白蓮教是唐、宋以來流傳民間的一種祕密宗教結社。淵源於佛教的淨土宗，相傳淨土宗始祖東晉釋慧遠在廬山林寺與劉遺民等結白蓮社共同唸佛，後世信徒以爲楷模。
與淨土宗大致相同，崇奉阿彌陀佛，要求信徒唸佛持戒(不殺生、不偷盜、不邪淫、不妄語、不飲酒)，以期往生西方淨土。先前的淨土結社，參加者之間只是鬆弛的社友關係，社與社互不相屬。茅子元則將其改爲師徒傳授、宗門相屬。他在澱山湖建白蓮懺堂，自稱導師，坐受衆拜;又規定徒衆以“普覺妙道”四字命名;從而建立了一個比較定型的教門。
白蓮教作爲一種宗教概念，包括的內容很廣。可以說它是一千多年來，發生在中國這塊古老土地上的各種“異端”、“左道”、“邪教”的總括。是除了佛教、道教以外的又一個很重要的宗教，反映的是中國下層社會百姓的生活、思想、信仰和鬥爭，在中國農民戰爭史上充當着突出的角色。
白蓮教信奉“真空家鄉，無生老母”的八字真言。其教義則是“兩宗三際”之說。“兩宗”並非是其原有的天台宗和淨土宗，而是指世界存在着明、暗兩種相互鬥爭的勢力;“三際”則是指過去、現在和未來三個時期。
他們宣傳：彌勒佛降生，領導人們驅走黑暗，贏得光明，並在人間建立一個美好的“白陽世界”，人世界的彌勒佛就是他們的教主，故而要不斷推翻世俗政權，建立一個以“白蓮教”爲首的神權王國。
明清時期各種祕密結社，如“反清復明”的“天地會”、“白蓮教”、“天理教”甚至是“太平天國”等都有其影子，正是這樣的教義纔會鼓動民衆造反。
初期的白蓮教曾遭到官方禁止，茅子元被流放到江州(今江西九江)。但因教義淺顯、修行簡便而得以傳播。迄南宋後期，雖仍被一些地方官府和以正統自居的佛教僧侶視爲“事魔邪黨”，但已到處有人傳習，甚至遠播到蒙古統治下的北方。元朝統一中國後，白蓮教受到朝廷承認和獎掖，進入全盛時期。廬山東林寺和澱山湖白蓮堂是元代白蓮教的兩個中心。
元代白蓮教的組織和教義都起了變化，戒律鬆懈，宗派林立。白蓮教的地位並沒有得到改善,一方面是繼續信仰佛教、伊斯蘭和基督教的上層人士不屑，一方面是地方上儒家大族們的本能敵視。所以白蓮教依然被限定在底層人羣中，發展維度有很大侷限。但也是利用南北交通的聯動，這種在江南完成重生的小教派，一路到了北方各地。
元末，一系列的天災與大規模瘟疫，摧毀了整個王朝的脆弱基礎。以底層人士爲主的白蓮教，自然出現在了風起雲涌的叛軍之中。他們以教團形式，加入了著名的紅巾軍。紅巾起義領導人韓山童、劉福通、徐壽輝、鄒普勝等都是白蓮教徒，他們以明王(即阿彌陀佛)出世和彌勒下生的讖言鼓動羣衆，產生很大影響。最後協助朱元璋在江南有了立足之地。
但就和之前的歷代統治者一樣，上位的朱元璋很難不忌憚擁有自發組織的白蓮教。尤其是這些教團已經在民間發展數百年之久，很難不有悖於朱元璋的高壓管制理念。於是，在他開始東征蘇州時，就已經發布了攻擊和取締白蓮教社團的命令。
在新的明朝基本佔據長城以南的區域後，白蓮教在當時京師所在的江南地區，被壓制的非常厲害。相反，倒是位於邊區的北方各地，有了逐步壯大的趨勢。尤其是在山地衆多的山西，大量長期接受內亞宗教影響的民衆，很容易就接受了相同起源的白蓮教。元末明初的北方戰事，基本上就以山西爲核心展開。戰爭破壞與明朝的奇葩經濟政策，都讓更多人陷入了貧困。白蓮教的潛在市場也逐步增加。
15世紀初的朱棣叛亂，又引發了規模不小的靖難之役。雖然戰爭基本上就在燕京到江淮直接的運河流域展開，卻也一度影響到山西、河南等地。躲避戰亂的人羣，大量逃入附近省份。很多從衛所制中脫離的失地軍戶，也不自覺的進入山西和直隸，再次壯大了白蓮教的規模。對此也無可奈何的明朝朝廷，只能怪小民無知，容易被“妖人”煽動。
更爲不妙的處境，來自氣候變化所帶來的天災。其中又以山西地區，遭災特變嚴重。原本生產方式多樣化的當地農民，被明朝強制進行單一的生產模式，對災害的抗擊能力也就降到了最低。不少人鋌而走險，開始同邊境另一邊的蒙古人做了走私貿易。白蓮教團的組織性與協作能力，正好符合走私商團的必須。
結果，這些在山西的白蓮教衆，就成爲了北方邊區的主要走私力量，堪稱後來著名的晉商集團先祖。他們和東南沿海的私人海商一樣，必須同內地的官宦大族聯繫，形成了維持地區經濟穩定的不可控因素。這樣的局面在整個15世紀後期都愈演愈烈。當廣東和浙江沿海的商人，在地方官護佑下出海貿易。在山西也有不少白蓮教徒出關，同掌握北亞貿易路線的蒙古人交易。
