秦始皇三十七年(公元前210年)冬天，秦始皇巡行天下，行至沙丘時病重，秦始皇命中車府令趙高寫遺詔給扶蘇，遺詔內容是讓扶蘇將兵權交給蒙恬，趕快回咸陽主持喪事並繼承帝位，當時遺詔已經封好，還沒來得及交給使者送去，秦始皇便不幸去世。
秦始皇死後，趙高和丞相李斯等人與秦始皇的小兒子胡亥陰謀篡改秦始皇的遺詔，立胡亥爲太子，同時僞造一封遺詔賜給扶蘇，讓胡亥即位指責扶蘇在邊疆和蒙恬屯兵期間“爲人不孝”、“士卒多耗，無尺寸之功”、“上書直言誹謗”，逼其自殺。
胡亥派使者將遺詔送到上郡給扶蘇，扶蘇看到遺詔內容，就哭泣着走入內宅，準備自殺，蒙恬阻止扶蘇說：“陛下如今在外，還未立太子，派我率領三十萬大軍把守邊疆，讓公子你來監督，這是關係天下安危的重大任務!如今只因一個使臣到來，你就想自殺，你哪裏知道這不是奸詐的詭計呢?我請求你重新去請示一下，等請示之後再死也不遲!”
使者在旁邊一再逼迫催促，扶蘇爲人仁弱，對蒙恬說：“如果父親命令兒子自殺，那還要再請示些什麼呢?”說完便自殺而死。
扶蘇死後，胡亥登基，是爲秦二世，扶蘇素有賢名，當時民間尚不知扶蘇已死，所以陳勝、吳廣在大澤鄉起義反抗秦二世暴政時，陳勝說：“天下受暴秦的統治已經很久，我聽說秦二世是秦始皇的小兒子，不應該由他繼位，應該繼位的是公子扶蘇。就因爲扶蘇屢次規勸秦始皇的緣故，秦始皇就派他領兵駐守外地。現在傳聞扶蘇並沒有罪，秦二世卻把他殺害。百姓都聽說扶蘇賢明，卻不知道他已死。項燕原是楚國的將軍，多次立下戰功，愛護士兵，楚國人都擁戴他。
楚亡後有的人認爲他已死，有的人認爲他逃亡躲藏起來。現在要是我們冒稱公子扶蘇和項燕，向天下人們發出起義的號召，應該有很多人響應。”
