雲南報銷案的發生，起源於同治年間雲南地區的連綿不絕的農民起義。
當時清政府爲了穩定局面，調兵遣將，地方官員也花費了大量精力財力，直到光緒五年(1879)才平定了當地的起義，但多年來的軍費開支一直沒有向朝廷報銷。雲南巡撫杜瑞聯曾多次飭催當地善後總局造冊報銷，但直到光緒七年(1881)依舊沒有任何進展。
這時，崔尊彝作爲雲南善後局的總辦同時將兼任雲南省糧道，潘英章也剛剛升任雲南省永昌府知府，二人都正準備去北京辦理述職。他們想要抓住這次良機，將軍費報銷事項在京一併辦理了。在去往北京之前，崔尊彝在雲南省票局將鉅額白銀匯到了北京順天祥、乾盛亨等匯兌局。
那麼，這筆鉅款是用來做什麼的呢?
原來在清朝，各種費用的報銷，要先由地方政府向戶部等部門提出申請，各部門對申請項目進行覈算後，再由部門的主稿書吏擬寫批文交給皇上審批，最後將批文交到地方政府那裏，其間的每個審覈步驟必須全部通過才能報銷成功。
很顯然，這其中最關鍵的審覈也就是各部門的核算，它一般是由各部門下面處理實際事務的書吏司員主導的。在這一時期，軍費報銷的金額一般都很龐大，朝廷爲了嚴防浮冒，要求地方官員必須造具細冊以供審覈，卻由於報銷歷時太久，人員時常更迭，各種款項很難完全合攏。於是，爲了“彌縫”細冊，順利通過覈算，負責報銷的官員常常會主動向負責審計的書吏行賄，這筆費用在當時被稱爲“部費”或者“規費”，按照報銷金額抽成收取，幾乎已經成爲了當時各省報銷軍費的必要步驟。小小的書吏在受賄中得到的好處費往往是十分巨大的，形成了當時“小吏鉅貪”的現象。
崔、潘二人匯到北京的鉅款很可能就是他們用來疏通這些官員的“部費”。
若不是東窗事發，我們根本難以瞭解到這次報銷的全過程。因爲就在崔尊彝、潘英章離開京城不久，報銷即將結束之時，光緒八年(1882)七月二十三日，山西道監察御史陳啓泰得到消息後，向朝廷奏報：崔尊彝和潘英章通過來京匯兌銀兩，向太常寺卿周瑞清行賄，委託其幫忙辦理報銷，周瑞清因此包攬了此次報銷事宜。
朝廷立刻派刑部的潘祖蔭、麟書去調查，經過對涉案的匯兌局商人的嚴訊，得知在光緒七年秋到光緒八年初，確實有從雲南省票局匯到順天祥的銀兩，且經潘英章持票到鋪陸續取用，且雲南糧道崔尊彝也在該鋪匯用銀兩，但對於匯用的銀兩作何使用卻稱不知情。這時，可以確定崔尊彝等來京由票號匯兌銀兩這一情節屬實，但周瑞清包攬這件事是否屬實只能待傳到崔尊彝、潘英章纔可查明。這時的周瑞清則即刻被上諭命令要聽候查辦，並停止在軍機章京上。
據調查，崔尊彝在六月二十二日已經請假回安徽原籍，潘英章早在光緒七年(1881)十二月就已經啓程回雲南任職了，按理說，應該能夠迅速將二人飭傳到部，但實際上卻經歷了很長的時間。
十一月戶部雲南司主事孫家穆供稱：今年二月間戶部主事龍繼棟曾提到有人託他轉求照料雲南報銷一事，吩咐書吏在冊子到時詳加覈算，所有一切公費，均由外邊來人辦理。龍繼棟立即被刑部傳問，一開始他堅決不承認曾囑託孫家穆辦理報銷一事，後被慈禧立即解任，不久後還是承認了他曾和周瑞清一起委託孫家穆幫忙照料雲南報銷各項事宜。待潘英章到案，案情即可全部清楚。
