朱元璋建立元朝，制定了一套皇位繼承王爵分封的制度。他規定皇位只能由嫡長子繼承，如果長子去世了，就由兄弟繼承，但是作爲兄弟必須是嫡母所生，如果是庶母所生的話，雖然爲長子，但是也不能立他爲太子。洪武三年的時候，他模仿漢高祖，立自己的兒子爲王，又將他們分封到各個地方，而這一些親王就成了皇權的重要支柱。
他對於自己死後的皇位繼承十分的重視，在1397年，他生了一場大病，認爲自己可能活不了多久，就把後宮非常聰明的李淑妃給殺死了，防止她操縱朝政。他的長子爲馬皇后所生，在1392年因爲生病而醫治無效死了，他必須重新找一個繼位者，而這一個人選，讓他感到十分的爲難，本應該由他的長孫繼位，但是長孫並不適合這個位置，所以他想立自己的兒子朱棣爲新的國君。但是卻被大臣們否定了，因爲這不合乎制度。
後來建文帝順利的登上了帝位，但是，他的王叔們都不把他放在眼裏。特別是燕王朱棣，召見他的時候，竟然站立而不跪拜，令他十分惱火，所以他開始準備削藩。他先後將幾個叔叔都治了罪，也有的貶爲平民。1399年，他發兵逮捕燕王，但燕王早做了準備，以清君側的旗幟，廢除了建文的年號，繼續稱洪武。
1402年的時候，朱棣成功攻取了京城，建文帝一氣之下，放了一把火，當燕王來的時候，宮中已經是一片火海了，而建文帝則不知去向，連帶着他使用的寶璽也不見了。他到底去了哪裏呢?在書籍上記載的是，他在宮中被那場大火給燒死了。但是，等火熄滅的時候，燕王曾裏外搜查過，並沒有看見他的屍體，不但這樣，就連後人也從未見過他的陵墓。他雖然當朝時間不長，但卻也是一代帝王，理應有屬於自己的陵墓，但是世人卻找不到他的墓園。
如果他沒有被火燒死，那麼他又去了哪裏?有人認爲，他在火燒起來的時候逃了出去，說他去做了和尚。在太祖病重的時候，他曾經給了建文帝一個小盒子，讓他在危難的時候拿出來，很可能盒子裏面裝的就是和尚的一份度牒。而且晚點，見了這份通牒之後，便削髮披緇，從地道中逃走了。這也與太祖之前爲所有的和尚重新登記造冊相聯繫。
對於建文帝的失蹤，很多人都有不同的說法，就連現在的影視劇，都依然圍着他的這個失蹤而做文章。但是無論他是失蹤了，還是真的在大火中自焚而死了，書籍所留給我們的，除了各種矛盾之外，並無具體的真相。所以說，他的失蹤在短期內還是一個謎案。
