對於建文帝的生死，史學界始終都沒有明確的答案，因爲他在靖難之變後下落不明。《明史•恭閔帝本紀》：“宮中火起，帝不知所終。”谷應泰在他的《明史紀事本末》中說建文帝扮成和尚從南京皇宮密道逃出。《明史》：“先未至，傳言建文蹈海去，帝分遣內臣鄭和數輩浮海下西洋，至是疑始釋。”於是，建文帝下落之謎成爲歷史懸案。
建文帝到底是自焚還是出亡?這不僅是我們關心的問題，更是明成祖朱棣的心頭之患。
燕王朱棣的軍隊攻破了首都，但是卻沒找到皇帝，此時宮中大火，燕王朱棣派人找到了皇帝的屍體，硬要宮中太監指認這就是皇帝的，並以天子禮葬之。
宮廷起火的事情基本可以確定，極大概率是建文帝自己乾的，當然朱棣不能這麼說，逼死皇帝的鍋太大不能背，朱棣登位後在給朝鮮國王的詔書上這麼說：“不期建文爲權奸逼脅，闔宮自己焚燃。“意思就是：我本來是準備幫皇帝清除奸臣的，但是皇帝竟然被奸臣威逼脅迫了，被迫自己燒了皇宮。
朱棣的話連自己都心虛，雖然表面一定要說朱允炆死了，但是，從其事後的表現來看，可能他確實沒找到朱允炆的屍體，一直有極大的疑慮。
有傳聞說，建文帝流亡海外了，鄭和下西洋就是爲了找他的。
建文帝下落，和清代所謂“孝莊下嫁多爾袞”不一樣，後者基本屬於野史誤傳，可信度基本爲零。
那建文帝他到底去哪裏了呢?目前爲止有如下幾種說法：
一是建文帝確實被燒死了，找不到屍體是因爲都燒成灰了。
二是朱棣殺了建文帝，然後故意漏出一些破綻，讓大家以爲他逃走了，少了一個弒君的罪名。
三是建文帝沒有死了，流傳最廣的是他出家當和尚去了。
不過，民間本就多對建文報以同情，而明後期社會腐敗黑暗，很多人就借用建文帝沒死表示對現實的不滿，《劍橋中國明代史》說：“建文帝傳奇故事的流傳，反映了人們對建文帝及其所信奉的理想的同情”。
