東晉朝的崩潰，桓玄爲盟主的諸藩鎮，佔據建康以西的州郡，朝廷政令只能施行在東方的會稽、臨海、永嘉、東陽、新安、吳縣、吳興、義興八郡，一切殘酷的剝削自然也集中在八郡民衆的身上。司馬元顯爲防禦王恭等人的進攻，調東方諸郡“免奴爲客”人集合建康充當兵役，號稱“樂屬”。這又引起地主和佃客的怨恨。
東晉十六國五斗米道徒士族孫恩乘民心騷動，399年，從海島率徒黨百餘人攻破上虞縣，又攻破會稽郡，部衆驟增至數萬人。其餘七郡同時起事，攻殺晉官吏、響應孫恩，不到十天，孫恩有衆數十萬人。孫恩的徒黨號稱“長生人”，是一羣奉五斗米道的亡命無賴。孫恩和這羣人專事屠殺擄掠，破壞不遺餘力。會稽是王羲之謝安等北方士族聚居的名郡，吳郡、吳興是南方士族的中心居地，這三郡號稱三吳，是東晉朝經濟文化發達的地區。當然，士族所在地的民衆，受士族的壓迫是說不盡的，對士族的仇恨自然也是難以抑制的，愚蠢而瘋狂的野心家孫恩等人利用民衆的積怒，縱徒黨殺人，甚至嬰兒也不能免死。
晉將謝琰劉牢之率兵來攻，孫恩徒黨在諸郡燒倉庫，毀房屋，塞水井，砍林木，擄掠婦女財物，都逃到會稽郡來。謝琰收復義興吳興兩郡，劉牢之收復吳郡，進軍到浙江邊。孫恩起初聽說諸郡響應，對徒黨們說，天下沒事了，我帶你們到建康享福去。後來聽說劉牢之到了浙江邊，對徒衆們說，我割據浙江東部，還可以做個越王勾踐。等到劉牢之軍渡過浙江，孫恩對徒衆們說，我是不以逃走爲羞恥的。孫恩擄男女二十餘萬人逃往海島。此後孫恩連年從海路入寇。401年，孫恩率舟師十餘萬人自海路突襲京口，逼近建康，司馬道子驚駭，不知所措，賴劉牢之部將劉裕奮勇進擊，大破孫恩軍。劉牢之等援軍趕到建康，孫恩屢次戰敗，又逃入海島。402年，孫恩入寇臨海郡，被晉兵擊敗。孫恩窮困投海自殺，徒黨和妓妾說他成了水仙，跟着投水的多至百餘人。被孫恩擄去的二十餘萬人，三四年間，不是戰死溺死，便是被販賣作奴隸，到孫恩死時只剩下數千人。孫恩連年從海島入寇，前後數十戰，又殺死民衆數萬人。
京口是從北方各地流亡來的士族和民衆聚居的地方，號稱北府，與歷陽同爲揚州重鎮。居民風俗強悍，敢於從軍。謝安輔政，舉謝玄爲將。謝玄在京口募兵，得勇士劉牢之等人。劉牢之常領精銳當前鋒，戰無不勝，號稱北府兵。淝水大戰，苻堅軍崩潰，晉軍前鋒五千人，就是劉牢之統率的北府兵。399年，劉牢之擊孫恩，劉裕在劉牢之部下當小軍官，勇悍善戰，屢立大功。劉牢之部下諸將，搶掠財物，比盜賊更兇，獨劉裕約束部屬，紀律嚴明，大得民心。從此，劉裕成爲北府兵的著名將領，擊滅孫恩盧循，主要是劉裕的功績。
孫恩死後，餘衆推盧循爲首領，被劉裕追擊，泛海逃走。404年，盧循攻陷廣州，以後連年入寇，410年，率兵十餘萬逼近建康，被劉裕擊敗，盧循逃到交州。411年，交州刺史杜慧度擊殺盧循。孫恩在敗逃入海以前，多少還算是率領農民起義，盧循則完全是五斗米道作亂。
