瑪雅文明的消亡之所以如此驚人，不僅因爲規模巨大，還因爲在數十年的研究之後，考古學家仍然不清楚導致該文明衰退的原因。就像羅馬帝國一樣，導致瑪雅文明衰亡的，可能不止一個原因。但瑪雅衰退時期的自然氣候條件讓有些研究人員認爲，瑪雅文明的衰落是一次大饑荒的結果——這場饑荒的規模如此之大，足以在短時間內讓城市接二連三地陷落。人們對瑪雅的消亡之謎有多種解釋。最常見的有外族入侵、內戰、貿易路線被切斷等，但在上世紀90年代早期、科學家首次整理出中美洲古代氣象記錄之後，有一個理論開始一枝獨秀起來：瑪雅文明是被一段時間的嚴重氣候變化所摧毀的。
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在瑪雅文明開始衰退的前一個世紀，即所謂的古典時期(公元250年至800年)，該文明還十分興旺發達。城市發展處於全盛時期，莊稼收成也很喜人。氣候記錄(大部分得自於對洞穴形態的分析)顯示，在這一時期中，瑪雅地區的降水量相對較高。但同一份記錄還顯示，從公元820年左右，在連續95年的時間裏，該地區開始經歷斷斷續續的乾旱，有些地方的乾旱甚至持續了數十年之久。
發現這些乾旱之後，研究人員注意到，乾旱發生的時間和瑪雅文明開始衰退的時間之間存在很高的相關性：大多數古典時期的瑪雅城市都是在公元850年到925年之間衰落的，和乾旱發生的一個世紀高度重合。光是相關性並不能說明一切，但乾旱的時間和瑪雅文明開始走下坡路的時間是如此一致，使得許多專家認爲9世紀的氣候變化或許正是瑪雅文明消亡的原因。不過，雖然這個說法很誘人，有一點卻難以自圓其說。雖然在乾旱發生期間，大多數瑪雅城市都走向了衰落，但仍有部分城市得以倖存。
在9世紀衰退的瑪雅城市大多分佈在該地區南部，也就是今天的危地馬拉和伯利茲地區。但在北部的尤卡坦半島，瑪雅文明不僅挺過了這次乾旱，甚至還一度復興起來。在南方的瑪雅文明開始分崩離析的同時，北方不僅享受着相對的繁榮，還出現了許多發達的新城市中心，包括瑪雅最出色的城市之一，奇琴伊察(Chichen Itza，世界“新七大奇蹟”之一)。北部瑪雅文明的復甦也因而與乾旱之說相悖：有批評家指出，如果氣候變化導致南部文明一蹶不振的話，北部文明爲什麼沒有遭到這一厄運呢?
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研究人員爲這一疑問提出了各種各樣的解釋，但到目前爲止，還沒有哪種理論脫穎而出。不過，近期的一項發現似乎讓我們離答案更近了一些。“我們知道，在9世紀遭遇乾旱之前，瑪雅地區已經開始戰火連發，社會和政治也出現了不穩定因素。“去年12月氣候分析的共同帶頭人、美國貝勒大學瓦柯分校的朱莉?霍加斯(Julie Hoggarth)說道。
城市內部的衝突也很容易破壞當地的文明，可能正是瑪雅人的內戰導致了自己分崩離析。但乾旱的問題仍然沒有解決，而且乾旱和衰退的時間是那麼巧合。或許答案是兩者兼而有之：食物儲量在旱災期間大大減少，因此對資源的競爭可能進一步加劇，最終到達了矛盾的頂點，導致瑪雅文明徹底土崩瓦解，再無轉圜之地。但還有另一種解釋認爲，瑪雅的衰落與戰爭無關。導致瑪雅消亡的也許並不是他們自身的陰暗面，而恰恰是他們的才幹。因爲雖然瑪雅人以卓越的工藝聞名於世，他們對環境的破壞也是不容忽視的。
爲了獲得足夠的食物、養活上百萬人口，瑪雅人挖掘了龐大的運河系統，有些甚至寬達數百米，方便他們灌溉和擡高貧瘠的溼地(溼地覆蓋了瑪雅核心地帶的大部分地區)，打造出新的耕地(有些考古學家將它們稱爲“漂浮的花園”)。瑪雅人還清除了大片大片的森林，既爲了種植農作物，又爲了騰出地方、建造新的城市。
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有些學者認爲，瑪雅人對環境進行的精妙操縱，或許恰恰加劇了自然氣候變化的影響，從而在他們的衰亡中助了一臂之力。例如，一些人認爲瑪雅人去林還耕的舉動也許加劇了當地的水分蒸發，因此進一步增加了乾旱期間的農產品損失。不過這個原因——或這“些”原因——是什麼，至於剩下的瑪雅人在衰落後面臨了怎樣的命運，我們還是知道一些情況的。從公元1050年左右起，瑪雅人開始踏上流亡之路。他們拋棄了祖先繁衍生息的內陸地區，開始朝加勒比海、或者其它水源進發，如之前在瑪雅大地上製造了點點綠意的湖泊和落水洞等。
