明崇禎十七年，李自成起義軍攻入北京，明崇禎帝自殺殉國，太子及二王不知所蹤。
雖然北中國在崇禎年間烽火連天，災荒連年，滿清不時入寇，但是以江南爲代表的南中國，卻並未遭受連年的戰火，加上明代的輕工商稅和江南士大夫以免稅、抗稅爲己任的作爲，江南確是一片繁華。誰來主宰這半壁江山?是作爲陪都的南京衆大臣必須做出的一個選擇。
按照封建社會的繼承法“父死子繼，兄終弟及”“立嫡以長不以賢，立子以貴不以長”，崇禎帝亡，太子應繼位;太子不在，應是其他皇子繼位。崇禎帝的太子和二王子均淪落北方不知所終，立子不行;那麼，立皇帝的侄子(嘉靖皇帝就是以弘治皇帝的侄子身份過繼給弘治皇帝才繼承皇位，雖然，他一直不認可侄子過繼的身份，才鬧出了“大禮議”)，不巧的是崇禎皇帝沒有親侄子，唯一的哥哥天啓皇帝沒有兒子，皇帝的位子纔在十七年前落到了他的頭上;那麼，該立皇帝的親兄弟，然而崇禎帝是泰昌皇帝的兒子，僅有一位哥哥，也就是天啓皇帝，已經亡故;那麼，立皇帝的堂兄弟，還真有一個，這個人就是福王朱由崧，老福王朱常洵的兒子。
需要指出的是，這樣一來帝位又重新回到萬曆皇帝那裏，是這樣一個邏輯：崇禎帝無子(至少在當時的南京無子)，按照“兄終弟及”的原則，應該是崇禎帝的親兄弟;崇禎帝無親兄弟，自然當是崇禎帝的堂兄弟，也就是萬曆皇帝的其他孫子。
當時，萬曆皇帝的還有好幾個兒子在世(其中就有後來永曆皇帝的父親桂王朱常瀛)，但是叔叔從侄子處繼承皇位，畢竟不如“兄終弟及”來得名正言順。
後世一直認爲是賢王的潞王朱常淓，其實是萬曆皇帝的侄子，萬曆皇帝弟弟的兒子。根據封建社會的繼承法，根本不可能輪到他。後世如是認爲，只能是東林黨人的輿論戰的結果了。在萬曆皇帝一系尚有兒子的情況下，比如桂王朱常瀛、惠王朱常潤當時均在世，要迎立璐王朱常淓爲皇帝，也真是難爲東林黨人能想的出計策了。
東林黨人作爲明末最爲兇悍的士大夫朋黨，一向以捍衛國家正統爲事業，他們不立朱由崧的根本原因卻還是因爲黨爭。萬曆年間，萬曆皇帝爲立三子福王朱常洵爲太子和東林黨人開始了長達二十年的論戰與鬥爭，東林黨人前赴後繼，均爲長子朱常洛而冒死呼喊。萬曆皇帝無奈，只好加封朱常洵爲福王，封地洛陽。現在的人還有很多認爲這是萬曆皇帝愛朱常洵的表現，加封福王，封地洛陽。其實這是一個誤解。明代的洛陽其實一個縣城，不再是東漢、隋唐時代的大都市，但是洛陽名聲在外，加上東林黨人的惡意抹黑，成就了“神宗皇帝愛子，傾天下財富之半與之”。我國現存的城牆多是明城牆，去過洛陽的人都知道，如果以城牆爲界，洛陽比西安、比開封差多了，也小多了。如果萬曆皇帝真不顧祖宗制度地愛福王朱常洵，就應該把周王、秦王遷走，讓福王封地西安或者開封，城牆高大堅固、城內巨大，封地富庶。明末，李自成攻擊開封，也是數次才得以攻克，而洛陽則是一擊就破，可見，萬曆皇帝並沒有特別愛護這個兒子。
