裏呆了三年，能說出這樣的話，真是了不起。(出自《宮女談往錄》)
崔玉貴覺得珍妃了不起，光緒自然更覺得她如珍如寶，對她的摯愛難以用言語來形容。
光緒或許能原諒慈禧對自己的十年幽禁，畢竟慈禧作過他名義上的娘，在宮中養大了他，並將他扶上皇位，這些對他的“好處”就和十年的幽禁相抵消，但光緒絕對無法原諒慈禧害死自己心愛的女人。即便是一個普遍男人，在無力保護自己的女人，而讓她遭遇橫禍時，也是痛心疾首肝腸寸斷的，而光緒作爲帝王，大清的皇帝，卻無法保護自己的女人，恐怕此後每想起此事，光緒的心都在滴血，要說光緒不恨慈禧，天下真的不會有人相信。
珍妃被害時，年僅24歲，正是如花似玉的年齡，卻命喪慈禧毒婦之手。在光緒得知珍妃被害時，“悲憤之極，至於戰慄”(黃鴻壽：《清史紀事本末》，第67卷)，“懸妃之舊帳於密室，不時徘徊帳前，飲泣而已。”(王樹??《德宗遺事》)這是任何一個正常男人都會有的反映，而對慈禧的仇恨，從此刻起，便永世也不會磨滅。
童年、少年時對光緒的嚴酷和不近人情，戊戌政變對光緒的幽禁，西狩前對珍妃的殘害，迴鑾後仍將光緒羈押在瀛臺。凡此種種，光緒怎能不恨她，光緒對她恨得深、恨得持久，恨得咬牙切齒永世難忘，這樣纔是正常的，而光緒不恨她，在她稍微示以寬鬆親善，就把一切的深仇大恨都忘了，這纔是不正常的。
不過光緒雖恨慈禧，以光緒磊落的個性，正派的爲人，絕不會在慈禧死後對她進行污衊侮辱，更不會剖棺戮屍，究竟他們自間還有那一層母子名分。但慈禧是個惡毒婦人，自然以她的心腸來衡量別人，她自己幹過剖棺戮屍的惡行，怎能不提防別人也這樣子來整自己呢。
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2)殺心早萌，殺機常在
戊戌政變之後，慈禧就明白，僅僅這個政變，光緒與她之間就沒有了重新和好的可能，所以從那時起，慈禧就一直謀劃着廢黜光緒，這個計劃因種種原因未能實施，慈禧只好先維持現狀，之所以維持現狀，是因爲慈禧確信，只要自己活着，光緒就翻不過她的手心，所以她也不急，可以慢慢再想辦法、再等機會。當庚子年八國聯軍進逼北京，清兵屢戰屢敗無力阻止洋兵，慈禧感覺走頭無路，準備自殺時，她就決定不能讓光緒活在世上。此事《景善日記》有記載，其內容如下：
七月十八日，洋人愈逼愈近。裕祿之兵在北倉楊村蔡村等地，大敗三次，裕祿逃入一棺材店，繼而自殺。李秉衡於十四日到河西，務用盡心力，以收集軍隊。而張春發、陳澤霖二人均不願戰，李遂仰藥以死。榮祿入宮，報此消息於太后，君臣相對而泣，皆諸王公及拳匪所釀之禍，使吾國家至於此也。榮祿乃極聰明之人，自此並不表曝己之先見。老佛(即指慈禧)言：出走不如殉國，並令皇帝亦殉之。
再說袁世凱。不管是醇親王府還是溥儀，一致認定仇人是袁世凱，但宮廷有定製，誰開的藥，必須親自嘗。孫耀庭老先生說，這叫“豬替羊死”，是跑不了的流程。袁世凱想害光緒，基本上不可能。