明初最大規模的白蓮教起義是著名的唐賽兒起義。唐賽兒是山東蒲臺縣人，林三之妻。林死後據說唐偶得一石匣，內有寶劍兵書，唐研習後通曉法術兵法，以傳白蓮教爲名，集合民衆數千，於永樂十八年二月(1420年)起事，兵力達到數萬人。永樂帝調動大軍，才鎮壓下去，但在數萬大軍圍剿之下，唐賽兒居然逃脫，令朱棣大爲震怒。因爲謠傳唐賽兒出家爲尼，躲入寺院，明朝廷在北京、山東等地的寺院裏搜捕尼姑數萬人之多，最後也沒能擒獲唐賽兒，白蓮教在民間的潛勢力之強大可見一斑。嘉靖年間，轟動朝野的“李福達案”便是白蓮教勢力所一手策劃。
到了天啓二年(1622年)，一次規模巨大的白蓮教起義爆發了，即山東徐鴻儒領導的大起義，這是明末農民大起義的序幕。徐鴻儒是河北薊州聞香教主王森的徒弟。王森於灤州石佛口傳教，自稱得妖狐異香，故倡聞香教。萬曆二十三年(1595年)，曾因傳播邪教罪被捕，用賄得釋，入京師。在北京他廣交外戚宦官，繼續行教。只因他的徒弟李國用用符咒召鬼，另立教派，和王森一派發生矛盾爭執，終於事發。四十二年(1614年)王森再次被捕，五年後死於獄中。
王森死後，他的兒子王好賢和徒弟徐鴻儒、於弘志繼續傳教，信徒益多。天啓二年(1622年)，王好賢與徐鴻儒相約是年中秋共同起兵，因計劃泄露，徐鴻儒先期反，於五月起兵，自號中興福烈帝，稱大乘興勝元年，以紅巾爲識。從五月至六月，相繼攻陷鄆城、鄒縣、滕縣、鉅野、嶧縣等地，十一月失敗。於弘志於六月據武邑白家屯，將取景州，接應徐鴻儒，但舉事七日即失敗。
徐鴻儒等人在山東經營二十年，徒衆不下二百萬人，起義規模巨大，朝廷爲之震動，稱此爲“二百六十年來未有之大變”。
白蓮教的組織到了清代分佈很廣，黃河上下，大江南北到處都有，尤其是直隸、山東、山西、湖北、四川、陝西、甘肅、安徽等最爲活躍。各階層人民踊躍參加，在農村中則有“鄉約吃教”，在城鎮、集市則有“差役書辦吃教”。當時教門派別很多，有清茶門教、牛八(朱)教、十字教、焚香教、混元教、紅陽教、白陽教、老君門教、大乘教、清香教、圓頓教、八針教、大陽教等五花八門，其少許多教派都是白蓮教的支派。白蓮教擁有的羣衆最多，影響最大。它本身又分爲許多別支，各以教主、首領爲中心，組織相當複雜。領導人的名稱也很多，有“祖師”、“師父”、“老掌櫃”、“少掌櫃”、“掌教元帥”、“先鋒”等等。它的這種組織形式，適應於祕密傳教(有時也用經文編成歌詞，配上民間小調，擊漁鼓、打竹板，用說唱的形式傳教)，分散活動。
清朝中葉以後，人口迅猛增加，人多地少的矛盾相當突出，南方各省無地農民大量向陝西、河南、四川等地遷移。但是他們發現不管走到什麼地方，土地皆被旗人及官員地主等霸佔，移民過來也只能靠租種別人家的田地爲生。
這時候的“白蓮教”乘機在這些移民中宣傳其傳統的“兩宗三際”之說，又加入了許多世俗內容，如：習其教者，患難相救;貲財均分;穿衣吃飯，不分你我等等，這些說教對於困苦的老百姓來說，具有莫大的吸引力，因而“白蓮教”從乾隆中期開始，便慢慢成爲一股強大的政治力量。
到了清嘉慶元年(1796年)，白蓮教大起義已發展成嘉慶年間規模最大的一次起義。
嘉慶年間的白蓮教起義，前後持續了九年零四個月，最早參加者多爲白蓮教徒。參加的人數多達幾十萬，起義爆發於四川、湖北、陝西邊境地區，鬥爭區域遍及湖北、四川、陝西、河南、甘肅五省，而這五個省份，在當時都是中原最爲富庶的地區，經過這次長達九年的戰亂，人口大量減少，農業、商業、手工業遭到致命打擊。白蓮教起義軍在歷時9年多的戰鬥中，佔據或攻破清朝府、州、縣、廳、衛等204個。抗擊了清政府從全國16個省徵調的兵力，殲滅了大量清軍，使清軍損失一、二品高級將領20多人，副將、參將以下的軍官400多人，土豪劣紳1000餘人。清政府爲鎮壓起義耗費白銀2萬萬兩，相當於當時清政府5年的財政收入，嘉慶帝扳倒和珅所得之財富，皆耗在白蓮教起義的作戰中。從此，清王朝從所謂“隆盛之世”陷入了武力削弱，財政奇黜的困境，迅速跌入沒落的深淵。
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