由於年幼，劉辯繼位後的朝政實權掌握在母親何太后和母舅大將軍何進手中。少帝在位時期，東漢政權已經名存實亡，他即位後不久即遭遇以何進爲首的外戚集團和以十常侍爲首的內廷宦官集團的火併。光熹元年八月(189年9月)，意欲盡誅宦官的何進在宮中的嘉德殿前被張讓等“十常侍”殺死。何進的下屬袁紹等人見何進被殺，率軍闖宮報仇，盡誅宮中宦官兩千多名。張讓等人見勢不妙，於是劫持少帝劉辯、陳留王劉協逃離了皇宮。不久，張讓、段圭被盧植追兵斬殺，其餘的宦官見到大勢已去，也紛紛投河自盡。在逃亡期間，劉辯風餐露宿、缺衣少食，嚐盡了人間疾苦，但他的厄運卻遠不止如此，因爲他又遇到了董卓。
奉何進之令入京“勤王”的幷州牧董卓率軍趕赴洛陽之時，在途中聽說宮中有變，劉辯被劫，立即前去迎駕，想以此撈取日後立足朝廷的政治資本。少帝望見董卓突然率大軍前來，嚇得哭泣不止。董卓上前與少帝敘話，少帝說起話來語無倫次，而一旁的陳留王則對答如流。董卓十分高興，覺得陳留王比少帝賢能，於是心裏有了廢黜少帝，改立陳留王爲皇帝的念頭。當然，一個九歲的孩子是否賢明並不重要，重要的是要藉此立威，身爲手握重兵的軍閥，當然知道中國歷史上欲行篡逆，必先廢立的傳統。廢立之間可以藉機剷除朝中的反對勢力，同時又爲自己的奪權篡位鋪平了道路，何樂而不爲呢?至於少帝劉辯，不過是這場政治遊戲的一顆並不重要的棋子罷了，沒有利用價值時扔了就扔了。
董卓入京後，自封爲司空，權傾朝野。昭寧元年九月(公元189年9月)，董卓逼何太后下詔立劉協爲帝，廢黜少帝爲弘農王，皇太后還政(自5月15日即位-9月28日被廢，少帝在位僅一百三十多天)。陳留王劉協遂即位，改元永漢，是爲漢獻帝。董卓廢少立獻的第二年正月，董卓也因擅自廢立君主，禍國亂政，加之其恣意妄爲，引發天下豪傑起兵討伐。董卓怕他們以迎廢帝弘農王復位爲名討伐自己，乾脆將弘農王劉辯以毒酒鳩殺，時年僅十五歲。初平元年(公元190年)二月，獻帝下詔將哥哥弘農王葬於已故中常侍趙忠的墓穴中，諡曰懷王。趙忠是漢靈帝時期著名的“十常侍”之一，後來，趙忠在宮變中被袁紹誅殺棄屍，其墓穴也就成爲一座空墓，這座空墓便成爲了劉辯最後的歸宿。曾經的帝王卻只能葬在宦官之墓，少帝劉辯也成爲了漢朝唯一一個死後被葬入了太監墓的皇帝。
