1262年，色目人阿合馬借兼諸路都轉運使的機會，大肆在任職地推廣他的“高利貸業務”因此，他所任區域內的收稅效率比別的地區都高。當時，忽必烈正在爲南征南宋的經費發愁，阿合馬的出現無異於雪中送炭。於是，阿合馬的官位也得以一路高升，到1267年，元朝的財政權和人事權幾乎被他一人抓在手裏。
忽必烈平定東南地區後，阿合馬奏請在當地大設轉運司，用以收取商品過路費。大批錢財滾滾而來，東南商品經濟卻遭到了前所未有的打擊，可此時的忽必烈已經被阿合馬哄得心花怒放，甚至宣稱他是百官之首。有皇帝撐腰，阿合馬有恃無恐，開始大肆排斥異己，尤其是那些有戰功的蒙古老臣。
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阿合馬的專權，在朝堂上下早就引起了公憤。本來元朝在平定南宋期間，漢臣漢將與蒙古族勳貴之間的關係就一度緊張。阿合馬仗着忽必烈的寵信，把兩邊都得罪了，這麼一來，他離末日也就不遠了。
1282年三月，益都千戶王著與一僧人合謀，謊稱爲真金太子做佛事潛入大都，又假以真金太子之名，詔令樞密副使出兵相助。接着，王著以真金太子隨從的身份覲見阿合馬，謊稱真金太子要見他，阿合馬果然上當，被騙出宮來，王著手持大錘，當場殺死阿合馬，並高喊“爲天下除此賊”。事後，王著主動投案自首。
忽必烈知道此事後極其震怒，下令御史中丞和禮霍孫嚴查。和禮霍孫辦事效率很高，幾天就定了案，說是漢人惱恨阿合馬加稅，因此殺他泄憤。忽必烈一開始非常痛惜，不忍心查辦阿合馬，但蒙古勳貴紛紛附議，歷數阿合馬之罪狀，衆議洶洶之下，忽必烈只好下令徹查阿合馬。
結果讓人瞠目結舌，阿合馬除擁有大筆金銀外，僅小妾就有五百人。更讓忽必烈惱火的是，在阿合馬家裏還搜出一張人皮，其小妾招供說是阿合馬每天做詛咒用的。忽必烈認爲阿合馬是在詛咒自己早死，頓時勃然大怒，接下來：阿合馬全家被抄，阿合馬的墳墓被掘，屍體被狼狗吃得只剩白骨。
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事情到此還沒結束，在真金太子的要求下，忽必烈徹查了阿合馬的同黨，一共714人，或免或貶。
後人多說是王著出於義憤，殺掉了阿合馬，事情並沒有這麼簡單。在整個審理過程中，和禮霍孫一直都是從速從嚴。按照王著等人的供詞，他們是冒用了真金太子的名義，假託真金太子的詔書調動軍隊，成功除掉了阿合馬。但問題是，阿合馬怎會如此輕易上當?而且蒙古大臣對阿合馬的死無不拍手稱快，在阿合馬死後短短几天，就有大量的奏摺揭發阿合馬的罪行。如果說之前沒有串通過，顯然難以讓人置信。
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因此，阿合馬的死，很可能是真金太子策劃的。因爲如果阿合馬繼續橫行，與真金太子繼續交惡，隨着忽必烈對阿合馬寵信的加深，真金太子的地位勢必會受到影響。因此先下手爲強，纔是最好的選擇。
但這場驚天動地的謀殺案並沒有改變元王朝的內外政策。阿合馬死後，財政收入銳減，忽必烈起用了阿合馬善於理財的同黨。真金太子覺得忽必烈不信任他，大受打擊。後來又因爲江南御史臺奏請忽必烈禁止後宮干政，忽必烈懷疑這份奏章是真金太子指使的，衝他發了一通邪火，真金太子竟然嚇得一病不起。1286年，這位懷有“行漢法”理想的太子逝世，元朝漢法派的勢力從此日漸式微。
