朱允炆的下落，是歷史上最大的謎案之一，朱棣在奪權成功之後，一直在尋找朱允炆，但是卻活不見人死不見屍，也給後世留下了一個祕密。
明朝朱元璋死後，由其孫子朱允炆即位，朱允炆也就是後來的建文帝。朱允炆在位期間，重用文官，寬刑省獄，嚴懲宦官，實行了一些改革，同時也危及到了一些人的利益。建文元年，燕王朱棣以清君側的名義起兵，揮軍直逼宮禁，當朱棣攻入南京時，皇宮已經是一片大火，建文帝朱允炆也不知所蹤。
至今，建文帝的下落仍然是歷史上的一個懸案，有說朱允炆被葬身於大火之中，因爲當朱棣到達京都時，皇宮已是一片大火，而且朱允炆所使用的玉璽也不知所蹤。
《太宗實錄》卷九記載：“上(即明成祖朱棣)望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及。中使出其屍於火中，還白上，上哭曰：‘果然，若是癡耶!吾來爲扶翼不爲善，不意不諒而遽至此乎!’……壬申，備禮葬建文君，遣官致祭，輟朝三日。”朱棣在皇宮中找到的只是朱允炆和其皇后的屍體，早已經無法分別是不是朱允炆本人。
也有人說朱允炆早已經逃亡，朱棣在位期間，曾多次派人到民間暗訪，有傳言說朱允炆早已削髮爲僧，於是朱棣就向所有寺廟下令，將所有僧人名冊重新整理一遍。
關於建文帝朱允炆的傳言還有很多，有說朱允炆曾經到了雲貴地區，後來又輾轉到了南洋一帶，至今爲止，雲南大理還有人稱是建文帝的子孫。也有學者對此做過研究，不過在最終也沒有得出令人滿意且信服的答案，由此，建文帝在朱棣攻下南京後是死是活就成爲了歷史上的一個懸案。
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