光緒九年(1883)二月二十五日，已革永昌府知府潘英章終於到京。慈禧立即知照翁同龢和惇親王會審此案，後又添派閻敬銘、薛允升會辦。五月底通過檢查天順祥、乾盛亨的賬簿和百川通匯兌局的票據，發現崔尊彝由雲南兌京共京平松江銀十八萬五千兩，此外他還借用天順祥銀二萬八千兩，共計二十一萬三千兩;
潘英章則供稱他們備用的報銷津貼銀只有十萬七千六百兩，並且是挪用的該省捐款平餘，屬於公款，此外的七萬七千四百兩是崔尊彝等人的私銀。隨後，案情的真相在調查近一年後終於浮出水面。
原來，作爲善後局總辦的崔尊彝很擔心各部書吏在辦理報銷過程中刁難勒索，就讓潘英章趁任永昌府知府進京引見之便，提前找人從中疏通。
太常寺卿周瑞清和潘英章是世交相好，和崔尊彝也較熟，於是潘英章找到周瑞清希望他轉託戶部司員幫忙交辦，較爲省便，崔尊彝則先在雲南將各項公私銀兩匯京。
潘英章於七年(1881)九月到京，將崔尊彝託辦等情況向周瑞清談及，周瑞清原本推辭不願管此事，經過再三央求才同意幫忙疏通。之後，潘英章在戶部打探到消息，當時戶部雲南司的主稿也就是決策者是書吏孫家穆，而潘英章曾經的幕友龍繼棟此時正好是孫的同事，所以潘英章和周瑞清一起找到龍繼棟，希望由他轉向孫家穆說和此事。經過一番商議，最後議定崔尊彝交付給戶部連同工部、兵部共計津貼銀八萬兩，孫家穆承諾此款包攬辦理報銷時打通關節的所有費用。他們先在周瑞清家中付五萬兩，剩三萬兩準備報銷完成後支付。
但崔尊彝在八年五月間到京時，只有戶部報銷已經覈准復奏，而兵部以未經造冊議駁，工部議準未經會奏，全案未結，所以潘英章將剩餘三萬兩交予崔尊彝收存，等報銷結束再行議辦，這三萬兩白銀此時仍在匯兌局存放，而報銷用銀剩餘的兩萬七千六百兩則被崔尊彝私自侵用。
朝廷對於各個涉案官員的懲處很快下達：孫家穆、周瑞清被髮往黑龍江效力贖罪;潘英章、龍繼棟均被髮往軍臺效力贖罪;得贓的張瀛等書吏被杖一百，流三千里;崔尊彝雖已病故，仍令革職，並由家屬補充完繳其侵吞的兩萬多兩白銀。
各部門相關的高官和地方督撫，經過議處，在這年(1883)六月二十二日，戶部尚書景廉、前戶部左侍郎王文韶和其他戶部官員因爲濫保劣員或者失於察覺均被降二級調用，不準抵消;景廉仍準其在軍機大臣、總理各國事務衙門大臣上行走;前任雲貴總督劉長佑、雲南巡撫杜瑞聯由於任聽屬員挪移公項，均被降三級調用，不準抵消;工部右侍郎翁同龢和其他工部官員也得到罰俸處理。
看到這裏，案件的發展看似十分順利，實際上，在審辦過程中，惇親王和翁同龢等人的意見曾出現過嚴重不一致的狀況。原來，隨着案件查辦的越來越深入，一些賄賂項目比如“炭敬”“節敬”等也被查出，更多的高層官員必將牽涉其中，徹底的追查必將導致此案難以收場，翁同龢、閻敬銘等人都希望儘快結束該案，不再糾纏到底。對這些賄賂並不熟悉的惇親王奕誴卻要求全面徹查，決不罷休。慈禧對這一類官場的賄賂其實早有耳聞，她明白其中牽連的人數過多，不想再節外生枝，震動朝局，所以最後站在了翁同龢的這邊。因此，以上看到的結論只是清政府的官員想要給我們的結論。