如果東林黨人同意迎立福王朱由崧，就等於幾十年前的努力全部白費，這還不是最重要的;最重要的是東林黨人害怕福王朱由崧反攻倒算，重新清算幾十年前的舊賬，凡是打擊過他爸爸老福王朱常洵，害得朱常洵被李自成虐殺的東林黨人都該清算。
東林黨人也知道福王朱由崧的合法性，所以他們害怕隨着時間的推移，力量的天平會向福王傾斜，所以不顧桂王朱常瀛、惠王朱常潤在世的情況下，不顧福王朱由崧近在咫尺的情況下，主張迎立璐王朱常淓。
南京兵部尚書史可法作爲南京城內最有實權的大臣，這時候就沒有表現出政治家的修爲，他和鳳陽巡撫馬士英商議，也是打算聽從東林黨人的意見，迎立璐王。“神宗皇帝在位四十八年，德澤猶系人心，奈何舍其孫而立其侄?”這樣就是不按照封建社會的祖宗成法辦事，那麼，任何對此事有異議的人就有了活動的空間。福王朱由崧聽聞後，立即遊說江北四鎮的總兵級別的軍官，要求他們按照國家法令、按照祖宗成法擁立自己。四鎮總兵級別的軍官將此事彙報給直接上級馬士英，馬士英過江一經點撥，就發現這裏面有巨大的機遇，於是起兵擁立福王向南京進發。南京衆大臣一看，立即明白自己第一不佔理、第二沒有兵，只能開門迎接福王監國，福王監國不過十日，繼位爲弘光皇帝，史稱南明。
本來，在有明一代，總兵級軍官，都是巡撫、都督、督師等手下的一枚棋子，現在有了擁立之功，逐漸形成尾大不掉之勢。崇禎朝，基本沒有出現過總兵不聽調遣的先例;弘光朝，因爲總兵級軍官的擁立之功，這種情況逐漸擡頭。武昌的左良玉因爲沒有擁立之功，就對弘光皇帝表示不滿，但也不敢公開挑戰弘光皇帝的帝位正統性，直到南京“太子案”的爆發，他才藉機發難，引發南明的內戰。
按照封建社會的法統，弘光皇帝最具正統性。加上明朝的兩京制，在南京有一整套的中央政府機構，東南財稅也豐厚，弘光皇帝如果沒有南京“太子案”的叨擾，肯定能穩住陣腳，和宋高宗重建宋朝一樣讓明朝在南方延續一百年以上。可惜天不假年，偏偏就出現了這麼一個自稱是太子的年輕人。
弘光皇帝的帝位很正統，除非崇禎皇帝的太子或者二王來到南京。弘光元年，有一名少年，在蘇杭一代以太子自居，招搖過市，人們紛紛議論，這人就是太子。弘光皇帝得知後不敢怠慢，命人將其帶到南京，讓崇禎朝的太師進行辨認。太師因爲給太子授課，肯定是認識太子的，一看這個人就是假冒，又問講課的地點，課桌上的擺件，亡國前的最後一課。這個肯定沒法編造，這人立馬就招認是假太子。
然而這個假太子卻成了東林黨人攻擊弘光皇帝的武器。東林黨人到處宣傳，弘光皇帝貪戀帝位，謀害太子，並唆使左良玉出兵討逆。左良玉作爲明末鎮壓農民軍的將領，所有的上級都被崇禎皇帝調走或者定罪捕殺，要說真心相信南京監獄裏的年輕人就是太子，而爲崇禎皇帝一系討公道那是不可能的，不滿弘光皇帝的分贓不均，謀求更大更多的政治權力纔是真的。於是不顧滿清陳兵江北的情況下，從武昌揮師東進，迫使南明把江北的兵力調到西面抵禦左良玉。造成江北空虛，清軍迅速攻破揚州，殺害史可法，並進攻南京。
弘光皇帝這時候學起了宋高宗，不堅守南京城，卻連夜棄城而逃，可惜沒有忠心的將領護送。很快被下屬出賣，被清軍俘虜。弘光朝滅亡。
